モン・モスマ、ベイル・オーガナ、ガーム・ベル・イブリスらによって創設された反乱同盟軍は、パルパティーン皇帝による帝国の樹立から約20年後、大規模な戦闘において歴史的な初勝利を収めた。秘密基地を飛び立った反乱軍の戦闘機部隊は一撃離脱戦法によってモッティ提督のスター・デストロイヤーを襲撃し、この戦闘の間に反乱軍スパイが帝国軍の最重要機密情報を奪取することに成功したのである。これはデス・スター計画、すなわち惑星さえも破壊できる威力を持った超巨大宇宙ステーションの建造に関する情報だった。反乱軍スパイの1人、カイル・カターンは惑星ダヌータの帝国軍ライブラリに侵入し、デス・スターに関する技術情報を入手することに成功するのだった。
一方で、反乱軍の若き指導者の1人、レイア・オーガナ姫も、既にスパイを通じてデス・スターの存在を知らされていた。そして、彼女はトプラワでの任務中にオルデランの外交船<タンティヴィIV>上で設計図の電送を受け、それを父ベイルに手渡すべく故郷へと急ぐ。しかし、彼女の船はダース・ヴェイダーの旗艦<デヴァステーター>に発見され、拿捕されてしまうのだった。レイアも帝国に対する反逆罪で連行されるが、彼女は逮捕される直前に設計図をアストロメク・ドロイドのR2-D2に入力しており、メッセージと共に銀河系の運命をこのドロイドに委ねたのである。
R2-D2とその相棒のプロトコル・ドロイドC-3POは<タンティヴィIV>から脱出カプセルで船外へと逃れ、辺境の砂漠の惑星タトゥイーンに漂着する。レイアはオルデランに向かう途中、この惑星に隠遁しているというかつてのクローン大戦の英雄、ジェダイ・マスター、オビ=ワン・ケノービの助力を得ようとしていたのだ。やがてドロイドたちはオビ=ワン、そして後の主人となる若きルーク・スカイウォーカーと遭遇し、同じくモス・アイズリー宇宙港で出会った密輸業者ハン・ソロの<ミレニアム・ファルコン>でオルデランへと向かう。しかし、そのころデス・スターではレイアが帝国軍のグランド・モフ・ターキンによる尋問を受けており、オルデランは帝国に反旗を翻す星系への見せしめとして破壊されてしまうのだった。
オルデランの跡地に到着した<ファルコン>はそのままデス・スターに捕らえられる。だが、ルークとハンは帝国軍のストームトルーパーに変装し、辛くもレイア姫の救出に成功するのだった。一方で、オビ=ワンは単独でデス・スターの強力なトラクター・ビームを無効にするが、脱出前にかつての弟子ダース・ヴェイダーとの一騎打ちに敗れ、肉体を消滅させてしまう。その間に<ファルコン>は無事脱出することができ、反乱軍の秘密基地のあるヤヴィン4へと急ぐのだった。しかし、これはターキンによる罠だった。帝国軍は<ファルコン>に追跡装置を仕掛けており、これによってついに反乱軍の秘密基地の場所を突き止めたのである。
デス・スターはヤヴィン4を塵と化すべく急接近していた。反乱軍の名将ジャン・ドドンナ将軍は、まさに時間との戦いのなかでR2に秘められた設計図を解析し、デス・スターの弱点が排熱ダクトにあることを突き止める。この直径わずか2メートルの穴にプロトン魚雷を命中させれば中央の反応炉を直撃することができ、その爆破の連鎖反応で巨大宇宙要塞を破壊することができるのだ。反乱同盟軍は宇宙戦闘機部隊2中隊を出撃させ、反乱の存亡を賭けてデス・スター攻略戦を展開する。この戦いではルークもレッド中隊のXウィング・レッド5として出撃するが、一方でハンはレイアを救出した見返りとして多額の報奨金を受け取ると、直ちにその場を立ち去っていったのだった。
そして戦いが開始され、XウィングとYウィングからなる反乱軍の戦闘機部隊がデス・スターへと接近していく。だが、デス・スターのターボレーザー砲塔、そしてTIEファイターによる攻撃は容赦なく反乱軍戦闘機を襲い、勇敢なパイロットたちが次々と撃墜されてしまう。先に排熱ダクトへ通じるトレンチへ突入したゴールド中隊は壊滅し、続いて突入したレッド・リーダーの小隊もヴェイダーのTIEファイターによる追撃を受けて全滅してしまうのだった。
最後に突入したのはルーク、ビッグズ・ダークライター、そしてウェッジ・アンティリーズの3機である。だが、途中で被弾したウェッジの機体が戦線を離脱し、ビッグズもヴェイダーからの攻撃によって撃墜されてしまう。最後に残されたルークは辛くも排熱ダクトに到達するが、ヴェイダーによって追い詰められていた。デス・スターも衛星を射程圏内に捕らえ、反乱軍にとって絶体絶命の危機が訪れる。しかし、この危機を救ったのはハン・ソロの<ミレニアム・ファルコン>だった。彼はヴェイダーの僚機を撃墜し、ルークを敵の追撃から解放する。そして、ルークはフォースを通じてオビ=ワンの助言を聞き、デス・スターの破壊に成功したのだった。帝国軍の宇宙要塞はターキンの野望と共に宇宙の塵と化したのである。反乱同盟軍は劇的な大勝利を収めたが、その代償も大きかった。この戦いには歴戦のパイロットが数多く参加したが、生存者はルーク、ウェッジ、キーヤン・ファーランダー、そしてハン・ソロとチューバッカの5人だけだったのだ。
この戦いの後、ルーク、ハン、そしてチューバッカの3人はヤヴィンの英雄として正式に反乱同盟軍に迎え入れられた。彼らはヤヴィンからの撤退の際にも英雄的活躍を行うことになる。一方で帝国軍ではデス・スターの爆発から逃れたダース・ヴェイダーが軍の最高司令官に抜擢され、反乱軍への反撃を指揮することになるのだった。
反乱同盟軍によってデス・スターを破壊された帝国軍は、その後の戦いでも反乱軍によるゲリラ作戦によって数々の損失を被っていた。この状況に不快感を示したパルパティーン皇帝は、軍の統制を強化すべくダース・ヴェイダーに軍事面での全権を委ねるのだった。また、ヴェイダーはスパイの報告からヤヴィンでデス・スターを破壊した反乱軍パイロットの名がルーク・スカイウォーカーであることを突き止めていた。フォースに守られた息子の存在を直感した彼は、ルークを自分の手で鍛えるという個人的野望を募らせることになる。
パルパティーン皇帝はヴェイダーに旗艦としてフォンドアで建造されたばかりの超巨大戦艦スーパー級スター・デストロイヤー<エグゼキューター>を与え、反乱軍の徹底捜索を命じたのだった。ヴェイダーはこの任務における艦隊司令官にオゼル提督を任命する。オゼルは、<アヴェンジャー>、<アキューザー>、<アジュディケーター>、<タイラント>、<ストーカー>の5隻のインペリアル級スター・デストロイヤーを召集し、未曾有の破壊力を持った恐るべき死の小艦隊を作り上げたのだ。
オゼルは銀河系のあらゆるセクターに対して何千もの探査ドロイドを放ち、反乱軍の秘密基地の痕跡を捜索していた。そしてついに、その中の1つがホス星系に築かれた反乱軍のエコー基地を発見する。この情報は直ちにヴェイダーの艦隊に送信され、彼は全艦隊をホスへ向けるよう指示を出したのだった。しかし、探査ドロイドの存在に気づいた反乱軍は、ライカン将軍による指揮のもとで素早く撤退準備を進めており、惑星シールドを起動して戦闘態勢に入っていたのである。オゼルはホス星系で艦隊をハイパースペースから離脱させるが、距離が近すぎたために反乱軍は艦隊の接近を察知しており、強力なシールドによって軌道からの砲撃が不可能な状況となっていた。ヴェイダーはこの失態の責任を問い、オゼルを処刑する。後任として<エグゼキューター>のファーマス・ピエット艦長が提督に昇格したのだった。
ヴェイダーはヴィアーズ将軍に地上攻撃を命じる。ヴィアーズはAT-ATの一隊を率いてホスに降り立ち、惑星の偏向シールドを打ち破るべくエコー基地の発電施設へと向かうのだった。反乱軍も貨物船が脱出する時間を稼ぐためにローグ中隊のスノースピーダーを出動させ、AT-ATに応戦する。ルーク、ウェッジ・アンティリーズ、ホビー・クリヴィアンらの活躍によって数台のAT-ATが倒されるが、帝国軍の戦力は反乱軍を圧倒的に凌駕していた。ヴィアーズのAT-AT部隊は非情な直進を続け、多くの反乱軍兵士たちが犠牲となっていく。ホスの雪原は血の海と化し、ついに発電施設も爆破されてしまうのだった。
惑星を守っていたシールドは消失し、ヴェイダーもホスに降り立った。だが、反乱軍の貨物船は既にほとんどが脱出しており、ハン・ソロもレイア・オーガナを乗せて<ミレニアム・ファルコン>で飛び立って行く。それを見届けたルークもXウィングでR2-D2と共にこの惑星を脱出し、雪原で遭遇したオビ=ワン・ケノービの霊体に導かれ、ジェダイとしての訓練を積むべく惑星ダゴバへと向かうのだった。一方で、<ファルコン>で逃走するハン・ソロ、レイア・オーガナ、チューバッカらには受難が待ち受けていた。ルークを捕らえることに執念を燃やすヴェイダーは、あらゆる手段を講じて<ファルコン>を追跡していたのである。
無事にこの星系を脱出した反乱軍艦船は、銀河系の最外郭にある会合地点に集結していた。彼らの多くは辛くも帝国軍の追跡を逃れることができたが、この戦いでは基地と共に多くの資源と兵器、そして有能な兵士たちを失い、反乱同盟軍の力は大きく衰退することになったのである。
ホスの戦いでエコー基地を失った反乱同盟軍は、帝国軍の追跡を逃れるため銀河系に四散していた。一方、パルパティーン皇帝は惑星ヘフィに逃亡した帝国軍科学者ベヴェル・レメリスクを捕らえ、残虐な方法で処刑した後、彼のクローンにヤヴィンの戦いで破壊されたデス・スターの再建を命じたのだった。第2デス・スターは初代ステーションの弱点が改良されており、大きさも火力も前作を大きく上回る究極の宇宙要塞である。モフ・ジャジャーロッドの指揮のもと、森林衛星エンドアの軌道上で第2デス・スターの建造が開始されるが、皇帝はこの要塞の完成直前に反乱同盟軍を壊滅させようと考えていた。彼は新しい「道具」の1人、ブラック・サンの首領プリンス・シーゾーの進言に従い、第2デス・スター計画の情報を意図的に漏洩させたのである。シーゾーの目論みは反乱軍を罠に陥れ、エンドアで全滅させることだったのだ。
帝国軍の重要機密情報を入手したという知らせは、友人のハン・ソロを救出するため故郷タトゥイーンを訪れていたルーク・スカイウォーカーにも届いていた。彼は詳細を知るためボサンの植民惑星コスリスへ向かい、情報提供者のコス・メランと接触する。そしてボサンのスパイ網が入手した情報通りに帝国軍の貨物船が出現し、ルークもボサンの戦士たちと共に戦闘機で飛び立つのだった。この小規模な戦いで多くのボサンが犠牲となり、ルーク自身も死の危険に直面するが、反乱軍は第2デス・スターの情報を手に入れることに成功する。ルークはこの情報をボサンに託し、コルサントでのブラック・サンとの対決を経て、再びハンの救出へと向かうのだった。
皇帝とダース・ヴェイダーには反乱軍討伐の他にもう1つの目的があった。反乱軍と共にルークをエンドア星系に誘い出し、フォースのダークサイドに誘惑しようというのだ。皇帝は自ら建造工事の監督を行うべく第2デス・スターを訪れ、ヴェイダーにルークを捕らえるよう命じるのだった。また、ルークも無事にハンを救出し、ダゴバで死の床についたヨーダ、そして霊体となって現れたオビ=ワン・ケノービから、ヴェイダーが父親であること、さらにはレイアが双子の妹であるという衝撃の事実を聞かされる。彼は父をジェダイの道に引き戻すべく、決意を新たに仲間のもとへと戻っていくのだった。
そのころ、反乱同盟軍の艦隊はサラスト星系付近に集結していた。ボサンによってもたらされた情報によると、エンドア星系で建造中の第2デス・スターは衛星上の基地から発射される強力なシールドで完全な防御がなされているのだった。同盟軍司令官のアクバー提督はシールド発生装置を破壊する特殊部隊と、シールド消失後、建造中の宇宙要塞に突入して主反応炉を破壊する攻撃部隊の2チームを編成し、反乱の存亡を賭けた決戦を挑むことになる。森林衛星エンドアに潜入する特殊部隊の指揮官にはハン・ソロが将軍として抜擢され、デス・スターを攻撃する戦闘機部隊の指揮官にはランド・カルリジアンが同じく将軍として抜擢された。レイア、ルーク、チューバッカらはハンのチームに加わり、彼らは帝国軍から奪取したラムダ級シャトル<タイディリアム>でエンドアへと向かう。だが、ルークの存在はフォースを通じてヴェイダーの知るところとなっていた。ヴェイダーはパルパティーンに息子の到着を報告し、彼を捕らえるべく地上へと降りるのだった。
ルークらがエンドアで出会ったのは原始的な原住民のイーウォックたちだった。当初は好戦的な彼らだったが、黄金色に輝くC-3POを神であると誤解し、邪悪な帝国軍を故郷から追い出すため反乱軍への協力を申し出るのだった。そしてその夜、ルークはレイアにスカイウォーカー家の秘密をすべて告白すると、単身でヴェイダーの元へと投降する。彼はそのまま皇帝の面前へと連れて行かれ、この戦いがすべて皇帝の仕組んだ罠であることを知らされるのだった。
シールド発生装置のあるエンドアのバンカー基地には帝国軍の精鋭部隊1個師団が待ち構えていた。そのためソロ将軍率いる少数の反乱軍は侵入直後に捕らえられてしまう。一方、上空でもシールド消失を待たずに反乱軍艦隊が到着し、待ち受けていた大規模な帝国軍艦隊との交戦を開始する。第2デス・スターの新型スーパーレーザーは既に完成しており、圧倒的な火力で次々とモン・カラマリの戦艦が宇宙の塵と化していくのだった。アクバー提督はこの劣勢のなか撤退を決意するが、<ミレニアム・ファルコン>で出撃していたランドはそれに異を唱える。彼は同盟軍艦隊を帝国軍のスター・デストロイヤー艦隊の中に突入させ、敵艦をシールド代わりに使うという信じがたい戦法を進言したのだ。ランドはハンが必ずシールドを消してくれると信じていたのである。
そして、このときついにパルパティーンでさえ予知できなかった誤算が生じることになる。イーウォックが原始的な武器で帝国軍に攻撃を開始したのだ。帝国軍のAT-STやスピーダー・バイクなどのハイテク兵器はイーウォックの自然を利用した戦術に対処できず、もろくも崩れ去ったのである。ハンはバンカー基地を制圧し、シールド発生装置の破壊に成功した。上空で激しい戦闘を繰り広げていた艦隊もシールドの消失を察知し、ランドの<ファルコン>を筆頭に、ウェッジ・アンティリーズらが第2デス・スター内部へと侵入を開始するのだった。
そのころ、第2デス・スターの司令タワーでは、ルークとヴェイダーが皇帝の見守る前でライトセイバーによる死闘を繰り広げていた。ルークは父親にライトサイドへの改心を迫るが、ヴェイダーはそれを拒否し、彼をダークサイドへと誘惑する。そしてヴェイダーは息子の心を読み、双子の妹の存在に気づくのだった。ルークはレイアに危険が迫ることに激昂し、憎しみを込めてヴェイダーを打ち付ける。そしてついにヴェイダーを屈服させ、運命の戦いを制するのだった。パルパティーンは憎しみに目覚めたルークを新たなる弟子とすべく誘惑するが、彼はそれを敢然と拒否する。ルークはジェダイ・ナイトとして父の跡を継ぐと宣言したのだ。皇帝はルークの誘惑を断念し、彼をフォースの稲妻で抹殺しようとする。だが、親子の絆に目覚めたヴェイダーはパルパティーンを裏切り、邪悪なシス卿を滅ぼすのだった。こうしてフォースにバランスをもたらしたヴェイダーは、ジェダイ・ナイト、アナキン・スカイウォーカーとして息子の前で静かに息を引き取る。ルークは父の亡骸と共に第2デス・スターから脱出したのだった。
デス・スターの中心部に到達したランドとウェッジは主反応炉を破壊し、崩壊していく宇宙要塞からの脱出に成功する。デス・スターは再び爆破され、反乱同盟軍は劇的な勝利を手にしたのだった。また、パルパティーン皇帝のフォースによる戦いの調整が失われたことで、帝国軍艦隊は混乱状態に陥り、瞬く間に<エグゼキューター>を含む6隻のスター・デストロイヤーを失ってしまう。艦隊の指揮を受け継いだインペリアル級スター・デストロイヤー<キメラ>のペレオン艦長は、再起を図るべく全艦隊の撤退を命じていた。だが、その後の帝国軍はモフや大将軍たちのグループが互いに主導権を奪い合う内乱状態へと突入することになるのだった。一方で反乱同盟軍は新共和国の樹立を目指し、帝国残党の掃討作戦を開始することになる。