イベント・ガイド / クローン大戦

ジオノーシスでの開戦から既に3年が経過したクローン大戦は、共和国にも、分離主義勢力にも、多大な被害を及ぼしていた。だが、戦況は明らかに共和国優勢であり、ヌート・ガンレイ、サン・ヒルら分離主義評議会の幹部たちは、次々と故郷を追われ、独立星系連合の秘密基地を転々としていたのだった。彼らは既に戦争継続に嫌気が差しており、当初の大儀も失っていたのである。しかし、ドゥークー伯爵、グリーヴァス将軍、そしてこの戦争を影で主導していたシスの暗黒卿ダース・シディアスには、最後まで温存していた秘策があったのだ。

分離主義勢力はダース・シディアスからディープ・コアを通過するハイパースペース航路の情報を受け取っていた。これはアウター・リムからコルサントへと通じる秘密の抜け道であり、共和国の高官だけがアクセスできる最高機密情報のはずだった。シディアスはこの貴重な情報をもとに分離主義艦隊をコルサントへと向かわせ、共和国首都への総攻撃を命じたのである。このときコルサント防衛艦隊の多くはアウター・リム包囲作戦に出向いており、状況は分離主義勢力に有利に働いた。分離主義勢力は首都に残っていた防衛艦隊の、文字通り真上に姿を現し、奇襲を開始する。リアルスペースに飛び出したドロイド軍の戦艦は、共和国軍のスター・デストロイヤーに体当たりを行い、大群の出現に不意を突かれた共和国軍は、一瞬にして多くの船を破壊されたのである。

上空で凄惨な戦いが始まると同時に、分離主義軍は迅速に地上への降下を開始した。彼らは大量の地上兵器を投入し、首都の町並みを無差別に破壊していく。だが、そのすべては少数の部隊を率いたグリーヴァス将軍がパルパティーン最高議長を誘拐するまでの、入念な陽動作戦だったのだ。

ジェダイ・マスター、ヨーダ、セイシー・ティン、メイス・ウィンドゥが、コルサントに残存していたクローン軍の指揮を執る。ウィンドゥは紫色のジェダイ・インターセプターに搭乗し、都市上空の敵機を壊滅させた。ティンは緑色のインターセプターで出撃し、宇宙に展開するクローンたちを指揮する。都市上空の戦いは共和国優勢となったが、ウィンドゥの戦闘機が敵機の攻撃を受けたことで状況が変化した。しかし、墜落していくインターセプターから飛び出した彼は、ヴァルチャー・ドロイドの制御を奪い、次々と敵機を撃墜していったのである。

一方、マスター・ヨーダはフォースを使ってドロイディカを敵戦闘機へ投げつけ、さらには戦車を上陸艇へと押し戻していた。その後、彼はスーパー・バトル・ドロイドの大群に苦戦しているクローンたちへの援護に向かう。また、マスター・ティンは宇宙空間に到達し、ヴェネター級スター・デストロイヤー＜インパヴィッド＞の巨大なハンガーに着陸していた。だが、激しく破損した＜インパヴィッド＞は既に絶望的な状況であり、マスター・ティンは指揮下のクローン・トルーパーを引き連れてプロヴィデンス級キャリアー／デストロイヤー＜プロスペラス＞へと向かう。彼らはこの艦の制御を奪い取り、敵の戦艦に対する攻撃を開始したのだった。

劣勢だったセクター・フォーでコマンダー・フォードー率いるクローン軍を援護していたヨーダが、ヴァルチャー・ファイターで現れたウィンドゥと合流する。2人のマスターはスーパー・バトル・ドロイドやトライ＝ドロイドを次々と破壊するが、同時に共通の疑問を抱いていた。ドロイド軍はなぜか一般の市街地ばかりを攻撃し、元老院やジェダイ聖堂を無視していたのだ。2人が敵の真の目標に気づいたのはその直後だった。分離主義勢力の狙いはパルパティーンだったのだ。そして、グリーヴァスが既に彼のもとに迫っていたのである。

戦場は遠く離れていたが、パルパティーンは官邸から避難するよう求められ、数人の護衛のジェダイと共に地下通路へと向かうことになる。しかし、彼らが官邸を出る前に、グリーヴァスは窓を破壊して侵入し、警備兵をものともせずに議長を掴もうとした。ジェダイは何とか議長を連れて逃走するが、残されたクローンと衛兵が殺害されてしまう。恐るべきグリーヴァスは4本のライトセイバーを携え、ジェダイに匹敵する軽快な動きでパルパティーンとボディガードのジェダイたちを追うのだった。

この追跡劇はコルサントを縦断して行われ、その間にグリーヴァスはIG-100マグナガード分隊と合流した。一方、パルパティーンとジェダイたちはマグ＝レヴ・トレインに乗って、議長専用の掩蔽壕へと向かう。そのころ、シャク・ティは、ウィンドゥ、キット・フィストーと合流し、セクター・フォーでドロイド軍と戦っていた。やがて彼らは列車の上でドロイドとの戦闘になり、そこにグリーヴァスが到着する。フィストーがマグナガードを食い止める間、メイスがグリーヴァスと対峙したのだった。激しい戦いが繰り広げられたが、ついにはグリーヴァスが足場を失い、列車から放り出される。しかし、彼はリパブリック・ガンシップを奪い取り、再びパルパティーンの追跡を続けたのだった。

その後、パルパティーンたちは辛くも戦闘を切り抜け、掩蔽壕へと続くターボシャフトにたどり着く。シャク・ティは追っ手を食い止めるべく、議長をファル・ムダーマ、ロロン・コロブに任せ、後方にとどまっていた。しかし、それは無駄な試みに終わる。敵の手に落ちたガンシップがシャク・ティとスタス・アリーへの攻撃を開始し、グリーヴァスが姿を現したのだ。グリーヴァスとIG-100マグナガードは、パルパティーンを護衛する何十人ものクローン・トルーパーと、コロブ、ムダーマの2人を殺害し、パルパティーンを捕らえることに成功する。やがて、シャク・ティも現場に到着するが、そこには既に死体の山が築かれており、彼女も即座にフォース・フィールド・ワイヤで無力化させられてしまうのだった。彼女は議長を捕らえたことをジェダイに知らせるためのメッセンジャーとして、生きたまま残されたのである。

グリーヴァスが議長をシャトルに乗せようとしていたとき、マスター・ウィンドゥが到着し、再びサイボーグの将軍と対決した。グリーヴァスはシャトルからの射撃によってジェダイ・マスターを退却させようとするが、不覚にもウィンドゥのフォースによる攻撃で有機体の内臓を痛めてしまう。最終的に彼はパルパティーンを連れて逃走するが、ウィンドゥ、キット・フィストー、セイシー・ティン、エージェン・コーラー、パブロ＝ジル、他数名のジェダイも緊急発進し、議長を救出に向かうのだった。

一方で、軌道上のスター・デストロイヤーのハンガーでは、共和国第501大隊が分離主義艦隊への総攻撃を命じられていた。パイロットたちはミューニフィセント級スター・フリゲートを撃破し、プロヴィデンス級キャリアー／デストロイヤーのシールドと通信設備を破壊した。そして、数機の戦闘機が敵艦のハンガーに着床し、パイロットたちは自機を出ると、マニュアル通りにエンジン冷却タンクを破壊したのである。その後、再び戦闘機で脱出した彼らは、プロヴィデンス級クルーザーを囲んで艦橋を破壊し、ジェダイが乗り込めるよう無防備にした。そのとき、重要な人質を乗せたグリーヴァスのシャトルが軌道に到達し、戦場の中心部を通りながら、別のプロヴィデンス級クルーザー、＜インヴィジブル・ハンド＞に到着したのである。

やがて、パブロ＝ジルとルレイシーロ・サージオンが防衛網を突破して＜インヴィジブル・ハンド＞のハンガーに到達した。だが、彼らはジェダイ・ファイターを降りた直後にグリーヴァスによって倒され、その死体を宇宙空間に放り出されてしまう。そして、安全に艦橋に到着したグリーヴァスは、ホロネットを通じて全銀河市民に恐怖の放送を行い、パルパティーンを捕らえたという事実を告げるのだった。一方、この知らせはアウター・リムにも届いていた。オビ＝ワン・ケノービとアナキン・スカイウォーカーは即座にインターセプターを準備し、議長救出のためコルサントへと向かったのである。

グリーヴァスは直ちに＜インヴィジブル・ハンド＞にコア・ワールドへ向けたハイパースペース・ジャンプの準備を命じた。ほぼ同時に、オビ＝ワン・ケノービとアナキン・スカイウォーカーが、オープン・サークル・フリート第5艦隊とクローン・フライト・スクワッド・セブンを伴ってコルサント上空に到着する。彼らは議長を救出するため先を急ぐが、オビ＝ワンのアストロメク・ドロイドR4-P17が、バズ＝ドロイドによって破壊されてしまう。さらに、バズ＝ドロイドはオビ＝ワンのジェダイ・スターファイターをも操縦不能にしたのだった。しかし、アナキンは自殺行為ともとれる救援活動によって、かつてのマスターを救い、2人はそのままグリーヴァスの旗艦を目指すことになる。そして、アナキンがハンガー・ベイのレイ・シールド発生装置を破壊すると、2人は内部へと突入し、バトル・ドロイドの分隊と戦ったのだった。ドロイドとの戦いが終わり、R2がパルパティーンの居場所を特定する。彼らは議長が監禁されている展望タワーの最上階へと向かうのだった。

ジェダイたちはさらに多くのドロイドと戦い、エレベータでのトラブルに遭遇しつつも、ハンガーで待機するR2の活躍によって展望タワーに到着することができた。彼らはグリーヴァスの専用室に捕らわれたパルパティーンを発見する。その後に現れたのは、2体のスーパー・バトル・ドロイドを従えたドゥークー伯爵だった。伯爵はジェダイを歓迎し、ジオノーシスの戦いを再現する決闘が開始されたのである。伯爵は2人のジェダイを相手にしながらも、アナキンを蹴り飛ばし、空中に静止させたケノービを放り投げて意識を失わせた。こうして、アナキンは再び単身でシス卿に挑むことになったのだ。

ドゥークーは、アナキンが防御についてまったく進歩していないと考えていた。しかし、シス卿の邪悪な侮蔑によって、アナキンはダークサイドに傾倒し、鬱積していた闘争心を解放する。彼は瞬時にライトセイバーを回転させ、伯爵の両腕を切断したのだった。パルパティーンはアナキンの勝利を褒め称え、ドゥークーを殺すよう命じる。アナキンは無防備の敵に止めを刺すことはジェダイの道に反すると反論するが、結局は怒りの感情に屈し、2本のライトセイバーで伯爵の首を切断したのだった。

一方、外の戦いでは、ヴェネター級スター・デストロイヤー＜ガーレイラ＞とホーム・ディフェンス・ストライク・グループ・ファイヴが＜インヴィジブル・ハンド＞に甚大なダメージを与えていた。船がコルサントの重力に引かれて大きく傾き、オビ＝ワンはエレベータ・シャフトの中で目を覚ます。そして、ジェダイたちはドロイドによってレイ・シールドに捕らえられ、R2-D2と共にグリーヴァスの前に連行されるのだった。

グリーヴァスは操縦室で彼らのライトセイバーを奪い、自分のコレクションに加えるが、アナキンとオビ＝ワンはすぐに武器を取り返すことができた。すると、邪悪なサイボーグはマグナガードを呼び寄せ、操縦室はジェダイとドロイドの壮絶な戦場と化したのだった。しかし、最強のマグナガードたちもこの2人の敵ではなく、いとも簡単に破壊されてしまう。2人はすかさずグリーヴァスに迫るが、将軍はビューポートを壊して宇宙空間へと逃れ、脱出ポッドを使って付近の戦艦へと逃走した。その後、船は前後に大きく裂け、アナキンは崩壊する船をコルサントの滑走路へと導くことになる。後方半分を失った船は、アナキンの超人的な操縦によって首尾よく不時着したのだった。その直後、旗艦と司令官としての面子を失ったグリーヴァスが分離主義艦隊を退却させたことで、この戦いは終わりを告げたのである。

後に判明したことだが、この戦いの唯一の目的はダース・シディアスが一時的にコルサントを離れることであり、彼はこれによって自分の足跡を追おうとするジェダイの試みを阻止することができたのだ。同様に、シディアスは彼のもう1つの顔であるパルパティーンの誘拐という状況を利用し、アナキン・スカイウォーカーに自分の弟子、すなわちシス卿となるだけの資質があるかを見極めることができた。彼は極めて効果的な計画を作り上げ、焦点を失っていたジェダイを見事に騙すことに成功したのである。

キャッシークは銀河系の南西象限における主要な中継拠点であると考えられていた。そのため、この星系は分離主義勢力が長らく標的とみなしていた、戦略上極めて重要な場所だったのだ。独立星系連合の指導者たちはウーキーに自らの反乱に加わるよう要請していたが、キャッシークの王家は明確な返答を避けていた。この状況に苛立ったグリーヴァス将軍は、彼らに連合への加入を強いるため、バトル・ドロイドを送り込んでの「説得」を断行する。だが、狩猟中だったリクミー王子が不慮の事故によってドロイドに殺害されると、グラッカワ王は分離主義勢力に対する敵対姿勢を宣言したのだった。

戦争全体を通じて行われた数々の前哨戦の後、分離主義勢力はついにウォワット列島に位置する都市、カチャーホへの全面的な侵略を開始した。彼らの目的は、この森林に覆われた惑星の他の部分へと通じる砂浜を抑えることにあったのだ。攻撃の準備として、分離主義勢力はウーキーと隣接星系のトランドーシャンとの間にある古くからの確執をうまく利用した。トランドーシャンは様々な方法でそれを実行に移したが、特に真の目的を覆い隠すために奴隷狩りを装ったカチャーホへの襲撃では、ウーキーの指導者ターフル将軍を囚人とすることに成功する。一方、分離主義勢力は密かに大規模なドロイド軍を上陸させ、攻撃準備を進めていた。グランタロープを狩猟中だったウーキーの武器職人ターコヴとその息子ジャコバは侵略軍を発見し、分離主義勢力によるキャッシーク侵略について警告する。分離主義勢力は近くの郡区、カイユクを目指していた。ターコヴはアラーム・クラリオンを鳴らし、ウォラロック、グランルーア、ローラクルクなど、他の列島都市に侵略の開始を告げる。ウーキーは戦いに備え始めた。この惑星は戦略上重要な場所であり、両軍共に単刀直入な激戦になると信じていた。ところが実際には、ダース・シディアスにとってこの戦いは単なる陽動作戦でしかなかったのである。

その後、ターフルを捜索し、分離主義勢力に対してウーキーを結束させるべく、デルタ小隊のクローン・コマンドーが派遣される。そして、トランドーシャンと、この戦いの序盤を指揮していたグリーヴァス将軍からターフルを救出した後、デルタ小隊はカチャーホでウーキーのレジスタンス勢力を支援し、軌道上ではコマース・ギルドのデストロイヤーを撃破した。だが、分離主義勢力の反撃が開始されると、RC-1207が捕らえられ、デルタ小隊はガンシップへと退却する。後に、彼らは自分たちが共和国侵略軍の先遣隊であることに気づいたのだった。

一方、ウーキーたちはキャッシークの全域からカチャーホに集結していた。ウォワット列島の海岸には天蓋を遮るロシールの木がなく、軌道からの降下が容易であるため、この都市が戦場に選ばれたのである。ターフルの旧友である勇敢なウーキーの1人、チューバッカは、強大な分離主義軍からキャッシークを守ることは不可能ではないかという強い懸念を抱いていた。そして、メルメル率いるウーキーの戦士たちは塹壕を掘り、護岸舗装を築く。サルポリン、ユーグルースワ、ジッタサバ、アテチトカック、グアンタ、ゴーリン、ラチチュークらが、地上と、オーニソプターやカタマランで戦闘準備を整えた。また、アリーナの偵察隊もキャン＝セルに乗り、敵の戦略に関する情報を収集するために展開していた。

最初にキャッシークに到着したのは、コマンダー・グリーとジェダイのルミナーラ・アンドゥリィ将軍率いる第41エリート大隊だった。そのすぐ後に、クインラン・ヴォスとコマンダー・ファイ率いる分遣隊が続く。数人のクローンとアンドゥリィ、ヴォス、そしてパスラング氏族の長老ガンベイキ率いるウーキーたちは、分離主義勢力の急襲隊を装い、ウーキーを捕らえて奴隷化するという口実のもと、トランドーシャンの野営に侵入した。野営を破壊し、ウーキーたちを解放することは簡単だったが、彼らは待ち伏せていたクラブ・ドロイドに苦戦することになる。しかし、彼らはヴォスと旧知の仲だったデヴァロニアンのヴィルマー・グラークとその船＜インフェルノ＞の助けを借り、目的を遂げたのだった。ガンベイキの孫、チャックを連れたヴィルマーは、パスラング氏族に密輸品を運んできたのである。

その後、瀕死のトランドーシャン、カーニスの告白から、分離主義勢力のキャッシーク侵略に関する真の目的が明らかになった。独立星系連合は隠されたクラチュヴァック・ハイパースペース航路を探していたのだ。クインラン・ヴォスはチャックの助けを借り、ヴィルマーがそれを手にしたことを知る。チャックの祖父ガンベイキはクラチュヴァック・ギルドの一員だったのだ。

そして、コルサントからターフルを伴って、ジェダイ・マスター、ヨーダが分離主義勢力の宇宙軍がひしめく危険なキャッシークの軌道に到着する。彼は以前のトランドーシャンとの事件でウーキーたちと良い関係を築いており、「ホーム・ツリーの守護者」の称号を与えられていた。ヨーダは航路に関する情報を受け取るが、彼は既にそれを知っており、近々行われる別の戦いへの強い関心について語るのだった。そして、ジェダイ評議会から、グリーヴァス将軍がウータパウで発見されたという知らせを受け取ったヨーダは戦闘瞑想に入り、カチャーホの海岸に展開した共和国軍も敵と遭遇することになる。

分離主義勢力のシールド発生装置が停止し、敵軍が急速に海を渡ってくると、マスター・ヨーダはカチャーホの防衛を命じた。メルメルのウーキー軍が敵と激突するために海岸を突進し、さらに多くの戦士たちが列島沿いの崖から、ドロイド軍に爆弾を仕掛けるために泳いでくる。一方で、クローン・トルーパーたちは塹壕から発砲し、射撃手がツリー・カチャーホに沿って敵を狙撃していた。また、前線ではウーキー・フライング・カタマランがジャガーノート、AT-AP、AT-RT、その他の強襲車両に援護されていた。彼らは分離主義勢力のNR-N99ドロイド・タンク、ドワーフ・スパイダー・ドロイド、HMPガンシップからの激しい反撃に晒されていたのである。

ウーキーに支援された第41エリート大隊と第501大隊の分遣隊の任務は、防波堤を守りながら海岸で戦い、分離主義勢力が十分に結集するまで前線を維持することだった。彼らの戦いが始まると、ヨーダはマスター・アンドゥリィにドロイド軍の左側面へ突撃するよう進言する。同時に、クインラン・ヴォスもチューバッカとターフルを伴って礁湖の先へと派遣され、接近する分離主義勢力への攻撃を指揮した。しかし、ヴィルマーもまだ自分がこの行動に加わる必要があると考えていた。この決定によって、最終的に＜インフェルノ＞は敵のガンシップによって撃墜されることになる。だが、ヴィルマーとチャックは何とか生き延び、ヴォスと共に治療のため速やかにジャガーノートへと収容されたのだった。

一部の前線でクローン軍が敗退すると、通商連合の大規模な艦隊は惑星を封鎖し、共和国地上軍へのあらゆる支援を遮断した。そのため、第501大隊のパイロットが艦隊を通過する活路を切り開くために派遣される。だが、ミューニフィセント級スター・フリゲートの防衛線が破られると、敵艦隊はすべての火力を最も近くにいたプロヴィデンス級キャリアー／デストロイヤーへと集中させた。一方、高高度LAATガンシップを使用したクローンの分隊は突入部隊を編成し、艦橋の生命維持装置やエンジンを破壊するなど、船内部からの破壊工作を試みた。彼らはそこで分離主義勢力の地上戦に関する戦略が込められた戦術ホロクロンを発見し、それを自分たちのスター・デストロイヤーに送り届ける。また、封鎖を切り開いた第501大隊は地上に戻り、第41エリート大隊への更なる支援を可能としたのだった。

ウーキーと共和国軍の必死の防衛にも関わらず、地上戦は膠着状態に陥り、カチャーホは分離主義勢力によって奪われる寸前の状態となっていた。カチャーホの防波堤へと迫った分離主義勢力は、極めて重要な石油精製施設の破壊を目指しており、ついには第501大隊も撃退されてしまう。だが、ヨーダ将軍が到着するまでの間、クローン技術者とTX-130Sファイター・タンクは辛うじて防波堤を守り抜くことができた。そして、ヨーダが独立星系連合軍を押し戻すと、この決定的な作戦に失敗したドロイド軍は精製施設からの撤退を開始したのである。

そのとき、銀河系全域に対してオーダー66の実行が命じられた。ヨーダは突如訪れた強力なフォースの乱れに衝撃を受ける。クローン・コマンダー・グリーは指揮官用周波数にロックされたコムリンクから指令を受け取った。パルパティーン最高議長のホロ・イメージは彼に対し、ヨーダ将軍へのオーダー66の実行を告げる。だが、グリーが行動を起こした直後、ヨーダはライトセイバーを起動し、一瞬にして彼の首をはねたのだった。ヨーダはウーキーのターフルとチューバッカに助けられ、近くのジャングルへと逃走することになる。

一方、外では共和国軍と分離主義勢力との戦闘が終息に向かっていた。ウーキーたちは破壊されたドロイドを積み重ね、クローンがその装備品を破棄する。ジェダイ・マスター、ルミナーラ・アンドゥリィは、負傷した兵士たちを医療船へ運ぶ手立てについて、8人のクローンと協議を行っていた。オーダー66が発令されたのはそのときである。彼女は四方からブラスターの砲撃を受け、一瞬にして消滅してしまうのだった。

また、コマンダー・ファイがオーダー66を受けたとき、クインラン・ヴォスは愛する妻、カリーン・ヘンツのためにオーダーを離れるべきかどうか熟考していた。ファイはジャガーノートのレーザー・キャノンで彼を撃つが、ヴォスはこの奇襲を生き延びることに成功する。そして、大火傷を負った彼は、執念の力で第41エリート大隊のクローンを全滅させたのだった。その後、ヴォスはついにファイと遭遇し、彼を殺害するが、DC-15ブラスター・ライフルによって深手を負ってしまった。しかし、ヴォスはヴィルマーに助けられ、残りのクローンたちにファイの死体を自分のものだと思い込ませることに成功する。そして、バクタ・タンクで治療を受けた彼は、戦いの終わりから8ヵ月後に愛する妻カリーンと、生まれたばかりの息子コート・ヴォスとの再会を果たしたのだった。

侵略者から惑星を守っていたはずの共和国軍が新たな侵略者となり、クローンたちが冷酷に指揮官を殺害したことで、キャッシークの戦いは終結した。AT-RTパトロール中隊がカチャーホを巡回し、特別奇襲部隊のトライトン分隊が森林の至るところで逃走したウーキーたちを殺害しはじめる。そして、バトル・ドロイド軍が動きを停止すると、クローン軍は速やかに星系から退去したのだった。その後、ウーキーたちはこの戦いによって惑星中にばら撒かれた大量の武器を回収し、来るべき別の戦いに備えたのである。

クローン大戦終結に向けて、パルパティーン最高議長は分離主義勢力の牙城となっていた3つの惑星を「悪の3巨頭」であると宣言した。この3つの惑星、フェルーシア、マイギートー、サルーカマイを陥落させることは戦争の終結に大いに役立つとし、最優先攻撃目標として選ばれたのだった。その後、インターギャラクティック銀行グループの重要拠点である結晶化した氷の惑星マイギートーで大規模な戦いが開始される。戦いの最中、戦火は惑星中に激しく広がり、地表の大部分に酸性雨が降り注いだ。

ジェダイのキ＝アディ＝ムンディ将軍およびコマンダー・バカラの指揮下にあるギャラクティック・マリーンは、マイギートーの主要都市の超近代的タワーに囲まれた中で、分離主義勢力のドロイド軍と広範囲な市街戦を繰り広げていた。第501大隊の一部もコマンダー・バカラの推薦によってこの戦いの最終段階に参加するが、キ＝アディはこの越権行為に慎重な姿勢を保っていた。彼曰く、第501大隊はエネルギー集積装置を破壊するために送り込まれてきたはずだったのだ。だが実際には、彼らは莫大なパワーの源とされる古代マイギートーのクリスタルを探していた。このクリスタルは「ハマートン」というコードネームを与えられたレーザー実験に必要なものであり、それを手に入れることはパルパティーン議長からの極秘命令だったのである。

第501大隊は前方の司令センターを何箇所か掌握した後、2門の粒子レーザー・タレットを破壊し、ムンディの到着を可能とした。そして、共和国軍が分離主義勢力の駆逐に集中する間、戦いはマイギートー全域にまで広がっていった。キ＝アディはUT-AT強襲戦車や他のヘヴィ・ウォーカーに支援されたマリーンを指揮しながら、巧みなライトセイバー捌きで敵の放火を逸らしていく。こうして強力なシールド・バリケードを突破すると、第501大隊がエネルギー集積装置の破壊に成功したのだった。

ついに、戦いは巨大な裂け目から各都市をつなぐ数多くの広大な橋の上へと広がっていった。そして、ここがキ＝アディにとっての最後の戦場となる。キ＝アディ将軍が2つの都市を結ぶ橋の上に配下のクローンたちを集結させたとき、コマンダー・バカラはホログラム・コムリンクを通じて最高司令官専用の周波数にロックされた極秘指令を受け取っていた。そのホログラムの人物、すなわちシスの暗黒卿ダース・シディアスは、彼にオーダー66の実行を命じる。バカラは命令に従い、次の瞬間、キ＝アディの最も近くにいたクローンが突然戦うのを止めた。そして、当惑して振り向いた彼は、クローンからの一斉射撃を受けるのだった。驚いた将軍はセイバーの兆弾で数人のクローンを殺害するが、ついには圧倒的な光弾に屈することになる。

ムンディの死後、この惑星はパルパティーン皇帝の宣言した銀河帝国によって征服された。帝国軍の戦闘兵器が戦後の混沌とした時期に厳しい秩序をもたらしたのである。

クローン大戦末期に行われたフェルーシアの戦いは、クローン大戦全体を通じて最も過酷な戦いの1つだった。この戦いは、第182大隊が惑星に降下し、共和国との交信を絶ったことが発端である。そのため、エリート部隊である第501大隊が惑星から分離主義勢力を一掃するために送り込まれたのだった。

しかし、到着した直後から、第501大隊はフェルーシアが悪夢のような地勢であることを思い知らされた。生い茂った草や地表に限りなく広がる密林と胞子のため、敵の待ち伏せも容易かつ頻繁に行われており、重武装の支援車両の投入も困難を極めていたのである。同様に、彼らは孤立したパトロール隊を襲撃する野生のアクレイへの対処にも悩まされていた。

やがて、ジェダイのアイラ・セキュラ将軍がフェルーシアに到着し、第501大隊は多大な犠牲を強いられながらも、分離主義勢力の防衛部隊を壊滅させることができた。このときセキュラは第501大隊に対し、これまで見た中で最も勇敢な兵士たちだと称したという。

続く、コマース・ギルドのシュ・マーイ会頭の追跡任務のなかで、アイラとその配下の軍隊はジェダイ・ナイト、バリス・オフィーが捕らえられているとされるニグコウ収容所に到着する。クローン・コマンダー・ブライ率いるクローン軍は施設を攻撃し、ゴッサムのコマンドー部隊との交戦を経て付近一帯を確保した。一方、その間にアイラは自らのセロニアンのパダワン、ゾンダーと、オフィーを救出することに成功したのだった。

なおもシュ・マーイを追跡するアイラとバリスは、ブライ率いる第327スター・コープスのクローン歩兵たちと共に、フェルーシアの首都クウェイ・トウの外側にある警戒厳重な要塞へと到達した。陽動作戦として数体のB-2バトル・ドロイド・ガードを破壊した後、ジェダイとクローンたちはアラテック社製BARCスピーダーで要塞へと前進する。途中、彼らはドロイド・スターファイターによる攻撃を受けるが、それらも共和国軍のARC-170スターファイター部隊によって掃討されたのだった。

アイラとバリス、エクリア（バリスのパダワン）、ゾンダーは、湖と滝を経て要塞へと侵入し、兵士たちを内部へ誘導するが、この捜索は無駄骨だったことが判明する。シュ・マーイを乗せた船は何日も前にフェルーシアを発っており、要塞の中には誰一人としていなかったのである。そして、コルサントへの攻撃に関する情報を収集していたとき、ジェダイたちはブライから要塞が毒ガスで満たされようとしているという報告を受ける。まさに秒読み状態が始まり、アイラはその場からの完全撤退を命じた。この一瞬の判断によって、彼らは要塞が爆発する直前に何とか脱出することができたのである。

その後、アイラ・セキュラ将軍指揮下の第327スター・コープス機動部隊は、用水路に放たれた毒によるフェルーシアの汚染を阻止するため、数箇所の浄水施設に対する攻撃準備を開始した。これはシュ・マーイ会頭によって計画された焦土作戦だったのだ。

ジェダイのスタス・アリー将軍（彼女はその後、サルーカマイへ向かった）と同行していたクローン・トルーパーの増援部隊が、コマンダー・ブライから状況説明を受ける。彼は、フェルーシアは空爆に対して極めて強い防衛力を持つため、地上攻撃が最も効果的であると語った。ジャングルの中では進軍速度が落ちるため、バリス・オフィーは1個分隊をハー・ガウへと向かわせる。一方で、エクリアとゾンダー、そして新たに到着したドレイク・ローガン率いる第2分隊はジオジィへと向かった。そして、セキュラの分隊もパダワンたちの分隊と合流し、ニアンゴーへと向かうことになる。その後、第327スター・コープス機動部隊は二手に別れ、森の中へと進んだのである。

パダワンたちの部隊はジオジィに到着すると、牽制攻撃を行い、速やかに撤退した。彼らの目的は浄水施設の衛兵たちをおびき寄せ、ジェダイによるアクセスを容易にすることだったのだ。こうして毒の拡散は防ぐことができたが、他の施設はネットワークが切り離されているため、遠隔操作できなかった。その後、エクリアはセキュラと連絡を取ろうとするが、通信が妨害されているため失敗してしまう。そこで、彼女は他の分隊の状況を調べるため、クローン兵のヘルメットに内蔵されたカメラを利用しようとした。彼女はこの偶然の行動によって、数分後に発令されたオーダー66による確実な死を免れることができたのである。

オーダー66が発令されたとき、バリス・オフィーはB-2バトル・ドロイドたちに包囲されていた。援軍を引き連れたガレ中尉の姿が見えたとき、彼女は彼に砲撃を命じる。しかし、彼女は突然AT-TEと自身の兵士たちによって射殺されたのだった。また、アイラ・セキュラはニアンゴーへ向かう途中、付近にいる分離主義勢力の武装ユニットに関する報告のため立ち止まっていた。トルーパーたちが待っている間に、彼女はコマンダー・ブライを呼び、近くのドロイドに鳥が驚くことを考慮したかと質問する。すると、彼は否定の返事を返し、セキュラを背後から射撃した。アイラはクローンたちからの一斉射撃を浴び、処刑されたのである。

一方で、ジオジィの浄水施設からマスターたちの死を目撃したパダワンたちは、辛くもクローン軍から逃れ、惑星を離れることができた。後に、銀河帝国はフェルーシアから毒素を取り除き、この惑星を救うと、自らの支配下に統合することになる。

第1次ケイト・ニモイディアの戦いは、通商連合総督であり分離主義評議会の中枢メンバーの1人でもあるヌート・ガンレイを捕らえようとする銀河共和国の試みだった。「ダージの槍」作戦によって得られたコア・ワールドでの利益に対する共和国の大規模な反撃が開始されると、グリーヴァス将軍は評議会の全メンバーにアウター・リムの会合地点へ避難するよう命じたのだった。しかし、ガンレイは自身の城が共和国の猛攻撃によって陥落する前に莫大な財宝を回収しておきたいという欲望に駆られ、通商連合戦艦の戦闘部隊と共にケイト・ニモイディアへと戻ってしまう。だが、この情報は共和国情報部の知るところとなった。そして、オビ＝ワン・ケノービとアナキン・スカイウォーカー率いる機動部隊がアウター・リム包囲作戦から呼び戻され、ガンレイの待ち伏せのために送られたのである。

ジャン・ドドンナ将軍の指揮する3隻のヴェネター級スター・デストロイヤーが、ケイト・ニモイディアの大気圏上層部で通商連合艦隊と対峙する。ドドンナの艦隊は2人のジェダイがクローン軍を指揮してガンレイの城を襲撃する間、上空からの支援を行っていた。ジェダイの目的はこの砦でガンレイと通商連合の高官たちを罠にはめることである。この戦いは惑星の西半球の空一面へと広がり、通商連合コア・シップの司令タワーを思わせる総督の階層をなした要塞は、半島の上に位置していた。

最初の空爆後、クローン軍の主力部隊は北東から攻撃を行い、城のエネルギー・シールドを破壊した。しかし、彼らは城壁の底部に装備されたターボレーザー・キャノンによる激しい砲撃を受けてしまう。ケノービ将軍とスカイウォーカーはクローンのより小規模なグループを引き連れてマナックスの木の果樹園を渡り、コマンダー・コーディとエリート部隊スクワッド・セブンの助けを借りて城下にある菌糸農場へと侵入した。ジェダイたちはそこから上層階へと向かい、シャトルへ逃がれようとするガンレイとその側近たちの追跡を開始したのである。

最終的にガンレイ総督は辛くも逃れたが、コロニー界に残された分離主義勢力最後の要塞、ケイト・ニモイディアは陥落した。さらに、共和国は彼のメクノ＝チェアから極めて重要なものを発見することになる。それは独立星系連合とシスの暗黒卿との接点を示すダース・シディアスからのメッセージだった。さらに、メクノ＝チェアには分離主義評議会がシス卿や他のメンバーとの交信に使用する通信コードが入力されていたのである。

任務を終えたスカイウォーカーとケノービ、そして彼らの軍は、アウター・リムへと戻った。だが、彼らの活躍にも関わらず、独立星系連合はケイト・ニモイディアを手放そうとせず、抵抗を続ける分離主義勢力の掃討作戦を指揮するため、ジェダイ・マスター、プロ・クーンがこの惑星に派遣されることになる。

クローンの僚機を伴ったクーンは、彼専用のデルタ7・イーサスプライト・スターファイターに搭乗し、ニモイディアンの富の惑星上空におけるパトロール任務を行っていた。目下の惑星に数多く存在する橋上都市で熾烈な戦いが繰り広げられるなか、ケル・ドアのジェダイ・マスターは敵戦闘機の監視を行いつつ、分離主義勢力の要塞上空のパトロールを続けたのである。

橋の上で共和国のUT-AT、AT-PT、その他のウォーカー、そして多数のクローン・トルーパーが都市への進入を巡って分離主義勢力のドロイド軍と戦っていた。しかし、戦いが長引くなか、不吉な事件が起こる。そのとき橋に近づいて飛行していたプロ・クーンは、背後のARC-170スターファイター内で起こったことに気づいていなかったのだ。

クローン・パイロットのジャイガラーは一切の躊躇いを見せず、パルパティーン最高議長、すなわち皇帝の命令に応じた。ジェダイの将軍からやや後退した彼は、上空でジェダイ・マスターの乗機を撃墜したのである。クーンの死によってパイロットを失った戦闘機（むしろその残骸）は、橋上都市のタワーへと墜落したのだった。やがてバトル・ドロイドたちが動作を停止したとき、この惑星を征服していたのは銀河帝国だったのである。

5ヶ月間、サルーカマイの主要都市を包囲していた共和国軍は、数回にわたって周辺のシールド発生装置に到達しようと試みた。その結果、惑星を守るシールドは消失し、地下のクローン工場は軌道からの爆撃に晒されたのである。しかし、カルデラの縁に要塞を築いていた軍は、連合軍からの激しい攻撃を受けていた。だが、これは陽動作戦に過ぎず、真の目標はジェダイ・マスターのオポー・ランシセス将軍だったのだ。彼は戦闘瞑想の助けを得て軍を指揮しており、これこそが勝利の最大の要因だったのである。

裏切り者のソーラ・バルクはランシセスを殺害するべく、アンザーティの暗殺者集団を送り込み、この脅威を終わらせる。ランシセスはアンザーティを全滅させたものの、その直後にガードを下げたため、バルクに背後から刺される隙を与えてしまったのだ。ランシセスの死後、彼の副官だった2重スパイのクインラン・ヴォスがその役割を引き継ぐことになる。

やがて戦いの最終局面が激化すると、共和国は長らく艦隊による地上攻撃支援を阻止していた対軌道イオン・キャノンの破壊に成功する。そして、発電所への道筋が明らかになると、共和国軍が突入し、内部へと進入したジェダイのチームが爆破に成功したのだった。

包囲作戦と戦闘が何ヶ月も続くなか、ジェダイ・マスター、ソルムは分離主義勢力によるクローン開発を阻止するため、施設への破壊工作や未完成のクローンの殲滅などで多忙を極めていた。そして戦いも終盤に差し掛かったとき、彼はアイラ・セキュラ将軍と共に、かつての弟子クインラン・ヴォスのダークサイドからの脱出を手助けし、ソーラ・バルクの恐怖を終わらせる。クインランはこのダーク・ジェダイを殺害し、サルーカマイから脱出した。ちょうどそのとき、共和国軍による軌道からの爆撃によって分離主義勢力の本拠地も壊滅したのである。

クローン施設が破壊され、独立星系連合による惑星支配が潰えたことによって、主要な戦いは終結した。ジェダイの将軍たちは大半が他の戦場へと移動したが、残存する分離主義勢力を掃討するため、スタス・アリーだけが残っていた。

クローン大戦最後の数日の間、アリーはこの惑星で共和国が勝利してから駐留しているコマンダー・ネイオの小規模なクローン・トルーパー軍を指揮していた。砂漠の荒野には戦いによって生じた瓦礫が散乱し、死肉を食らう鳥たちがクローン・トルーパーの死体を漁っている。スタス・アリーを共和国の敵だとするオーダー66が発令されたのはこのときだった。ネイオは命令を実行するためスピーダー・バイクを減速させ、ジェダイの背後につく。そして、彼とその部下はスピーダー・バイクのブラスターを発砲し、アリーを殺害したのだった。

長く複雑な戦いの末、共和国軍は多くの指導者を失った独立星系連合に対して優位な状況に立ちつつあった。この状況のなか、分離主義勢力幹部の生き残りを追ってウータパウを捜索していた共和国クローン情報部のヌルARCトルーパー、コマークとジェングは、この惑星に敵の最高司令官、グリーヴァス将軍と分離主義評議会が潜伏していることを突き止める。この情報はさっそくパルパティーン最高議長に報告され、アナキン・スカイウォーカーを通じてジェダイ評議会へと伝えられたのだった。

グリーヴァス討伐の任務を与えられたオビ＝ワン・ケノービ将軍は、3つの星系を制圧できる力を持った大規模なクローン軍（中にはエリート部隊の第501大隊のメンバーも含まれていた）を擁するヴェネター級スター・デストロイヤー艦隊を編成した。ケノービは惑星を偵察するために単独で先行し、宇宙港管理官のティオン・メイドンの協力を得て、グリーヴァスの捜索を開始する。そして、彼の残してきた部隊が惑星に近づくと、ケノービはグリーヴァスとの激しいライトセイバー戦を繰り広げたのである。

ケノービがグリーヴァスを発見すると、クローン・コマンダー・コーディはさっそく配下の部隊を展開させた。2個大隊が敵の全軍と衝突し、第3の予備部隊が補給と退路の封鎖を行う。ヘイルファイヤー・ドロイドが即座にクローン軍を撃退しようとしたが、クローン軍の旗艦＜ヴィジランス＞からの砲撃によって壊滅させられた。第501大隊の兵士たちはウータパウの都市でいくつかの保安拠点を制圧し、このとき既にグリーヴァスのIG-100マグナガード・ボディガード4体を倒していたオビ＝ワンと合流する。そして、ケノービは熟練したライトセイバー・フォーム、ソーレスを駆使した複雑な動きによって、グリーヴァスの2本の腕を切断したのだった。劣勢を感じたグリーヴァスはその場から逃走し、オビ＝ワンはボーガと呼ばれるヴァラクティルで、バトル・ドロイドやクローンたちを巧みに避けながら、サイボーグの将軍を追跡することになる。

グリーヴァスは秘密の離着床プラットフォームを目指してホイール・バイクで逃走する。両者は共にライトセイバーを落としながらも、グリーヴァスのエレクトロスタッフを奪い合い、激しく戦った。その後、ボーガはグリーヴァスのニモイディアン・シャトルを破壊し、2人はグリーヴァスの専用宇宙船＜ソウルレス・ワン＞の前で格闘を繰り広げる。

グリーヴァスは手ごわい格闘家であり、ケノービを縦横無尽に攻め立てるが、オビ＝ワンは彼の有機体部分を収容した傷だらけの装甲をこじ開けることができた。激昂したグリーヴァスはオビ＝ワンを放り投げ、プラットフォームの縁へと追い詰めると、エレクトロスタッフを掴んでジェダイに止めを刺すべく歩み寄る。だが、オビ＝ワンはフォースを使ってグリーヴァスのブラスターを引き寄せ、彼の内臓部分へ向けて発砲した。こうして邪悪な将軍は炎に包まれ大破する。このとき、オビ＝ワンは任務とはいえ野蛮な武器に頼らなければならなかったことに嫌悪感を示したのだった。

オーダー66が発令されたのはこのときである。コマンダー・コーディはAT-TEに命じ、分離主義勢力の本部へ向かうため崖を上っていたオビ＝ワンを砲撃した。彼とボーガは縦穴を落下し、底の湖へと転落する。ボーガは不運にも絶命するが、オビ＝ワンは密かにグリーヴァスの宇宙船までたどり着くことができたのだった。

やがて長い戦いは終了し、クローン軍はパウ・シティで勝利を手にする。しかし、独立星系連合はウータパウの他の縦穴都市を支配していたため、最終的にはムスタファーでダース・ヴェイダーがドロイド軍を停止させるまで、戦いは継続されたのだった。