ナブーの戦いから10年後、銀河共和国はかつてのジェダイ・ナイト、ドゥークー伯爵による分離主義運動の猛威にさらされ、分裂の危機を迎えていた。分離派は自由な商行為を阻害する共和国の旧体質に反発しており、両者の対立は銀河系の各地で小規模な武力衝突が発生する事態にまでおよんでいたのである。銀河元老院のパルパティーン議長は幾度となく話し合いによる解決の道を模索したが、ドゥークーはそれに応じず、交渉の席にすら就こうとしなかった。こうしたなかで共和国から脱退する星系や企業は日増しに増え続け、もはやその勢いを止めることは不可能な状況となる。やがて共和国内外にも戦争勃発の機運が高まるのだった。
分離主義勢力が開戦に向けて準備を進めているという噂が広まると、共和国内の急進派議員たちの間でも、正規軍隊を設立してそれに対抗すべきであるという意見が飛び交うようになる。一方で、ナブー選出のパドメ・アミダラ議員らは平和主義を主張し、話し合いの継続を訴えていた。両派の論争は平行線を辿り、ついに投票による決着に委ねられることになる。しかし、その投票のためコルサントに到着したアミダラ議員が謎の刺客に襲撃される事件が発生し、投票は延期されるのだった。
事態を重く見たパルパティーンは、ジェダイ・オーダーに彼女の護衛を依頼する。ボディガードとして選ばれたジェダイは、アミダラの旧友でもあるオビ=ワン・ケノービとアナキン・スカイウォーカーだった。しかしその夜、再び彼女に対する暗殺未遂が発生する。2人のジェダイは犯人を追跡し、コルサントの摩天楼で果てしない追跡劇を繰り広げるが、ようやく追い詰めた実行犯は口封じのために殺害されてしまうのだった。だが、オビ=ワンは事件の黒幕と見られる賞金稼ぎの存在を知り、彼の残した武器から謎の惑星カミーノの所在を突き止める。カミーノは共和国に属さない辺境の惑星であり、何者かの手によって公文書館からその存在が抹消されていたのだ。オビ=ワンはジェダイ評議会の命を受け、事件の背景を解き明かすべく、この失われた惑星へと向かうのだった。
水の惑星カミーノに到着したオビ=ワンは、不意の訪問のはずが思わぬ歓迎を受け、不信感を抱いていた。カミーノアンたちはジェダイの訪問を待ちわびており、ここでオビ=ワンは驚くべき事実を知らされることになる。10年前に殺害されたジェダイ・マスター、サイフォ=ディアスが彼らにクローン軍を発注しており、既に20万のクローン・トルーパーがいつでも出動できる態勢を整えていたのである。そして、このクローンたちの遺伝子は、賞金稼ぎのジャンゴ・フェットから採取したものだった。オビ=ワンはジャンゴこそが追い求めていた賞金稼ぎであると直感し、彼を尋問のためコルサントへ連行しようとする。だが、ジャンゴとその息子ボバは予想以上の手強さを見せ、結局オビ=ワンも彼らを捕らえることはできず、再び追跡を続けることになるのだった。
オビ=ワンはジェダイ・スターファイターでフェットの<スレーヴI>を追跡し、不毛の惑星ジオノーシスにたどり着く。この惑星には通商連合のコア・シップが多数停留しており、テクノ・ユニオンのドロイド製造工場に侵入したオビ=ワンは、大規模なドロイド軍が準備されていることを知るのだった。さらに彼はドゥークー伯爵を発見する。ドゥークーは通商連合、テクノ・ユニオン、インターギャラクティック銀行グループ、コマース・ギルドなどの各代表を集め、彼らの軍事的協力を得て正式に独立星系連合を発足させたのである。オビ=ワンはこの驚くべき情報をコルサントに伝えるが、警戒中のドロイドに捕らえられてしまうのだった。
元老院の忠誠派議員たちも、もはや分離主義勢力との戦争は避けられないと判断していた。アミダラ議員の代理を務めるジャー・ジャー・ビンクスは、彼女に代わって議会で演説し、パルパティーンに非常時特権を与えるための緊急動議を提出する。この動議は全会一致で可決され、パルパティーンはジェダイによってもたらされたとされるクローン軍を、正式に共和国軍として採用することを決めるのだった。これを受けてジェダイ・マスター、ヨーダはクローン軍を受け取るべくカミーノへと向かい、メイス・ウィンドゥもオビ=ワン救出のため200人のジェダイを率いてジオノーシスへ向かう。一方で、アナキンとアミダラもオビ=ワンを救出するためジオノーシスへ向かっていたのである。
しかし、アナキンとアミダラはドゥークーに捕らえられ、スパイ容疑で死刑を宣告されてしまう。彼らはオビ=ワンと共にジオノーシアンの処刑闘技場に運ばれ、大観衆が見守るなか、3頭の猛獣との戦いを強いられるのだった。だが、そこにメイスをはじめとする200人のジェダイたちが救助に現れる。闘技場ではジェダイ、ジオノーシアン、バトル・ドロイド、そして処刑用の猛獣たちが大乱闘を繰り広げ、圧倒的な数を誇るドロイド軍の前に多くのジェダイが倒されるのだった。ドゥークーもジャンゴ・フェットを失うが、ジェダイを追い詰め、降伏を迫る。だがそこにクローン軍を従えたヨーダが到着し、一気に形勢は逆転した。優秀なクローン軍はジェダイの指示を受けて次々とドロイド軍を破壊し、ドゥークーや通商連合のヌート・ガンレイ総督らもその場から逃走していったのである。
共和国軍はドロイド製造工場をすべて破壊し、戦場を完全に制圧する。一方で、オビ=ワンとアナキンは逃走するドゥークー伯爵を追っていた。彼らはドゥークーの宇宙船のある格納庫に到達し、ライトセイバーで彼に戦いを挑む。しかし、ダークサイドを受け入れフォースの力を増したドゥークーに、2人のジェダイは完敗を喫してしまうのだった。続いて彼に戦いを挑んだのは、かつての師、ヨーダである。ヨーダは互角以上の戦いを見せてドゥークーを追い詰めるが、あと一歩のところで取り逃がしてしまう。戦争を食い止めることに失敗したジェダイの指導者たちは、交渉による時代の終焉を思い知らされたのだった。
ジオノーシスから逃走したドゥークー伯爵は、コルサントの破棄された旧工業地帯へと向かう。彼を待っていたのはシス卿ダース・シディアスだった。既にダース・ティラナスを襲名していたドゥークーは、ダーク・マスターに開戦の吉報をもたらす。シディアスが10年を費やした計画がついに動き出したのだ。首都からは新造されたおびただしい数のクローン軍が分離派の惑星へと派遣されていく。まもなく共和国は崩壊し、ジェダイ・オーダーも滅びることになるだろう。クローン大戦が始まったのである。
ジオノーシスの戦いから1ヵ月後、赤く輝く不毛の惑星ラタータックにドゥークー伯爵のソーラー・セーラーが到着した。出迎えの男に連れられ、伯爵は秘密の洞窟の奥深くへと進んでいく。そこは巨大な闘技場だった。観客たちを前に無数のエイリアン、ドロイド、さらには知性を持たない怪物たちが入り乱れ、激しい死闘を繰り広げているのだ。ドゥークーの目的は、ジオノーシスで失ったジャンゴ・フェットの後継者を探すことである。彼は自分の意のままに動き、ジェダイとも互角に戦える腕利きの戦士を必要としていたのだ。
闘技場での戦いは進み、生き残った戦士たちも少なくなってきた。だが、ドゥークーの関心は闘技場ではなく、いま自分が座っている観戦ボックスの中へと向けられていた。つい今しがたまでそこにいた案内役の男が、慎重に素性を隠した謎の刺客と入れ替わっていたのである。しかし、ドゥークーが求めているのは潜入に長けたスパイではなく、戦士だった。だが、彼、いや彼女こそはラタータックで最強の戦士とされる謎のダーク・ジェダイ、アサージ・ヴェントレスだったのだ。アサージは故郷ラタータックの惨状を無視し続けてきた共和国と、かつての師カイ・ナレックを見捨てたジェダイ・オーダーに激しい怒りを抱いており、この憎悪のエネルギーによってダークサイドのフォースから大きな力を得ていたのである。
正体を現したアサージは闘技場に降り立ち、残った戦士たち全員をいとも簡単に始末する。そして、ドゥークーがその力量に満足感を示すと、彼女は自らをシスであると宣言するのだった。だが、ドゥークーはあっさりとそれを否定する。この銀河系でシスを名乗れるのは、少なくともその時点では彼とそのマスターだけだった。ドゥークーは執拗にアサージを侮辱し、挑発する。怒った彼女はドゥークーに襲い掛かるが、フォースの電撃であっさりと気絶させられてしまうのだった。
その後、ドゥークーの部屋で目を覚ましたアサージは再び彼に戦いを挑む。アサージは2本のライトセイバーとフォースを駆使してドゥークーを追い詰めるが、シス卿ダース・ティラナスのダークサイドの力にはかなうはずもなかった。完敗を喫した彼女がドゥークーに忠誠を誓うと、彼は新たなる弟子に真のシス・マスター、ダース・シディアスを紹介する。シディアスはアサージに、アナキン・スカイウォーカーを見つけ出し抹殺せよと命じるのだった。ジェダイ・オーダーへの復讐に燃えるアサージは、シス卿の命令に同意する。彼女はドゥークーから新しい2本の赤いライトセイバーとジオノーシアン・ファンブレード・スターファイターを受け取ると、さっそうと故郷を飛び立っていくのだった。
ドゥークーはマスターの前でアサージの技量に自信を示す。しかし、シディアスの目的は彼女をジェダイ抹殺の引き金にすることでしかなかった。より大きな野望を秘めたシス・マスターにとって、アナキンとアサージの勝敗など些細な結果でしかないのだ。
カミーノの戦いはジオノーシスの戦いの2ヶ月後に勃発した争いである。この戦いはカミーノ防衛戦、またはカミーノへの襲撃とも呼ばれている。
カミーノのクローン工場は共和国軍にとって極めて重要な生命線だった。したがって、カミーノに対する独立星系連合の攻撃計画が明らかになると、ジェダイはこの惑星へ防衛艦隊を派遣することを決定する。しかし、ジェダイのパイロットたちは上空で勇敢に戦ったが、ドロイド軍のティポカ・シティへの上陸を防ぐことはできなかった。
マスター・シャク・ティとラマ・スーは力を合わせ、分離主義勢力による破壊工作から胎児および青年段階のクローンを守ることになる。そして、新たに造られたARCトルーパーが到着すると、戦況は共和国に有利な方向へと傾いた。そのため、分離主義勢力の司令官であるモン・カラマリのメライは、都市のシールド発生装置があると推測される場所に決定的な打撃を与えることを余儀なくされたのだった。
しかし、ジェダイはモン・カラマリの戦術家の想像以上に狡猾だった。企業同盟によって収集されたシールドの情報が間違っており、メライの努力は無駄に終わってしまう。そこで、メライは土壇場の攻撃を仕掛け、ジェダイのハイパースペース・リングへと向かった。彼はその過程で自分の船を破壊し、艦隊に撤退を命じたのである。そして、メライは自爆システムを作動させたが、それもジェダイに察知され、ついに最後の攻撃も封じられたのだった。
戦いは銀河共和国の明らかな勝利に終わったが、実際にはこの戦いそのものがダース・シディアスとその弟子、ダース・ティラナスによって仕組まれたものだったのだ。彼らは連合軍の最新鋭突撃部隊を壊滅させ、その最高司令官を抹殺することで、戦争の長期化を確実なものとしたのである。
また、この戦いの中でカミーノアンの科学者コー・サイはヨーダに対し、クローン軍の創設者がティラナスという名前であることを告げている。
ジオノーシスの戦いから4ヵ月後、クローン大戦は銀河系の各地で激化の一途を辿っていた。共和国のクローン軍はジェダイ・マスターたちを将軍として迎え入れ、メイス・ウィンドゥ将軍はダントゥイーンで、キット・フィストー将軍はモン・カラマリで、他の将軍たちも様々な惑星で分離派のドロイド軍と交戦中だった。そのとき、オビ=ワン・ケノービ将軍は、マスター・ヨーダとアナキン・スカイウォーカーを連れてパルパティーン議長のオフィスを訪れていた。彼はインターギャラクティック銀行グループの本拠地惑星ムーニリンストで、大規模なドロイド軍や戦艦の製造が行われていることを警告し、自らの出撃を訴える。パルパティーンもこれを支持するが、彼はアナキンの類稀なる才能を活かすべく、彼に特別部隊の指揮を取らせてはどうかと提案するのだった。オビ=ワンとヨーダは異を唱えるものの、結局はパルパティーンに押し切られ、アナキンが戦闘機部隊の指揮官に任命される。彼は極秘に結婚した妻パドメ・アミダラに一時的な別れを告げて旅立つが、軍の指揮はマスター・クワイ=ガン・ジンにとってでさえ難しい。オビ=ワンは未熟なパダワンの先行きに不安を隠せなかった。
パルパティーンに認められ意気揚々とするアナキンだが、オビ=ワンは彼に精神の甘さを指摘し、両者の間には僅かな確執が生じつつあった。やがてオビ=ワンとアナキンに導かれた軍はムーニリンストに到着し、アナキンの部隊は上空で、オビ=ワンの部隊は地上で、分離派のドロイド軍と交戦する。その一方で、オビ=ワンはARCトルーパーの一小隊を首都に送り込み、市街戦が開始される前の破壊工作を命じていた。だが、ARCトルーパーを乗せたシャトルは撃墜され、不時着を余儀なくされる。幸い犠牲者はなかったが、彼らは分離派の監視下に置かれていたのだった。
市街地に侵入した少数のARCトルーパー部隊は、銀行グループの中枢部へ向けて前進を開始する。目標は街の中心部にある敵の長距離レーザー砲を破壊することだった。途中でドロイド軍との小規模な戦闘が発生したが、彼らは難なくそれを撃退し、レーザー砲の破壊と司令タワーの確保に成功する。その後、味方のガンシップ部隊も到着し、いよいよ本格的な戦闘が開始されるのだった。
戦いの序盤は共和国軍の圧倒的優勢のうちに進んでいた。上空ではアナキンが次々と敵機を撃墜し、地上ではクローン軍が圧倒的な戦力で首都を瓦礫の山と化していく。司令センターでドロイド軍の指揮を執る銀行グループの幹部たちは慌てふためき、なす術なく不利な戦況を見つめていた。だが、最高責任者のサン・ヒルには切り札があった。ドゥークー伯爵がムーニリンスト防衛のため送り込んできた無敵の賞金稼ぎダージである。ダージはIGランサー・ドロイド軍団を引き連れて共和国軍へと突進していき、共和国のウォーカー部隊を次々と撃破していく。地上での戦況は完全に覆るのだった。
IGドロイド軍団を従えたダージは、次々と共和国軍のウォーカーを粉砕していく。異常事態に気づいたオビ=ワンはすぐさま援軍を派遣し、自らもクローン・トルーパーの装甲服を着て出撃する。首都の郊外で共和国のスピーダーバイク部隊と、IGドロイド部隊が正面からぶつかった。両軍共に多くの犠牲を払い、ついにダージとオビ=ワンが一騎打ちの死闘を開始する。ダージは全身に仕込んだ武器でオビ=ワンを激しく攻めるが、オビ=ワンもライトセイバーを巧みに操って攻撃をかわしていき、ついにオビ=ワンの光刃がダージの体を貫くのだった。しかし、ダージはせせら笑いを浮かべ、何事もなかったかのように反撃を開始する。ダージの種族ジェンダイは、驚異的な再生能力を有しているのだ。だが、オビ=ワンはひるむことなく一気に攻め続け、次々とダージの武器を破壊すると、最終的に彼の腕と体を切り裂いた。強敵が動かなくなったことを確認し、オビ=ワンは味方のもとへと戻っていく。だが、その背後で切り離されたダージの腕が再び蘇生し始めていたのである。
ダージを倒したオビ=ワンは銀行グループの司令センターへ向かい、その屋上で味方のクローンたちと合流する。司令センターの中では相変わらずムーンの銀行マンたちが震えながら無意味に戦況を見つめていた。だが、共和国軍が司令センターの天井を破壊し、内部へと侵入すると、制圧はあっけなく終わる。必死に命乞いの弁解をするサン・ヒルに、オビ=ワンは無条件降伏を迫るのだった。
だがそのとき、蘇ったダージが司令センターに乱入してきた。不死身のダージは筋繊維を剥き出しにしたおぞましい姿で登場し、共和国軍に襲い掛かる。クローン兵たちもブラスター・ライフルやミサイル・ランチャーで総攻撃を行うが、怪物と化したダージにはまるで歯が立たない。彼はクローンたちを一蹴し、再びオビ=ワンとの一騎打ちに挑むのだった。だが、さすがのオビ=ワンも苦戦し、ついには筋繊維を広げたダージの体内に吸収されてしまう。残されたARCトルーパー隊長は最後の抵抗を試みるが、かなうはずもなかった。しかし、間一髪のところでダージの体が痙攣を起こし、内側から大破する。その内部からはオビ=ワンが無事生還を果たし、ダージは今度こそ完全に倒されたのだった。また、一部始終を見ていたサン・ヒルは恐怖に怯え、完全に戦意を喪失していた。オビ=ワンは彼に改めて降伏を促し、ムーニリンストの戦いは共和国の勝利に終わったのである。
そのころ、ムーニリンストの上空では、アナキン率いる共和国軍と銀行軍との間で壮絶な宇宙戦が繰り広げられていた。銀行軍の戦闘機部隊は圧倒的な数で共和国軍に襲い掛かるが、アナキンは超人的なテクニックで次々と敵機を撃墜していく。多数の敵を相手にした作戦も完璧に決まり、もはやアナキンはパイロットとしても、指揮官としても、申し分ない実力を発揮していたのである。銀行軍の宇宙ステーションはことごとく破壊され、戦いは地上戦と同じく共和国側が圧倒的優勢に立っていた。だが、突如として赤い謎の戦闘機が戦場に出現する。謎の敵は1機だったが、あっという間に共和国のブルー中隊を壊滅させ、さらに被害を拡大していった。アナキンは相手が危険な敵であることを察知し、一騎打ちを試みるのだった。
だが、アナキンと謎の戦闘機は互いに一歩も譲らず、両者はムーニリンストの大気圏へと突入していく。このとき、アナキンは自分の相手がドロイドのパイロットではないことに気づいていた。地上すれすれで追撃戦を展開する2機の戦闘機に気づいたオビ=ワンは、司令機が敵を追っていることに腹を立て、アナキンを叱責する。しかし、アナキンはいま追っている相手が強いフォースの持ち主であることを告げ、執拗に追い続けるのだった。赤い戦闘機のパイロットはアサージ・ヴェントレスだったのだ。危険を察知したオビ=ワンは必死にアナキンを制止するが、アナキンはそんなマスターに怒りをあらわにし、アサージを追ってハイパースペースへと消えていく。またしても弟子の暴走を目の当たりにしたオビ=ワンは憤慨し、クローン兵たちに2人を追うよう命じるのだった。
ハイパースペースを出たアナキンの眼前に赤いガス状巨星ヤヴィンが迫る。彼はフォースに導かれるまま、ジャングル衛星ヤヴィン4へ着陸した。そして、アナキンが謎の赤い宇宙船の痕跡を求めてジャングルへと入っていくと、彼を追ってきたクローン軍も到着する。彼はオビ=ワンのお節介に気を悪くするが、クローンたちにジャングルを包囲するよう命じるのだった。しかし、クローンたちは次々と目に見えない謎の力によって倒されていく。そして、アナキンの目の前で彼らを乗せてきた輸送船が爆破され、アナキンのジェダイ・ファイターも炎上してしまう。炎の中から姿を現したのは、謎の女戦士だった。アサージ・ヴェントレスは、2本の赤いライトセイバーを起動し、怒りに燃えるアナキンと対峙する。ついに両者の死闘が開始されたのだ。アナキンを倒せば、アサージはまた一歩、念願のシスに近づけるのである。
アナキンとアサージは、ヤヴィン4のジャングルの中で壮絶なライトセイバー戦を繰り広げる。あるときはセイバーで相手を激しく斬り付け、あるときはフォースで相手を跳ね飛ばし、2人は一進一退の攻防を続けるのだった。一度、アサージは2本のセイバーを失うが、ジャングルに身を隠すと、死角から木や蔦を使ってアナキンを攻撃する。やがて、互角のまま推移していた両者の戦いは、アサージにとってやや優位な展開となっていった。そうするうちに2人の戦いの場はジャングルからマサッシ神殿へと移り、睨みあいとなる。すると、空から雨が滴り落ち、ついには豪雨となるのだった。
降りしきる雨の中、両者は雨滴を蒸気と化しながら、激しくライトセイバーをぶつけ合う。だが、怒りに身を任せたアナキンは、もはや無敵の闘神と化していた。彼が圧倒的なフォースの力でアサージを吹き飛ばすと、彼女はたまらずマサッシ神殿の中へと姿を隠し、アナキンもそれを追って中へ入っていく。内部はセイバーがなければ一寸先も見えない暗闇だった。突如として背後からアサージが襲ってくるが、ここでもアナキンは終始アサージを圧倒し、彼女を神殿の外へと吹き飛ばす。やがて戦いは神殿の頂へと移り、アサージは最後の力を振り絞ってアナキンの手からセイバーを弾き飛ばすが、アナキンはそれでもひるまず、素手で彼女に襲い掛かる。彼はアサージのセイバーを1本奪い取り、渾身の力で彼女を打ち続けた。やがてついにアサージの足元が崩れ落ち、彼女は奈落の底へと落ちていったのである。
死闘を制したのはアナキンだった。だが、勝利したのは紛れもなくダークサイドのフォースである。自分が変わっていくことに気づいたアナキンは、ヤヴィン4の夕闇に絶叫の雄たけびを上げるのだった。
その後、アナキンはアサージのファンブレード・スターファイターでムーニリンストに帰還する。ムーニリンストでは既に銀行グループが降伏しており、次々と捕虜たちが連行されていた。到着したアナキンは厳しい表情を向けるオビ=ワンに勝手な行動について謝罪するが、彼にとってシスの戦士を倒したことは大きな戦果だった。だが、自慢げに報告する弟子に対してオビ=ワンは命令違反を叱責し、二度と勝手な真似をしないよう厳命したのである。
クローン大戦は銀河系各地に潜在している種族間抗争をも再燃させ、激化させていた。水の惑星モン・カラマリでも、魚に似たモン・カラマリと、イカに似たクオレンが古くからの対立を続けている。そこでドゥークー伯爵は分離主義運動を支持するクオレンのもと元老院議員ティッキーズを通じて反共和国派のクオレンたちを誘惑し、ドロイド軍の供給と引き換えに、分離主義運動への協力を取り付けたのだった。一方で、この事態に危機感を抱いた共和国は、モン・カラマリの分裂を回避するべくこの水の惑星への武力介入を決定する。ヨーダはこの惑星に水中戦を得意とするキット・フィストー将軍を派遣し、事態の収拾を図るのだった。
フィストーは水中専用のクローンSCUBAトルーパーを従えて海中へと潜り、クオレン分離連盟のドロイド軍と激突する。モン・カラマリの騎士団の加勢もあって、状況は共和国側優勢に進んでいくが、クオレンは大型レーザー砲を投入して反撃を開始した。分離連盟は圧倒的な威力を持つ移動式水中レーザー砲を発射し、水面で待機していた共和国側の戦艦を攻撃する。しかし、フィストー将軍は強大なフォースの力でレーザー砲を移動不能とし、モン・カラマリたちの力を借りてこの大型兵器を海底火口へと突き落とした。フィストーは会心の笑みを見せ、共和国軍を見事な勝利へと導いたのである。
辺境の草原惑星ダントゥイーンでは、わずかな入植者たちが農業を営みながら、平和で平穏な暮らしを営んでいた。そんな入植者の1人、パキシー・サイロ少年は、銀河系の彼方で活躍する英雄たちを空想しながら、ごく平凡な日常を過ごしている。だがある日、彼はこの惑星でこれまでに聞いたこともないような大きな地響きに驚き、慌てて家を飛び出すと、日々想像していた光景を遥かに凌駕する現実を目の当たりにするのだった。彼が丘の上から見たものは、大軍同士が入り乱れて戦う恐ろしい戦争の光景だったのである。
草原ではメイス・ウィンドゥ将軍率いるクローン軍が、分離派のドロイド軍と激しい戦いを繰り広げていた。共和国によるムーニリンストへの攻撃計画を察知した独立星系連合は、インターギャラクティック銀行グループの本拠地防衛への足掛かりとして、このダントゥイーンに援軍を集結させていたのである。数ではドロイド軍が圧倒的に勝っていたが、メイス・ウィンドゥはジェダイ・オーダー屈指のセイバー捌きで次々とバトル・ドロイドたちを切り倒していった。だが、そうしている間にドロイドたちは動きを止め、空から巨大な機械が迫ってきたのである。
分離派の巨大なサイズミック・タンクが大地を打ちつけ、強烈な地響きを作り出す。機械によって作られた猛烈な土砂の嵐が、バトル・ドロイドもろとも、クローン兵たちを吹き飛ばしていった。メイスも突風に煽られ、唯一の武器であるライトセイバーを失ってしまう。気が付くと、彼は丸腰でおびただしい数のスーパー・バトル・ドロイドに完全に包囲されているのだった。
だが、銀河系最強のジェダイ・マスターは微塵も恐怖を感じてはいなかった。彼はフォースで戦闘意識を集中させ、武器を持たず、フォースの力とその拳だけで、次々とドロイドたちをなぎ倒し、想像を絶するパワーを見せつける。ドロイド軍も再びサイズミック・タンクを使って形勢逆転を試みるが、このとき巻き起こされた突風の中に、メイスは失ったライトセイバーを発見するのだった。さらなるパワーを得たメイスはタンクの内部へと突入し、この巨大兵器を破壊することに成功したのである。
一息ついたメイスは、丘の上で一部始終を見ていたサイロの前ヘと飛んでいった。感動した少年が好意で水を差し出すと、メイスは喜んでそれを一気飲みし、サイロに優しく微笑みかける。そして、しばしの休息に満足したジェダイ・マスターは、再び戦場へと飛び去っていったのである。
それからおよそ20年後、帝国による恐怖の統治下に、当時のメイスの活躍を克明に描いたホロドラマが流出した。だが、このホロデータはジェダイを英雄視する有害メディアと認定され、帝国保安局によって作者不詳のまま闇に葬られることになる。その内容がサイロ少年の残したデータパッドの記録とまったく同じだったことは誰にも知られていない。
クローン大戦の戦禍は銀河系のあらゆる惑星へと飛び火していった。この事実は、太古の昔からジェダイ・ナイトたちが神聖な場所としていた厳寒の惑星イラムにとっても例外ではない。この惑星の洞窟の奥深くに造られたイラムの寺院は、ライトセイバーの材料となるイラム・クリスタルの採掘場になっており、古くからジェダイたちの修行の場として使われていた。だが、イラムにも独立星系連合のカメレオン・プローブ・ドロイドが送り込まれてきたのである。連合軍にとってイラムの寺院を破壊することは、目下の敵であるジェダイ・オーダーに大きな打撃を与えるための布石となるのだ。
そのとき寺院の中では、マスター・ルミナーラ・アンドゥリィが愛するパダワン、バリス・オフィーにライトセイバーの作り方を教えていた。一方で、カメレオン・ドロイドたちは洞窟に無数の爆弾を仕掛けており、作業を終えるとクローキング装置で次々と姿を消していった。しかし、ルミナーラは見えない侵入者の存在を察知し、バリスと共に得意の二身一体の攻撃でドロイドたちを撃破していく。だが、すべての爆弾を排除するには時間が少なすぎた。爆発と同時に洞窟は激しく崩れだし、閉じ込められた2人は絶体絶命の危機に立たされるのだった。
そのころ、パドメ・アミダラ議員はヨーダを乗せ、とある任務のためナブー・ヨットでハイパースペースを航行していた。このときヨーダはフォースの乱れを通じて2人の危機を察知する。彼は仲間を救助するべく、イラムへ向かわなければならないという結論を下すのだった。ヨーダはパドメにイラムへ行くことの重要性を説くが、当然、議員の身を守るべき親衛隊のタイフォ隊長はこの申し出に猛反対を唱える。ヨーダは仕方なく彼にマインド・トリックを仕掛け、これを見たパドメもこの新たなる任務に同意するのだった。
やがて一行は吹雪のイラムに到着する。パドメも外へ出ようとするが、ヨーダは1人で行くと言い張り、単身で2人のジェダイの救助に向かうのだった。しかし、彼はふと気づくと、雪原でクローキング装置を起動したカメレオン・ドロイドたちに囲まれていた。だが、小柄なマスター・ヨーダは鮮やかな剣技と体術で次々とドロイドを粉砕し、寺院の前へとたどり着く。彼は入り口付近をふさぐ岩をフォースで押しやると、静まり返る内部へと入っていくのだった。
ヨットで待機していたパドメたちは、ヨーダの帰りが遅いことに苛立ちを募らせていた。タイフォらがジェダイ・マスターに心配はいらないと楽観する一方で、パドメだけは嫌な予感を払拭できなかったのだ。彼女は3POとR2を伴い、吹雪の中、ヨーダの捜索へと向かう。そしてしばらくすると、R2が接近者の存在を探知し、姿の見えないカメレオン・ドロイドが3人を襲撃してきた。パドメは岩陰からコートを囮に使った作戦で1体を破壊するが、R2はもう2体が隠れているという。そこでパドメは3POに投げ捨てたコートを取りに行かせ、ドロイドたちを誘き出して小型爆弾で破壊するのだった。
その後、再びR2が接近者の存在を告げた。パドメが新たなドロイドかと身構えると、吹雪の向こうからルミナーラとバリスを連れたヨーダが姿を表す。救助は成功したのだ。しかし、ヨーダの表情は暗かった。オーダーにとって重要な、秘密の寺院が破壊されてしまったのである。そして、破壊されたドロイドの残骸の中から、R2が謎のメッセージを発見した。そこに記録されていたのは、ドロイドたちに寺院への攻撃を命令するドゥークー伯爵のホロだったのである。
高名なジェダイ・マスター、ダクマン・バレックは、ジオノーシスの戦いで愛すべきパダワンを失って以来、厳しい覚悟を持ってクローン大戦に臨むことを決意していた。そしてこの悲劇から4ヵ月後、マスター・バレックは共和国を震撼させる新たなる脅威を目の当たりにし、再び大いなる惨劇に見舞われることになる。
バレックとその2人目のパダワンであるシャア・ギは、クローン大戦中における海賊行為を偵察調査するため、アウター・リムの惑星で任務についていた。そして、彼らは不毛の惑星ハイポリで、独立星系連合の大規模なドロイド製造工場を発見する。バレックはただちにこの事実をコルサントのジェダイ評議会に報告し、ハイポリを攻撃するための増援部隊を要請したのだった。事態を重く見たジェダイ評議会はパルパティーン議長との協議の結果、2名の評議員を含むジェダイの精鋭部隊を派遣することを決定する。選ばれたジェダイのメンバーは、キ=アディ=ムンディ、シャク・ティ、ククラーク、アイラ・セキュラ、ター・セイアの5人だった。こうして、ジェダイのエリート機動部隊が大規模なクローン軍の艦隊を引き連れ、ハイポリへと出撃したのである。
ハイポリに到着した共和国艦隊は軌道上でマスター・バレック、シャア・ギと合流し、ドロイド製造工場に対する攻撃へと向かうことになる。しかし、この惑星にはこれまでにない卑劣な罠が待ち受けていた。惑星の軌道上に無数の宇宙機雷が用意されており、大気圏内に侵入しようとした共和国艦隊が大打撃を受けてしまったのだ。多くの輸送船が機雷と衝突して大破し、惑星へと墜落していった。ジェダイ・ナイトたちは何とか無事だったが、クローン兵のほとんどがこの衝突と墜落の衝撃によって戦死してしまう。さらに、墜落現場にも独立星系連合の大規模なドロイド軍が押し寄せ、生存者も次々と掃討されていった。クローン軍は一瞬にして全滅し、残るはジェダイたちだけとなるのだった。
この惑星でドロイド軍を指揮していたのは、分離主義勢力の新たなる軍司令官、グリーヴァス将軍だった。グリーヴァスはドロイドたちにジェダイの抹殺を命じ、彼らを墜落した戦艦の残骸へと追い詰める。この全身のほとんどが機械と化した冷酷非情なエイリアンは、自身の楽しみとしてジェダイを狩り、戦利品代わりにライトセイバーを収集しているのだ。この戦いの最中に、マスター・バレックは新たなる脅威についての情報を託すべく、ムーニリンストで戦っているオビ=ワン・ケノービに緊急メッセージを送る。だが、ついには彼も何者かのライトセイバーによって斬り倒されてしまうのだった。
やがて、追い詰められたジェダイが完全に逃げ場を失うと、グリーヴァスはドロイドたちに攻撃を止めるよう命じる。ジェダイの中にはグリーヴァスの強さに弱音を吐く者もいたが、キ=アディは必死に仲間たちを勇気づけていた。そこにグリーヴァスからのメッセージが響き渡る。彼はジェダイたちに自分と戦うよう要求してきたのだ。グリーヴァスは恐怖の足音と共にジェダイの機動部隊に近づくと、突如として襲い掛かってきた。彼は2本のライトセイバーと驚異的なスピードの動きで複数のジェダイたちを相手に圧倒的な強さを見せ付ける。ジェダイは次々と仲間を倒され、ついに動けるのはシャク・ティとキ=アディだけになっていた。グリーヴァスはさらにセイバーを3本に増やし、2人のジェダイに襲い掛かる。そして、シャク・ティも戦いから脱落し、最後はキ=アディを残すのみとなった。2人の運命を賭けた一騎打ちが開始されたのだ。
そのころ、ヨーダはジェダイ聖堂の窓からコルサントを覆う雷雲を眺めていた。彼はこの荒れ狂う空に、シスの躍動を感じ取っていたのである。
一方、ムーニリンストでマスター・バレックからの非常シグナルを受け取っていたオビ=ワン・ケノービは、フォードー隊長率いるARCトルーパー部隊をハイポリへ派遣し、ハイポリで窮地に立たされているジェダイの機動部隊を救助するよう命じる。そして、ドロイド軍からの攻撃を受けながらも、フォードーと部下たちは惑星に着陸し、激しい重火器の攻撃によってグリーヴァス将軍を敗走させることに成功したのだった。彼らの努力によって、生存した4名のジェダイのうち3名、キ=アディ=ムンディ、アイラ・セキュラ、シャク・ティが救助されたのである。