ダーク・リーパーはクローン大戦が勃発するおよそ4,000年前、古代シス大戦の最中に創造された邪悪な兵器である。その名が示す通り、ダーク・リーパーは極めて強力な兵器であり、小隊程度の力ではとても太刀打ちできない。そのため、この兵器は起動させるだけでも莫大なエネルギー量を要求し、そのエネルギー源となる物質も、フォース・ハーヴェスターと呼ばれる古代の特殊な工芸品である。古代のジェダイ・ナイト、ウリック・ケル＝ドローマは、このダーク・リーパーを破壊するべく、ジェダイ・ナイトたちにこの邪悪な兵器の効果に耐えるための方法を伝授したのだった。
そして4,000年後、クローン大戦が勃発しようとしていたとき、設立したばかりの独立星系連合の指導者ドゥークー伯爵は、チストリの傭兵サイドン・プラックスを雇い、ラクサス・プライムで謎の発掘計画を行っていた。彼らはこの荒廃した工業惑星でダーク・リーパーを復活させるために必要となるフォース・ハーヴェスターを発掘したのである。そして、ドゥークーはキャッシークの衛星でハーヴェスターを活性化させるようサイドンに命じ、森林を壊滅させることでその威力を試したのだった。この結果に満足した伯爵は、惑星トゥーレへと向かい、ついにダーク・リーパーの断片を発見する。彼はフォース・ハーヴェスターを用いてダーク・リーパーを復活させると、この邪悪な兵器を銀河共和国を滅ぼすための計画へと投入したのだった。
一方で、ダーク・リーパーの脅威を知ったアナキン・スカイウォーカーは、この究極兵器の弱点を求めて、ウリック・ケル＝ドローマの眠る惑星レン・ヴァーを訪れる。やがて、彼はウリックの墓標からその手かがりを掴み、トゥーレへと向かった。トゥーレではアナキン・スカイウォーカー、オビ＝ワン・ケノービ、メイス・ウィンドゥらが分離主義勢力との激しい戦いを繰り広げ、共和国軍は多くの犠牲を払いながらもシス寺院の攻略を開始する。そして最終的にアナキンはサイドン・プラックスを打ち破り、復活した直後のダーク・リーパーを再び破壊することに成功したのである。