太古の昔に活躍したセルジアンのウールーは、偉大なオダン=ウーアを訓練したことで知られるジェダイ・マスターである。セルジアンはシアン成分が濃密な大気に覆われた惑星出身の海洋性種族であり、マスター・ウールーも生存に必要となるシアン・ガスを保持するための黄色いクリスタルに包まれた、脳のような姿をしている。
ヤヴィンの戦いのおよそ4,400年前、ウールーの弟子オダン=ウーアは、任務についていたテンプレス・テタ星系でシスの攻撃が差し迫っているというビジョンを見ていた。テタはその予言を共和国に伝えるべく、彼をコルサントへ連れ戻すが、共和国の重鎮たちはそれを未熟なジェダイの妄想であると断言し、ウーアを嘲笑の的としたのだった。そしてウーアが落胆してエンプレス・テタへと戻ると、その直後に、マスター・ウールーが彼とエンプレス・テタを訪問するためシナガーを訪れる。ウールーは他の数人のジェダイ・マスターたちと同様に、ウーアのビジョンの解釈が正しいと信じていたのだ。やがて、予想通りにネイガー・サードーによる共和国への攻撃が開始されると、ウールーとオダン=ウーアはキレックの防衛軍を指揮することになる。だが、彼らのフォースではこの戦いの潮流を変えることはできなかった。
この戦いの鍵を握るのは自分だけだと気づいたウールーは、他のジェダイたちに避難するよう命じると、自らのクリスタルの殻を開いた。そのとき放出されたシアン・ガスはシスの軍にとって致命的な毒となり、大多数の敵を即死させる。しかし、ウールー自身も酸素中では生存することができず、彼はオダン=ウーアの腕の中で静かに息を引き取るのだった。当時のすべてのジェダイ・マスターと同様に、彼も生命力を空気と同化させ、肉体を消失させたのである。
爬虫類型種族として知られるドレイソスのオダン=ウーアは、エンプレス・テタが支配する7つの星系の保安支援を命じられていたジェダイ・マスターである。同様に、彼にはコロス星系の番人としての役目も与えられていた。凶暴な捕食生物から進化したウーアは、テレパシーによる会話を好み、言葉よりむしろフォースを使って意思の疎通を行っている。
オダン=ウーアは古代のジェダイ・マスター、ウールーの下で修行を行った。エンプレス・テタ星系に派遣される前は、ジェダイやシスの歴史について学んでおり、その研究を通じて大きな喜びを得ていたという。シス帝国の支配者マーカ・ラグノスの死と、それによって生じる混沌を予期したのもウーアだった。それを知ったエンプレス・テタは、旧共和国にシスの脅威について警告させるべく、彼をコルサントへと送り返すが、不幸なことに共和国はその警告を訓練途中のジェダイ・ナイトの妄想であると主張し、ウーアのビジョンを無視したのだった。だが、テタは毅然とした態度を取り続け、シスの攻撃に備えるべく、自身の軍を召集したのである。
やがてウーアが予期した通り、シス卿ネイガー・サードーのダークサイドの軍勢が共和国を襲撃する。ウーアはマスター・ウールーの軍に加わり、サードーの軍勢からキレックを防衛する任務に就いていた。そして戦いの流れがシス軍に傾いたとき、ウールーは自らの命を犠牲にしてシアン・ガスを放出させ、敵軍を壊滅させたのだった。彼が若き弟子に告げた最後の予言は、やがてウーアが最も年功を積んだ偉大なジェダイの1人になるだろうというものだった。
その後、オダン=ウーアはハイパースペース大戦でエンプレス・テタの側について戦い、ネイガー・サードーのシス帝国を壊滅させる一翼を担うことになる。そして、サードーの船の残骸を捜索したウーアはシス・ホロクロンを発見し、それを巨大なジェダイ・ライブラリを設立するために尽力した惑星、オッサスへと持ち運んだ。それ以降、彼はデネバでダークサイドの潮流の高まりとクラースの台頭について議論が行われるまで、600年以上にわたってジェダイ集会の議長を務めることになるのだった。
ノーミ・サンライダーにフォースから他人の存在を遮断する方法を教えたのもオダン=ウーアである。彼は余生の大半を古代のテキストや記録の調査に費やし、ジェダイとフォースとの関係の本質を見極めようとしていた。だが、彼の所有するダークサイドのホロクロンの存在は、やがてエグザ・キューンの関心を引き付けてしまう。ウーアはキューンに殺害され、ホロクロンを奪われたのだった。
アーカ・ジェスは、ジェダイ・オーダーとダチャットのネルローニ盗賊団との間で延々と繰り広げられたヒアブ=トゥイス戦役で初期の名声を得た、伝説的なジェダイ・マスターである。そして、ジェスはネルローニたちを惑星ヴーンにある彼らの主要基地まで追い詰めたジェダイの1人でもあった。このジェダイの一団はネルローニの基地と艦隊の大半を破壊または損傷させたが、同時に激しい反撃を受け、大きな犠牲も払っている。そのためさらに多くのジェダイが増強され、盗賊団の要塞を攻略したのだった。
フォースを探っていたアーカは、惑星の奥深くにネルローニの軍を発見する。捜索の間も、ネルローニは全軍を挙げてアーカと他のジェダイを攻撃していた。もはやジェダイに勝利の目はないと考え、無力感に浸っていたアーカは、ジェダイの訓練を放棄し、攻撃の残虐さを増大させていく。しかし、彼は戦いの行方を見定めると、フォースに対する信頼を取り戻し、心に抱く勝利のイメージをフォースに供した。フォースと一体となったアーカはライトサイドの力で戦場を一掃し、自分と仲間のジェダイを強化することで戦いの潮流を一変させたのである。やがてジェダイは勝利を手にし、アーカはヒアブ=トゥイス・コリダーに居座る盗賊団の残党を一掃する役目を引き受けた。そして10年後、彼はジェダイの戦闘瞑想の技に熟練したジェダイ・マスターとなったのだ。
その後、アーカはオンダロン星系の番人となり、アーカニアの惑星に数多くのジェダイ・ナイトやパダワンの参加する訓練施設を開設した。彼の最も有名な弟子は、ウリック・ケル=ドローマ、その弟のケイ・ケル=ドローマ、そしてトゥイレックのトット・ドニータだろう。アーカがイジズの城塞都市の住民と野蛮なビースト・ライダーとの間で繰り広げられた内乱を終わらせるためオンダロンへ行くよう頼まれたのも、この3人の訓練を行っている最中のことだった。しかし、彼は自分では行かず、弟子たちにジェダイ・ナイトへ昇格するための試験としてこの任務を譲るのだった。だが、アーカはオンダロンで内乱以上のことが起こっていることに気づく。彼はダークサイドの鼓動を感じ、弟子たちと合流するためオンダロンへと向かうのだった。到着したアーカはライトサイドのフォースを使い、シスの暗黒卿フリードン・ナッドの墓から都市を覆っていたダークサイドを吹き飛ばした。しかし彼は、イジズに未だフリードン・ナッドを信奉する多くの部下がいることを認識する。彼はナッドの暴動を鎮圧するためには、もっと多くのジェダイの助けが必要になるという結論に達するのだった。
ジェダイが建て直しを図っている間にナッディストは攻撃を開始し、フォースのダークサイドを使ってマスター・アーカに決定的な打撃を与えた。そしてダークサイドの力を思い知ったアーカは、オンダロンの前支配者オミン王に会うことを決める。アーカはオミンがダークサイドを深く研究していることを知っていたのだ。しかし、彼が訪れるとナッドの亡霊が姿を現し、オミンに邪悪な力を与える。アーカの体はダークサイドのエネルギーに覆われ、昏睡状態に陥った。一方で、弟子たちは自衛のために留まることを余儀なくされ、アーカはオミンに肉体を乗っ取られてしまう。しかし、弟子や仲間たちが救出に現れ、彼はすぐに捕らわれの状態から解放された。ジェダイたちはオミン王を殺害し、ダークサイドの力を断ち切ったのである。マスター・アーカはオンダロンから邪悪な存在を滅する任務を続行するべくこの星系に留まり、フリードン・ナッドの墓を厳重に警備された衛星デキサンの寺院に移動させたのである。
数ヵ月後、クラースと名乗る集団がエンプレス・テタ星系で政治的権力を手に入れるための闘争を開始し、ジェダイに対して戦争を挑んできた。これを知ったアーカは共和国に状況報告を行うためのジェダイを任務に出し、テタ星系で勢力を増しつつある軍勢と対峙する。さらに数ヶ月が経過したとき、彼はジェダイ・ナイト、エグザ・キューンに招かれてオンダロンを訪れた。キューンはアーカにシスの調査を行っていると告げ、オミン王の遺品としてジェダイが発見した古代シスの工芸品を取り戻したいと主張する。だが、アーカはキューンの真意を見抜いており、この惑星から立ち去るよう要求したのだった。
やがてクラースの力の増大はジェダイたちの重大な関心事となり、この新たなる脅威への可能な対抗策を協議するため、大規模な集会が開かれることになった。会合は惑星デネバで開催され、アーカも大勢のジェダイたちと共に参加する。しかし、この会合の最中にもクラースはジェダイを攻撃し、会合場所を激しい戦場に変えたのだった。
戦闘ドロイドからなるクラースの軍勢は優れた戦士だったが、ジェダイ・ナイトには到底かなうべくもなかった。もちろん、遥か以前にコルサントで起こったドロイド大革命のとき、フォースを使ってドロイドの回路をショートさせる技を編み出し、それを完成させたアーカにとっても、クラースのドロイド軍など敵ではなかった。彼はこの技で自身と仲間のジェダイを防御し、激戦の最中に弟子ウリックの命を救う。しかし、ウリックがマスターに礼を告げたそのとき、ドロイドのブラスターがアーカを捉え、彼に致命傷を与えた。マスター・アーカはウリックの横に倒れ、自分はライトサイドと1つになるのだと語る。そして彼はフォースと一体となるべく、静かにこの世を去ったのだった。
熟練したライトセイバーの創造主として歴史に名を残すヴォド=ショスク・バスは、ヤヴィンの戦いの約4,000年前、凄惨なシス大戦の時代に活躍した甲殻類のジェダイ・マスターである。無骨な赤い皮膚、黒い目、ハサミ状の手をしたマスター・バスは、デイス・ディアス、ショーネブ・クルー、サイルヴァー、クレイドー、そしてエグザ・キューンを始めとする数多くのジェダイ・ナイトを訓練してきた。彼は主にジェダイの惑星オッサスで弟子たちに修行を与えているが、サイルヴァー、クレイドー、キューンの3人を教えるときには、ダントゥイーンの静かな平原を選んでいた。この3人への訓練のなかで、バスはキューンがシスの教義に通じるダークサイドへの好奇心を募らせていくことを不安視するようになる。ダークサイドの知識は、こうした情報の扱いに熟達したジェダイ・マスターにのみ触れることが許されていたのだ。マスター・ヴォド・バスは、キューンが彼のホロクロンから禁断の知識を得ようとするところを何度も目撃しており、そのたびに叱責を飛ばしていたのである。
やがて3人の弟子が訓練の終盤に差し掛かると、バスはダントゥイーンの草原地帯で3人にライトセイバーによるスパーリングを好んで行わせていた。こうした訓練のなかで、キューンは腕を上げ、クレイドーとその妻となったサイルヴァーを打ち負かすようになる。バスはキューンから傲慢さを取り除きたいと考え、シンプルな歩行用の杖以外、一切武器を持たずに弟子に戦いを挑むのだった。そしてキューンはこの戦いにも勝利し、バスが杖しか持っていなかったにも関わらず、相変わらず傲慢なままでいた。この事件の直後、キューンはヴォド・バスとキャサーのジェダイたちの元を離れ、シスへの関心を満たすべく探求の旅に出るのだった。バスは残されたサイルヴァーとクレイドーと共に留まるが、やがて銀河系のどこかでクラースと名乗る集団がジェダイに対する宣戦を布告する。一方で、キューンは禁じられた知識を危険なほど深く探求していたのである。
その後、クラースの活動について議論するための会合が提案され、惑星デネバでジェダイの大集会が開かれることになる。この集会には何千人ものジェダイが参加を表明し、もちろんマスター・バスもその1人だった。彼はクレイドーとサイルヴァーを伴い、デネバ行きの船に乗り込む。その旅の途中、彼はシスの惑星コリバンで、エグザ・キューンが窮地に陥っているのを感じたのだった。バスは瞑想し、銀河系を超えてかつての弟子を助けようと試みる。しかし、キューンはバスの助けを受け入れず、シスの暗黒卿フリードン・ナッドの申し出を受けて死の淵に瀕していた。ナッドは苦痛を与えずにキューンの傷ついた肉体を癒す。キューンの絶叫は銀河中に響き渡り、バスは他の誰よりも心を痛めるのだった。
ヴォド・バスと2人のキャサーは旅を続け、やがてデネバに到着するが、彼らは到着と同時にクラースが送り込んできたバトル・ドロイド軍団によってジェダイたちが襲撃されているところに遭遇する。彼らが戦いに加わったことで、ジェダイはドロイド軍団を撃退できたが、この襲撃で多くのジェダイが失われてしまった。バスと他のジェダイたちは一旦オッサスに戻り、クラースの脅威、そしてバスのかつての弟子エグザ・キューンによるシスの復活への対抗策を話し合うことになる。
オッサスでジェダイ・マスターたちによる評議会の席に就いたバスは、この戦争に関連した話題について話し合った。そしてバスと評議会に対して、ジェダイ・ナイトのケイ・ケル=ドローマとノーミ・サンライダーから1つの提案がなされる。それはクラースを内部から打ち破るため、彼らに加わったウリック・ケル=ドローマを奪回しようという計画だった。しかし、それは彼らにとって極めて困難な計画だった。評議会はこの任務を認めるが、2人のジェダイに、ウリックを完全に自由な意志に基づいて帰還させるか、あるいは一切の救済を与えないかのいずれかでなければならないと警告する。そして任務は失敗し、ウリックはキューン、そしてクラースとの同盟関係を結んでしまうのだった。
6ヵ月後、ジェダイはまだ戦争の最中にあった。ウリック・ケル=ドローマはクラースの新指導者となり、その頂点には新世代のシスの暗黒卿を名乗るエグザ・キューンが君臨していたのである。ジェダイは元老院に、この脅威に対して公然とあらゆる手段をもって挑むための許可を求める必要に迫られた。そのため、バスはジェダイの一団を伴ってコルサントへ向かい、共和国の指導者たちとの会談に臨んだのである。しかし、会談が行われる前に、ヴォド・バスの一行はウリックに先導されたクラースの軍勢による攻撃を受ける。バスとジェダイはクラースへの反撃を指揮し、共和国の戦略室でついにウリックを追い詰めた。バスはウリックの武器を取り上げて拘束し、その間に彼の内にある恐怖の支配を終わらせることに成功する。そしてウリックの裁判が延期されると、バスはダントゥイーンに戻り、瞑想と自己解析を行うのだった。
師としてキューンの行動に責任を感じたヴォド・バスは、自らの重大な過ちに直面し、物事を正す必要性を推測した。彼はこれを自身の戦いとして受け止め、唯一の機会であると考えたウリックの裁判に臨むべくコルサントへと向かう。やがて裁判が始まると、バスの予測どおりキューンが姿を現し、両者は再び顔を合わせるのだった。マスター・バスはキューンの暗黒道を終わらせると宣言し、彼に戦いを挑む。そしてダントゥイーンで運命の日を迎えた彼は、コルサントの古代元老院議事堂でかつての弟子と死闘を繰り広げた。しかし、キューンはバスを切り倒し、マスターはフォースと1つになる。銀河元老院とジェダイ・オーダーはこの結果に恐怖するしかなかった。ヴォド・バスはキューンの引き起こした破壊と殺戮を自分の責任であると感じており、それを阻止する試みの中で自らの命を犠牲にしたのである。
しかし、マスター・バスのジェダイ・オーダーへの献身は、コルサントでフォースと一体となった日で終わってはいなかった。4,000年後、霊体となったエグザ・キューンがルーク・スカイウォーカーのジェダイ・アカデミーで復活し、邪悪な活動を開始したのである。この建造物はかつてシス大戦のときに彼が拠点としていた場所であり、同時にジェダイたちによって魂を封印された場所でもあったのだ。新ジェダイ・オーダーの若きジェダイたちはキューンの魂と対決し、再び彼を倒そうと奮闘する。そして、ストリーン、ティオンヌ、ドースク81、キラナ・ティら、アカデミーの訓練生全員がキューンの魂を取り囲むと、ヴォド・バスの精神も霊体となって姿を現した。彼はキューンに対するジェダイたちの最後の戦いに加わり、彼らに大きな自信を与える。そしてジェダイたちはついにフォースのライトサイドによってキューンの精神を消滅させたのだった。かつての弟子が滅んだことで、バスはようやく安らぎを得た。彼は再びフォースと永遠の結合を果たしたのである。
4本足の獣の姿をしたジェダイ・マスター、ソンは、未知領域の奥深くに位置する未知の星系出身であり、彼の起源もまたその出身惑星と同様に謎に包まれている。また、ソンの種族に関する情報もほとんど存在しておらず、共和国の人類生物学者たちは彼に種族に関する質問を行うが、そのすべてが否定され、その後仕方なくファールという適当な名前を付けたのだった。実際には、ソンはチュークサイと呼ばれる種族の1人であり、同じ名前で呼ばれる独自の言語を使用している。だが種族名が分かったところで、チュークサイもファールも同様に謎の多い種族であることには何の変わりもないのだ。
ある日、ソンはジェダイの道にふさわしい大きな力を持ってジェダイの惑星オッサスを訪れた。そのときから彼の謎に満ちたジェダイ・ナイトとしての初期の人生が始まったのだ。実際、彼は以前から持っていた謎の力をオッサスのジェダイ・マスターたちに教えることができた。ソンはさらに数年間オッサスに留まるが、やがて今より隔離された惑星で平和に弟子を指導したいと思うようになる。こうしてソンは自分にあった惑星を探すため、ライトセイバー1本だけを携えて旅に出るのだった。
銀河系を進むに連れ、ソンは漆黒の点に興味を惹かれるようになった。彼は船をその黒点に向けながら、その存在について瞑想する。ソンと彼の船はステネス星系の惑星アンブリアに進路を定めた。この惑星は全体がダークサイドに覆われていたのだ。1,000年前のシス帝国の崩壊の直後、撤退した数人のシス戦士がアンブリアに逃れたと言われている。彼らはソンが到着する数世紀前にフォースと同化したが、その魂は未だこの辺境の惑星に留まっており、あらゆる生命を荒廃させ、アンブリアを荒れ果てた不毛の惑星にしていたのだ。ソンはこの惑星こそが自分の必要とされている場所だと確信し、地表の岩肌に着陸する。船を出た途端、彼はシスの亡霊による攻撃を受けるが、難なくそれを交わしていった。だが、攻撃は絶えず続けられ、次第にソンも疲れを募らせていく。やがて彼は必死の努力でナス湖に潜り、ダークサイドに身を委ねる振りをした。シスの亡霊がソンに群がると、彼はライトサイドのエネルギーの網をもってそれを絡めとリ、罠に捕らえた亡霊たちを永久にナス湖に封印したのである。
シスの亡霊を打破した後、ソンは湖の近くにジェダイの訓練施設を準備し、さらにはアンブリアの生態系を復活させるために近隣の惑星から小動物たちを連れてきた。彼はその後10年間この惑星で1人で過ごすが、弟子を取るべきときはすぐに訪れた。古くからの友人、年老いたジェダイ・マスター、ガーノーが高齢によって間もなくフォースと1つになろうとしていることを知ったソンは、ガーノーの最後の弟子、ヴァルタンのオス・ウィラムを引き取る約束を交わし、彼をアンブリアの訓練施設に連れてくる。2人はそこで教えやすく、学びやすい、平和で静かな暮らしを送っていた。そして数年間、ソンはオスを鍛え続け、ジェダイの秘密を伝授すると、オスは力強いジェダイ・ナイトへと成長したのだった。しかし、2人の静かな暮らしはソンの友人であるジェダイ・マスター、カーマからの知らせによって破られる。カーマは自分の弟子アンデュア・サンライダーに教えられるすべての修行を与えたが、彼にはさらなる師匠が必要だと話す。こうして、アンデュアがソンの下で修行を続けるべく、妻ノーミと幼い娘ヴィマを連れてアンブリアを訪れることになったのだ。
多くのジェダイが言うように、フォースは神秘的な方法で働く。ふとした運命の湾曲によって、アンデュアは決してアンブリアでソンの教えを受けることができなくなったのだ。旅の途中、アンデュアとその家族はあるジャンプ・ステーションで休息を取っていた。このとき彼らはステーションを取り仕切る犯罪組織の刺客から襲撃を受け、家族を守ろうとしたアンデュアは殺害されてしまう。しかし、彼はフォースと一体となる前に、妻にフォースが意図した展望を伝えるのだった。アンデュアの妻ノーミにはフォースに関する独自の才能があった。彼女はジェダイ・ナイトとしての役割を果たさなければならず、そのためにはアンブリアでマスター・ソンの教えを受ける必要があった。アンデュアはそのことを伝え、妻の腕の中で姿を消すのだった。
ソンとオスはフォースと瞑想を通じて遥か遠くで起きたアンデュアの最期を感じる。ソンはノーミ・サンライダーをジェダイ・ナイトとして訓練することもフォースの意思であると理解し、彼女が後に銀河系を震撼させるであろう邪悪に対して重要な役割を演じることになると予見した。やがてノーミがヴィマと共にアンブリアに到着する。ノーミは最初にオスに紹介されるが、彼女はオスをソンと間違えてしまう。そのころ、ジャンプ・ビーコンでアンデュアの家族を襲った犯罪王ボガ・ザ・ハットの一味もノーミを追跡し、アンブリアに到着していた。そして皆の紹介が終わる前に、ボガは傭兵を引き連れてノーミとオスの前に姿を現し、2人を取り囲む。ボガの傭兵たちはオスを打ち負かしたが、深刻な状況になる前にソンが戦いに加勢し、襲撃者たちを追い払うのだった。敗北に気づいたボガは速やかに退却し、ノーミ、オス、そしてソンは互いに正しく紹介しあう。ノーミはこの役畜とも思える奇妙な生物を見て、それがジェダイ・マスターであること、そして自分の師匠となることに驚いた。さらに驚いたことに、ソンはノーミが到着してから何ヶ月もの間、彼女を無視し続け、何も教えようとしなかったのである。しかし、ソンは彼女が多大な喪失を経験したばかりであることを知っていた。彼女はまだ人生の急変に混乱している状態にあったのだ。マスター・ソンはノーミに夫の死を悲しませ、ジェダイ・ナイトになるという新しい役割を受け入れさせるための時間を与えていたのである。
ノーミが夫の死を悲しんでいる間、ソンは瞑想に多くの時間を割き、同時にオスへの訓練を続けていた。やがてソンはオスのフォースの強さを認め、彼がジェダイ・ナイト、として銀河系に仕える準備ができていると判断する。その後、オスはアンブリアを訪れたジェダイ・ナイト、トット・ドニータから、惑星オンダロンの城塞都市イジズの人々を助ける任務へと召還されていった。オスがアンブリアを去ったことで、ノーミとソンは、かつてソンとオスが2人だけで過ごしていたときと同じ自由な時間を手に入れた。ソンは瞑想の中でこの銀河系全体に邪悪が広がりつつある光景を見た。彼は同時にその邪悪が未来を覆う可能性を予見するが、未来はすべてのジェダイ・ナイト、、特にノーミ・サンライダーを求めており、彼女の名はその後何世代にもわたってジェダイの間に語り継がれることになるのだ。こうした展望を得たソンは、直ちに彼女の訓練を開始したのだった。
ソンが最初に直面した難題は、ノーミがジェダイになることを不本意に思っていたことである。彼女は未だに夫の死に関連した出来事に悩まされ続けており、自分を襲う暗殺者と戦うことを強いられていた。ソンは討論やジェダイ・ホロクロンの使用を通じてノーミの不安を少しずつ取り除いていったが、彼女はまだジェダイになるために必要とされる洞察力と責任を受け入れていないようだった。そしてある訓練の最中、またしてもボガ・ザ・ハットがより多くの武器と傭兵を引き連れてアンブリアに戻ってきた。訓練所が攻撃されるなか、ノーミはヴィマを守るため安全な場所に避難する。しかし、ソンは襲撃者に身を委ね、フォースに手を伸ばしつつ、ノーミに選択を促すのだった。これはノーミにとって重大な分岐点となり、彼女は最終的に自分の役割がジェダイであることを認めたのである。彼女は無意識にジェダイの戦闘瞑想と呼ばれる技を使い、敵を味方同士で戦わせることに成功した。2人のジェダイは続く戦いで再びボガの手勢を撃退することができたのだった。すべての危険を退けるため、ノーミはジェダイの道を学ぶことを切望する。ソンは今一度教師としての役割を手にし、ノーミをジェダイとすべく訓練を開始するのだった。
アンブリアでのソンの暮らしは質素なものだった。そのため、彼はノーミをジェダイの惑星オッサスへ連れて行き、そこで自分のライトセイバーを作らせ、大ジェダイ公文書館で学ばせていた。やがてノーミはジェダイの機動部隊の一員として、フリードン・ナッドの暴動が起きているオンダロンへと派遣されることになる。その後の数ヶ月の間、オンダロンがダークサイドの支配者アマノーア女王とオミン王から解放されたため、ソンはオッサスに残っていた。だがそのとき、クラースと名乗るダークサイドの集団がエンプレス・テタ星系で政治的クーデターを起こし、ジェダイに対して宣戦を布告したのである。この非常事態に対処すべく惑星デネバでジェダイの大規模な会議が召集されることとなり、ソンも議論を行うため代表団の1人として旅立っていった。しかし、この会議はクラースがジェダイに対して放ったバトル・ドロイド軍による奇襲によって開始後間もなく中断されてしまう。この攻撃の後、ソンと他のジェダイたちはクラースへの対抗策を討議すべくオッサスへと戻るのだった。
オッサスでソンは臨時の評議会を開催し、クラースとジェダイとの戦争の状況について議論した。この評議会で、ノーミとケイはクラースに潜入しているウリックを救出したいと申し出る。彼らはウリックがダークサイドの誘惑に駆られる危険な状態にあり、まさに最後の一線に差し掛かっていることを懸念していたのだ。ソンと評議会は2人の若いジェダイにその計画を実行する許可を与える。だが、ソンはあくまでもウリックが自分の意思で戻ってこなければならないと警告した。もし彼が留まる決意をしたならば、ジェダイはその意思を尊重しなければならない。しかし、この目論みは崩れ去り、銀河系はさらなる深い抗争へと進んでいく。ウリックはクラースとの同盟を宣言し、エグザ・キューンと共に新たなるシスの暗黒卿を名乗った。一方で、ソンはオッサスに留まっていたが、やがてこの問題の解決策を瞑想すべくアンブリアへと戻るのだった。
後にノーミとその娘ヴィマ、そしてキャサーのジェダイ・ナイト、サイルヴァーがアンブリアのソンと合流した。さらにソンのかつての弟子オス・ウィラムとサイルヴァーの恋人のクレイドーが後に続く。だが、オスとクレイドーはエグザ・キューンに騙されてヤヴィン4のジャングルに導かれ、シスの魔術によって洗脳されてしまう。キューンは2人にかつての師を探し出し、殺すよう指示するのだった。彼らはマスター・ソンを殺害すべくアンブリアへと向かう。オスとクレイドーはナス湖の湖底から巨大な爬虫類の怪物を召還し、ソン、ノーミ、サイルヴァーを襲わせると、自分たちも襲撃現場へと向かった。だが、怪物はソンの敵ではなく、ノーミとサイルヴァーにとっても同様だった。ソンはオスを捕まえてシス魔術の悪夢から目覚めさせたが、もう片方の手で取り押さえていたクレイドーはなんとか脱出し、クラースの元へと逃げ帰っていった。ソンはこの攻撃の背後にある動機を感じ取る。これはできるだけ多くのジェダイ・マスターを始末しようとするエグザ・キューンの陰謀だったのだ。ソンは他のマスターたちの身を案じ、オスが回復すると同時に弟子たちを引き連れてオッサスへと向かう。しかし、彼は他のマスターたちが自分ほど幸運でなかったことを知って愕然とした。彼らは既にことごとく殺され、フォースと一体となっていたのだ。シスの目論みは成功していたのである。
オッサスに到着したジェダイたちは、クラースがオーリル・セクターのケンプレックス9を攻撃していることを知る。オーリル・セクターの近郊にはクロン星団があり、そこには不安定な10個の恒星が存在していた。ソンはジェダイの攻撃部隊をクロン星団に派遣し、クラースと戦うことに同意するが、オッサスにはキューンにとって重要なものが存在するため、慎重に守る必要があることも理解していた。そして、すぐにこの推測が正しかったことが証明される。オッサスはマンダロアの軍団を伴ったキューンとウリックによる攻撃を受けたのだ。事態はさらに恐ろしく、クラースはクロン星団全体を爆破し、10個の恒星の爆発による衝撃波がオッサスへと向かっていった。ジェダイにできることは、これまでに彼らが記した無数の書物と教義を有する古代ジェダイの惑星を放棄し、脱出することだけだった。ジェダイといえども、すべての情報を運び出すことは不可能である。だが、それは何もせずに諦めるという意味ではなかった。ジェダイたちは可能な限り多くの古代書物や工芸品を宇宙船に詰め込み、惑星からの脱出を開始したのである。
ソンの友人だったジェダイ・マスター、ウード・ブナーも、ジェダイの工芸品を守ろうとしていたときにエグザ・キューンと遭遇する。だが、彼はこの戦いでキューンを撃退するために自らを犠牲とし、体をオッサスに植え付けて着生状態へと転移した。同時にウリックを支配していたダークサイドの力も終焉を迎えつつあり、残すはキューンを倒すだけとなる。やがて最後の脱出船が呼ばれようとしたとき、ソンは別れを告げるためブナーのもとを訪れた。彼はブナーがこの戦争のもう1人の犠牲者となることへの後悔と悲しみ、そして最後の別れの言葉を伝え、他のジェダイと共に安全な船に乗り込むのだった。一方、キューンは本拠地であるヤヴィン4に撤退し、シスの魔術とダークサイドのフォースを使って精神を肉体から解放する。彼はこの衛星に生きるすべての生命力を吸収し、銀河系全体に大破壊を巻き起こそうと考えていたのだ。オッサスの軌道上でそれを察知した数千のジェダイたちも、キューンの野望を阻止するため、最後の戦場となるヤヴィン4へと向かう。そこでソンと他のジェダイたちはフォースの瞑想を行い、キューンの魂を封じ込める光の壁を築き上げた。彼の魂は力を集中させるために使っていた神殿から離れられなくなり、その場に封印されてしまう。こうしてついに、多くの犠牲者を出したシス大戦は幕を閉じたのである。
そして10年後、ソンは多少歳をとり、ノーミ・サンライダーはジェダイの偉大な指導者の1人となっていた。彼らは共和国の将来について議論するため、他のジェダイたちを招集する。ソンは旅をし、各地で多くの友人やシス大戦を共に戦った仲間のジェダイたちに声を掛けていった。そのなかにはサイルヴァー、トット・ドニータ、そして美しい女性へと成長したノーミの娘ヴィマも含まれている。この会議の後、ソンは他の年配のジェダイ・マスターたちが歩んできたのと同じ哀愁と余生を受け入れ、引退を決意する。彼は最も偉大なジェダイ・マスターの1人として、銀河系の歴史の1ページにその名を刻んだのである。
およそ1,000年とも言われる長寿命を持つ種族リックのウード・ブナーは、若き日に惑星マーカーで捨てられた孤児だった。そしてハイパースペース大戦とそれに続くシス帝国の陥落からおよそ1,000年前、彼はフォースの才能を見出され、ジェダイ・ナイトの称号を手にしたのである。ブナーは学習と研究に人生の大半を捧げ、数世紀にわたってジェダイの学者として活躍していた。そして、後にはジェダイ・ホロクロンを守るゲートキーパーにも抜擢されている。彼は非常に研究熱心であり、その誘惑に屈することなくダークサイドやシスの秘密の教義を学んだ数少ないジェダイ・マスターの1人となった。こうした知識によって、ブナーはジェダイ・オーダーにおける価値ある人材の1人となり、多くのジェダイが敵を打ち破るための助言を求めて面会に訪れていた。彼は他のジェダイのような優れた戦術家ではなかったが、敵に関する情報を提供することで、ジェダイの軍勢は敵勢力の弱点を容易に発見することができたのだ。
その後、ブナーは自分の持つ幅広い知識をホロクロンに記録し始めた。このホロクロンはジェダイ・マスターからジェダイ・マスターへと受け継がれ、やがてアーカニアのマスター・アーカ・ジェスの手に渡る。さらにジェスはこれをマスター・ソンに譲り、ソンは弟子のノーミ・サンライダーを訓練するためにそれを活用したのだった。ブナーはフォースのライトサイドとダークサイドの間で起こるであろう戦争を予見しており、ノーミがこの抗争で重要な役割を演じることになるだろうと予言していた。そして、彼はこの予言の内容をホロクロンの中に記していたのである。
ブナーの予言が的中し、邪悪なダークサイドの集団クラースによって銀河系が抗争の渦に飲み込まれたとき、彼はジェダイの惑星オッサスで多くの時間を費やしていた。ウリック・ケル=ドローマがクラースを内側から滅ぼすべく彼らの中に潜入するという任務に就くと、ブナーは彼にクラースの本拠地であるエンプレス・テタ星系の完全な歴史を提供する。やがて戦火が広がり、銀河系がますます抗争の深みへと進んでいくと、ブナーはオッサスでジェダイによる会合を開き、この戦争における戦略と問題点について話し合った。だがその頃、クラースは10個の不安定な恒星からなるクロン星団を破壊し、超新星爆発による衝撃波がオッサスを破壊するべく迫ってくる。ジェダイに残された選択肢はオッサスを放棄して脱出することしかなく、ブナーらは持てる限りの宝物やテキスト、工芸品を持って避難を開始したのだった。
オッサスの倉庫でライトセイバーや巻物を集めていたブナーの前に、クラースの首領であるシスの暗黒卿エグザ・キューンがマサッシの戦士たちを伴って姿を現した。ブナーはジェダイの工芸品を守るため、意を決してキューンとマサッシの戦士に激しいライトセイバー戦を挑む。だが、学者だった彼はそれほど戦闘には熟練しておらず、力の上ではキューンとその手下たちの方がはるかに勝っていた。彼は戦いに敗れたが、暗黒卿から工芸品を取り戻すために覚悟を決め、キューンに対して最後の手段を解き放つ。ブナーはフォースの力を利用して、種族特有の樹木に似た安定化形態に変異した。彼はこの姿でキューンとマサッシたちにフォースの波動を送り、敵の逃走を阻止したのである。敗れたキューンはこれ以上の危険を冒す価値はないと判断し、生き延びるために工芸品を諦めて逃走する。だが、ここでキューンを倒すために自らの運命を決したブナーは、衝撃波による惑星の崩壊から脱出することを諦め、自身を犠牲にするのだった。
破壊の嵐が迫り来るなか、変異したブナーはオッサスの大ジェダイ公文書館の中央に永久的な根を張った。その間もオッサスの人々の脱出は続き、やがてジェダイたちも同様に退去するべきときが訪れる。しかし、彼らは脱出する前に親愛なる友人であるブナーの悲痛な選択を称えるべく彼の元を訪れ、別れを告げるのだった。最後に別れを告げたのはマスター・ソンである。しかし、ブナーはエグザ・キューンを破ってジェダイの工芸品を守り通したことに満足しており、ソンに心配は無用だと答えるのだった。ソンはフォースに最後の祈りを捧げ、惑星の慈悲にブナーを任せた。そしてついに太陽の爆発がオッサスに到達し、行方を遮るもの全てを焼き払う。不幸なことに、マスター・ウード・ブナーもそのなかの1つとなるのだった。
しかし、そのときもフォースはブナーと共にあった。衝撃波は惑星を殺戮したが、彼は辛うじて生き残っていたのだ。彼はその後4,000年の間オッサスに残り、傷を癒していた。ブナーはシスの暗黒の兄弟たちの出現、帝国とパルパティーン皇帝の台頭、皇帝とシス卿ダース・ヴェイダーの最終的な敗北といった激動の時代を生き抜いた。そして、彼がジェダイであることが明らかになったのも、まさに4,000年後のことだったのだ。銀河系が再び抗争に飲み込まれ、ジェダイの情報を発見することに望みを託したルーク・スカイウォーカーは、弟子のカム・ソルサーを引き連れ、オッサスへと向かう。しかし、ルークらは到着した直後にダークサイダーのゴーアとセドリス、そしてその手下たちに遭遇した。両者は戦いへと突入し、セドリスはイザナの兄妹ジェムとレイフを人質にとって木に縛り付ける。しかし、その木こそが4,000年ぶりにジェダイとしての使命を与えられたジェダイ・マスター、ウード・ブナーだったのだ。彼はジェダイを助けるためにダークサイダーを倒さなければならないことを認識し、木枝のような腕を振るってセドリスを誘惑した。彼はフォースと惑星のエネルギーを引き出し、爆発を引き起こす。この衝撃でセドリスは倒されたが、ジェダイは無事だった。しかし、ブナーは4,000年ぶりの戦闘ですべての力を消耗し、自らの命を犠牲にしたのである。彼はようやくフォースと一体となったが、その直前に、ルークに古代のライトセイバーを含むオッサスから運び出したジェダイの工芸品を手渡した。こうして、マスター・ウード・ブナーの伝説は幕を下ろしたのである。