何千年もの長きにわたって、シスとジェダイは銀河系の覇権を巡って争いを繰り広げてきた。もちろん、ジェダイ・ナイトたちに銀河系を支配するという願望はなかったが、彼らはシス卿を滅ぼすという努力をもって、共和国に献身していたのだ。遠い過去の最も暗黒の力が強かった時代、シスは怯える民衆に暗黒の意思を及ぼすべく、すべての力を解き放ったのである。
シスがついに銀河共和国を新秩序へと転覆させる4,000年前、銀河系は強大なシス卿の反乱によって引き起こされた最後の戦いに揺れ動いていた。やがて、シス大戦は共和国の勝利によって幕を閉じるが、この戦いによる傷跡が癒えた共和国は、その直後にアウター・リムから侵略してきたマンダロアの略奪者たちによる襲撃を受け、再び守勢に立たされたのだった。
ジェダイ・ナイトたちは包囲されながらも、マンダロアの襲撃者を撃退すべく、果敢に戦っていた。この時代における最大の英雄は、ジェダイの戦士マラックとレヴァンである。レヴァンの聡明な軍事戦略は幾度となく共和国側を勝利へと導き、一方でマラックも何ものをも恐れず危険に身を投じる頑強な戦士として名声を獲得していた。事実、マラックのかつてのマスターも、彼がダントゥイーンのジェダイ訓練アカデミーで学んでいたころから、その勇猛さをよく承知しており、それゆえ、彼を戦場に解き放つのを躊躇していたほどである。しかし、マンダロリアン大戦による歪の中、彼らに他の選択肢は残されていなかったのだ。
やがてマンダロリアンの攻撃の潮流が変化すると、マラックとレヴァンは逃走する敵軍を追って未知の宙域へと到達した。だがその後、共和国と2人のジェダイ戦士との間の連絡がすべて途絶えてしまう。未知領域で何か恐ろしいことが起こったのだ。2人のジェダイの英雄はダークサイドに屈服し、シス・マスターのダース・レヴァンと、その弟子ダース・マラックという2人のシス卿として銀河系に帰還したのである。
2人のシス卿は何らかの方法で強大な軍隊を組織し(巨大軍事企業であるザーカ社との同盟関係によるものと推測されている)、次々と征服した惑星を自分たちの領域へと加えていった。同時にジェダイ・ナイトや共和国軍の兵士たちの間にも、秩序を維持するのが困難なほどに裏切り者が多発し、シス側の勢力をさらに増大させていく。共和国はダース・マラックの軍勢による幾度とない攻撃によって疲弊させられ、崩壊直前の状況にまで追い詰められてしまうのだった。
シスの勝利の原動力はスター・フォージである。ラカタンの驚異的なテクノロジーによって作られた太古の宇宙ステーション、スター・フォージは、宇宙空間に浮かぶ巨大な工場型ステーションであり、その内部では艦船や戦闘用兵器が絶え間なく製造されていた。マラックとレヴァンは未知領域にいた際にこのステーションの存在に関する手がかりを発見し、太古の惑星の軌道上で、ついにスター・フォージの所在を突き止めることができたのだ。
ジェダイ評議会はマラックとレヴァンを止める瀬戸際の策として、シス卿を陥れるための罠を用意する。そして、この罠によってダース・レヴァンの動きを食い止めることができたが、一方でマラックは辛くも難を逃れ、マスターに代わってシス軍の指揮権を掌握したのだった。マラックが戦いから逃走したと主張する者もいるが、彼がレヴァンより大きな力を持っていたために生き延びたのだと主張する者もいる。さらには、マラックがジェダイによる攻撃を利用してレヴァンを裏切り、シス軍の統制を一手で担ったのだと信じている者もいる。真実は闇の中だが、事実としてマラックは生き延び、復讐の炎を燃やしていたのである。
マラックはかつてライトセイバーの決闘で深手を負ったことのある長身の人間だった。彼は顔面に光刃の強打を受けて下顎を失い、それ以来、他人の目からその醜悪な顔を隠すため、金属製の顎部保護装置の着用を強いられている。この保護装置にはヴォコーダーも内蔵されており、マラックはこれを使って巨大クルーザー<リヴァイアサン>の艦橋から不気味な金属質の音声で命令を発しているのだ。彼の命令は、すべての惑星を破壊せよというものだった。マラックの軍は訓練されたシスの兵士たちと腐敗したダーク・ジェダイ、あわせて1,000人を超す大軍へと成長しており、既にタリスやダントゥイーンのような惑星はシスの憎悪の力を感じはじめていた。また、マラックの艦隊を指揮したのは、かつての共和国軍将校サウル・ケイラス提督だが、彼は自分の命令に忠実な弟子として、ダース・バンドンを新たに召還している。
一方、ジェダイに捕らえられたレヴァンは、過去のシスとしての記憶をすべて消去され、共和国のスパイに転向させられていた。そして、ジェダイの観察者たちは、この「改心した」シスにスター・フォージの捜索の初期にたどった過去を追跡させ、その間、絶えず彼を間近で観察することになる。こうして共和国のエージェントはついにスター・フォージを発見することに成功し、再びマラックと遭遇したのだった。
スター・フォージを攻撃するべく共和国艦隊が到着すると、この遭遇は大規模な戦争へと発展した。スター・フォージからは、共和国艦隊を撃退するべく、無数の船が絶え間なく湧き出してくる。また、シス卿は繋がれたジェダイの捕虜たちから直接エネルギーを引き出すため、ラカタの装置との奇妙な融合を果たしていた。彼は捕虜たちからエネルギーを吸い取り、これらで自らの生命エネルギーを補填していたのである。こうしてマラックはほぼ無敵の状態を誇ったが、最終的に共和国はこの一大決戦で奇跡的な勝利を獲得し、スター・フォージの破壊に成功したのだった。
ダース・マラックの従者たちに多く見られるように、バンドンもかつてはジェダイ訓練生の1人だった。しかし、フォースが彼の内に強く流れていても、バンドンはもはや決してジェダイの教義を受け入れないだろう。いまや彼の心の中では怒りや憎しみといった力強い感情が荒れ狂い、これらが彼に力を与えているのだ。シスが力を台頭させたとき、バンドンは古きマスターを拒絶し、コリバンにあるシス・アカデミーへと逃亡したのである。
そこで彼は自分の存在すべてを捧げ、ダークサイドとシスの教義を受け入れた。彼は、強大なフォースの力、本来の冷酷さ、そして力の探求における絶対的な非情さによって、即座に他の門弟たちから遠ざかっていく。やがてバンドンはマラック卿の計算高い目を引きつけることになるのだった。
シス・オーダーの伝統に従い、マラックは数多くの訓練生たちの中から、ただ1人の弟子となるべき存在を探していた。その人物はシスの恐怖の秘密を学び、ジェダイと共和国を滅ぼすためにその力を使うことになるのだ。
ダース・バンドンは、自分こそが優れた選択肢であることを示した。彼のライトセイバーの光刃によって多くのジェダイが倒れていったのである。一方で、シスの支配層には、いつの日かバンドンが暗黒卿の権威を巡ってマラックに挑むのではないかと心配する声もあった。なぜなら、それがシスのやり方であり、強者こそが支配し、弟子がマスターを超えたとき、マスターは倒されなければならないのだ。
だが、この野望が成就するには時間が足りなかった。バンドンはダース・マラックの秘密の力の源であるスター・フォージを捜索していた共和国の密使によって倒されたのである。
ナブーの戦いのおよそ2,000年前、古代シス卿カーンによって率いられた20,000人のシス戦士からなる「暗黒の兄弟たち」は、ルーサンでジェダイ・マスター、ホス卿率いる光の軍団と激突した。両者は7度にわたって激しく交戦したが、カーンの軍勢は意見の対立による内乱が絶えず、形勢は極めて厳しいものだった。そしてついに、カーンは思考爆弾によってこの窮地を脱しようと決意する。シス卿の1人クォーディス卿の弟子だったベインはカーンの考えに異を唱えるが、時既に遅かった。カーンは思考爆弾を点火し、その爆破の衝撃によってルーサンにいた戦士たちは敵味方関係なく、全滅してしまったのである。しかし、ただ一人ベインだけが生き残っていた。狡猾なベインは自分の船<ヴァルシン>でルーサンを脱出し、難を逃れていたのだ。
船内にいたベインの前に、ルーサンで死んだかつての師クォーディス卿の亡霊が現れた。クォーディスはルーサンから逃亡したベインを臆病者として弾劾し、弟子を苦しめる。ベインは亡霊を無視して飛び続け、やがてオンダロン星系の悪名高きシスの衛星デキサンに到達した。彼は着陸を試みるが、クォーディスの亡霊はダークサイドの力を用いて攻撃を開始し、<ヴァルシン>はジャングルの中に墜落してしまう。何とか瓦礫の中から脱出したベインは、密林に潜む無数の猛獣たちと戦いながら、ジャングルの出口を目指すのだった。
すると、ベインの前にもう1人の亡霊、カーン卿が現れる。カーンはジャングルの中でベインを先導し、彼を古代シス卿フリードン・ナッドの墓へと導いた。ベインは墓の中に入って古代のトンネルを抜け、ついに捜し求めていたシス・ホロクロンを発見したのである。しかし、彼がそれを掴もうとした瞬間に天井からフジツボのようなものが数個落下し、蛭のようにベインの体に貼りついた。そして彼が苦痛のあまり悲鳴を上げると、その生物たちは皮膚の上で互いに融合し、有機体でできた装甲服と化したのだった。
再び現れたクォーディスの亡霊は、その生物がオーバリスクと呼ばれる共生生物であり、やがては成長して体全体を覆うようになると説明する。怒り狂ったベインはホロクロンを徹底的に調査し始めた。そして長い時間が経過し、シスの墓から姿を現したベインはクォーディスの真意を完全に理解していたのである。
ベインはルーサンにおける「兄弟たち」の崩壊について熟考し、新たなる規律を決定する。仲間のシスたちは、味方であると同時に最悪の敵でもあったのだ。今これからは極少ない人数、すなわち師匠と弟子の2人だけで存在すべきである。そしてその存在は絶対に知られてはならず、シスの目的もただ1つ、共和国とジェダイを滅ぼすことだけに集中されていなければならないのだ。
ベインは空を飛ぶデキサンの野獣と格闘し、それを従わせる。そして彼はすぐ近くにあるオンダロンへと向かい、ただ一人の弟子を探し始めた。このときを境に、後のシス卿たちは、忍耐、策略、そして秘密を守り通す術を教えられることになるのだった。
ザナーはシスと戦うために光の軍団に徴集された多くの子供たちの1人だった。彼女は従兄弟のダロヴィット、ハーディン、ルートらと共に故郷の惑星ソモヴ・リットで、地元の慣習にしたがって暮らしており、レインという通称で知られていた。ダロヴィットやハーディンとは異なり、レインはフォース感知能力の片鱗を見せていなかった。そのため、ジェダイのスカウト、トア・スナピットがルーサンの光の軍団に加わるフォース感知者を探すためこの惑星を訪れたときも、彼は当初レインを連れて行くことを渋ったのだった。しかし、レインは従兄弟たちが戦争に赴く間、1人で故郷に残ることを嫌い、フォースの能力を見せることでスナピットを納得させる(だが、これはダロヴィットが仕掛けた偽りの演技だった)。こうして、彼女は年下の2人の従兄弟と共にスナピットによって故郷から連れ出されたのだった。
ルーサンに到着した直後、彼らの船は「暗黒の兄弟たち」のバザードによる攻撃を受けた。そして爆発で船に穴が開いたとき、レインは外に吸い出され、直下の森林へと落ちてしまう。従兄弟たちは彼女の死を確信したが、彼女は下を飛んでいたバウンサーのラによって助けられていた。レインはラの柔らかい背中をクッションとし、バウンサーたちの看護を受けながらその後の数日間を過ごしたのである。
第6次ルーサンの戦いの間、シスの暗黒卿たちはフォースを使って破壊の波を作り出し、森林と平原を何マイルにもわたって消し去った。レインとラもその爆風に巻き込まれるが、レインは無意識のうちにフォースを使い、ラと自分、そして休息に使っていた小さな緑地を守ることができた。このときレインはついに自分のフォースの強さに気づき、ジェダイになれるという希望を抱く。だが、ラは彼女がダーク・ジェダイになるという予知夢を見ていたのである。レインは崖から飛び降りることで自殺を図るが、自分の運命を夢に支配させるわけにはいかないと決意し、フォースを使って自分を救助したのだった。
ルーサンの破壊が広範囲に及ぶようになると、多くのバウンサーが悪夢にうなされ、戦士たちの心に死と苦痛のイメージを送っていた。ジェダイのペッジャとその仲間は、軍がパニックに陥ることを避けるためラを殺そうと決意する。ペッジャはラをブラスターで射殺し、そのとき死んだと思われていたレインを発見した。彼らはラの遺体から転げ落ちていたレインに駆け寄るが、激怒した彼女はダークサイドのフォースを使ってジェダイたちの首を締め上げると、泣きながらラの遺体へと戻ったのだった。
弟子を探していたシス卿ダース・ベインが到着したのはこのときである。ベインはレインの力を察知し、彼女に話しかけた。レインは自分が殺人者であることを認め、2人のジェダイを殺害したことを正当化すると、ベインと手を組むことを選んだ。このときから、彼女は本当の名前であるザナーを名乗るようになったのである。
戦いが終わると、ザナーはベインと共にカーン卿が思考爆弾を放った洞窟を訪れ、そこでベインの野望を阻止しようとしていた従兄弟のダロヴィットと遭遇した。ザナーはダロヴィットの片手を吹き飛ばすが、そのときベインからなぜ殺さなかったのかと問い詰められる。彼女は、彼を殺したところで楽しくもなければ役にも立たないと答えたのだった。そして、ルーサンの戦いにおけるシスの自滅について熟考したベインは、彼女に新シス・オーダーは常に2人、師と弟子のみであるべきだと語ったのである。
その後、ベインはルーサンからデキサンへと向かったが、ザナーは同行しなかった。彼女はベインが新シス・オーダーに関する完全な計画を立案した後、惑星オンダロンで彼と再会する。ベインはザナーを新たなるシス・アプレンティスとし、彼女に「ダース」の称号を与えた。これ以来、この称号はベインの新シス・オーダーを通してマスターから弟子へと引き継がれることになる。そして戦いから数年後、ダース・ザナーはルーサンへと戻り、傷ついた従兄弟との最後の決戦に臨むが、その結果は歴史に残されていない。
シス卿となったザナーは、マスター・ベインから与えられたクリスタルをパワー源とする、独自の赤い2本の光刃のライトセイバーを使っていた。ザナーの死から長い歳月を経て、このライトセイバーはグリーヴァス将軍の手に渡っている。
ダース・プレイガスは銀河系のあらゆる出来事に影響を及ぼしたが、彼について知られていることはほとんどない。唯一、彼の弟子だったダース・シディアスのみがすべてを知っていたが、それも極わずかなことでしかないのだ。いずれにしても、シディアスの語った内容の中で額面どおりに受け取れるのは、ほんの一部である。だが幸いにも、より客観的な情報源から、この謎の多い人物に関する伝説がはっきりし始めてきた。
この男の本当の名前や若いころの話は完全な謎に包まれている。しかし、最近の研究によって、彼がアウター・リムの主要な惑星ムーニリンスト出身のムーンだということが示唆された(だが、確定的ではない)。推測されることは、あるとき彼が当時のシス卿に強力なフォースを見出され、適切な時期に弟子として取られたことである。その後、彼はダース・プレイガスという名を与えられたのだ。
やがて、今度はプレイガスがマスターとなり、シスの伝統を継続させるべく自身の弟子を探し始めた。この一連の出来事についてはよく知られていないが、ナブーでパルパティーンという名の天分ある若者が彼の目を引いたことは確かである。この若者の可能性を見出したプレイガスは、彼に「ダース・シディアス」という名を与え、弟子としたのだった。プレイガスがシディアスの内に、シス卿たちが待ち焦がれていた何かを見出した可能性も否定できない。ダース・ベインによる一千年来の計画の最終段階をついに成し遂げ、シスの復讐を現実のものとするシスが誕生したのである。
この時点では、シディアスがどれほどプレイガスの弟子でいたかを知る手段はない。だが、彼がマスターから多くのことを学んだのは明白である。後にパルパティーンは、彼の師が弟子にダークサイドを含むフォースについてのすべてを授けてくれたと語っているが、このことからも、プレイガスはジェダイの教義である光と、シスの手段である闇の両方の側面を知っており、したがって彼はこれらの知識をシディアスに教えた可能性があるのだ。これらがジェダイ・オーダーを内部から崩壊させるというシス卿の計画にとって、極めて有益な知識であったことは想像に難くない。おそらくシディアスはプレイガスを上回る力を身につけたのだろう。しかし、彼はプレイガスの予想以上に野心的でもあり、それこそが2人のシス卿の間に摩擦があったという強い兆候を示唆しているのだ。
長年にわたって、シディアスは自分が弟子を取る前に、マスターの死を待っていたと推測されていた。しかし、最近の研究によると、彼はプレイガスの知識がない状態で幼いダース・モールを手に入れ、訓練していたことが分かっている。シディアスはこうした訓練をマスターのいないところでやっていたが、そうでなくても、彼にとってプレイガスが何を知り、あるいは何を知らなかったのかを気にする理由はほとんどなかった。おそらく彼は、やがて自分がマスターとなるときのために、秘密の弟子を準備していたのだろう。モールが生まれたのはヤヴィンの戦いの54年前であるため、プレイガスは同60から50年前の間に生きていたことになる。事実、それよりも長く生きていた可能性もあるのだ。
シディアス側の単純な野心以外に、この陰謀の源が何であるかは謎のままである。しかし、プレイガスの持つ極めて深い教義が師と弟子の間に亀裂を生じさせ、やがてマスターの死を導くことになったのは間違いない。
自発的生命の誕生と不老不死の可能性に取り付かれたプレイガスは、フォースの最も深い、そして最も暗い秘密の開拓者だった。その一部はミディ=クロリアンに影響を与える能力であり、人々の命を救うばかりか、生命を作り出すこともできたという。こうして造られた子供は、プレイガスによればフォースそのものを具現化した存在なのだ。プレイガスに関する最大の論争の的は、まさにこれらの秘密に関してである。なぜなら、これらの秘密はシスになるべくして誕生したもう1人の若者、すなわちアナキン・スカイウォーカーに関する最大の謎と深く関係しているからだ。プレイガスがスカイウォーカーの奇跡的誕生を後押ししていた可能性はあるが、これは決して証明され得ないことだろう。
パルパティーンはスカイウォーカーに、ついにはプレイガスの弟子(この時点ではそれが自分であることを明らかにしていなかった)が眠っていた師を殺害したと告げた。彼がプレイガスについて語った内容のうち、どれだけが真実で、どれだけが偽りかを判断することは難しい。だが、スカイウォーカーにとって無関係な内容についてはすべて真実だろう。殺害方法は分かっていないが、おそらくはライトセイバーによるものだと考えられている。プレイガスと同様に冷静かつ無慈悲なシディアスが満足な笑みを浮かべ、勝利の瞬間と、時代遅れのマスターの命という安い代償でシスの支配を達成した瞬間を振り返ったことも特筆する価値がある。その後、パルパティーンは師の愚かさを思い出した。プレイガスは愚かにも眠りについたが、彼は決してそのような過ちを犯さないだろう。
やがて、プレイガスの弟子ダース・シディアスは、盲目となったジェダイの中を闊歩し、彼らの滅亡と彼らが仕える共和国の崩壊を導く役割を持ったシス卿となったのだ。
後に、パルパティーンはいわゆる「賢者ダース・プレイガスの悲劇」をアナキン・スカイウォーカーと関連付け、プレイガスの秘密を学べば人々を死から救えることの可能性を引き合いに、彼をダークサイドへと誘惑する。妻の死のビジョンに苦しめられ、悩まされていたスカイウォーカーは、急速に腐心していった。そして、彼がパルパティーンへの忠誠を誓うと、シディアスは共にプレイガスの失われた秘密を再発見しようと宣言したのである。