コルサント星系に、アウター・リム包囲作戦から急遽呼び戻されたオビ＝ワン・ケノービとアナキン・スカイウォーカーのジェダイ・スターファイターが到着した。首都の上空では、パルパティーン議長を連れて逃走しようとする分離主義勢力の艦隊と、それを阻止しようとする共和国軍の艦隊が入り乱れ、壮絶な戦いを展開している。この大乱戦のなか、2人のジェダイ・ナイトは議長が捕らえられているグリーヴァス将軍の旗艦＜インヴィジブル・ハンド＞へと急いだ。途中、オビ＝ワンがバズ＝ドロイドの攻撃を受けるが、アナキンは自殺行為ともとれる無謀さで、愛するマスターを救助する。やがて彼らは＜インヴィジブル・ハンド＞のドッキング・ベイへと到達し、バトル・ドロイドをなぎ倒しつつ、議長の収監された展望タワーへと向かうのだった。だが、すべてはドゥークー伯爵とグリーヴァス、そしてこの2人を陰で操るダース・シディアスの計画通りだったのだ。
手枷を掛けられたパルパティーンの前にアナキンとオビ＝ワンが到着する。しかし、そこにはドゥークー伯爵も待ち構えていた。ジェダイたちは再び、今度こそ2人がかりでシス卿と光刃を交えることになる。ドゥークーはオビ＝ワンをあっさりと気絶させるが、アナキンは3年前の対決からはるかに力を上げていた。シス卿はアナキンの怒りを誘うものの、最後は一方的に押され、両腕を失ってしまう。このとき、若きジェダイはとどめを刺すことを躊躇うが、パルパティーンは彼を殺せと命じるのだった。アナキンは苦悩するが、一瞬の怒りに心を乱し、無抵抗な伯爵の首を切断する。そして、彼らはオビ＝ワンを連れ、脱出へと急ぐのだった。
その間も、船の外では戦艦同士の激しい砲撃戦が繰り広げられており、＜インヴィジブル・ハンド＞は大きな損傷を被っていた。そして、3人は逃走途中にレイ・シールドに捕らえられ、ドッキング・ベイに残っていたR2-D2と共に、艦橋のグリーヴァス将軍の前へと連行されてしまう。グリーヴァスはジェダイのライトセイバーを取り上げるが、ジェダイはR2の機転によって武器を取り戻し、艦橋で将軍とそのボディガード・ドロイドたちとの乱闘が開始された。だが、グリーヴァスは状況の不利を悟ると、卑劣にも艦橋から飛び出し、脱出カプセルで通商連合の戦艦へと逃亡する。重要な人質を奪回された分離主義勢力は、作戦の失敗を受け、共和国首都から一斉に撤退を開始したのだった。一方、船内に残されたアナキンらは、エンジンの大破した＜インヴィジブル・ハンド＞でコルサントへの不時着を余儀なくされる。しかし、アナキンはまたしても天才的な操縦テクニックを披露し、消防隊の助けを借りて、無事地表へと帰還することに成功したのである。
元老院では、忠誠派の議員たちとジェダイ・マスター・メイス・ウィンドゥが、パルパティーン議長とアナキンを出迎えていた。パルパティーンはグリーヴァスが生きている限り議会は戦争継続を支持するだろうと告げ、メイスも彼の逮捕に全力を尽くすと約束する。このとき、アナキンは物陰で自分を見つめるパドメの存在に気がついた。久しぶりに再開した夫婦は互いの愛を確認し合い、パドメは夫に衝撃の事実を告白する。彼女はアナキンの子供を宿していたのだ。
そのころ、分離主義評議会の隠れ家となっていたウータパウでは、シディアス卿がグリーヴァス将軍に、分離派の幹部たちをムスタファーへ移動するよう命じていた。また、シディアスは戦争の終わりに自信を見せており、ドゥークー伯爵に代わる新しい弟子の到来を予見していたのだった。
一方、コルサントにあるパドメのアパートで彼女と共に夜を過ごしていたアナキンは、3年前に母を失ったときと同じ悪夢にうなされていた。しかも、今回はパドメが死の淵で苦しんでいる光景を予知したのだ。アナキンは再び愛する者を失うかもしれないという不安に恐れを抱くが、彼はジェダイとして、3年前よりはるかに大きな力を手にしていた。彼は妻に、このビジョンは決して実現させないと強く約束したのである。
だが、共和国の上層部ではさらにアナキンの心を掻き乱す出来事が表面化していた。謎のシス卿ダース・シディアスを追跡していたジェダイ評議会が、ますます大きな権限を手に入れたパルパティーンの周辺にダークサイドの気配を感じており、議長も自分に疑いの目を向ける評議会に不信感を抱いていたのだ。議長はアナキンを自らの私的代理人として評議会に送り込み、一方で評議会もアナキンに議長を内偵するという極秘任務を与えることになる。評議会の席をもらいながらもマスターへの昇格を見送られたアナキンは、大きな不満を募らせていた。ジェダイと議長の両者に忠誠を誓う彼は、パドメの命に関する心配も重なり、ますます不安定な状態へと追い詰められていったのである。
そしてある夜、アナキンはパルパティーンに呼び出され、ギャラクシーズ・オペラ・シアターへと足を運ぶ。議長曰く、グリーヴァスがウータパウに潜伏しているという情報を入手したというのだ。パルパティーンは、グリーヴァス討伐にはアナキンこそが相応しいと主張し、彼に評議会への不信を植えつける。事実、アナキンも評議会による自分への処遇には大きな不満を抱いていた。議長は、ジェダイが共和国と民主主義への忠誠を失っていると説き、シスとジェダイには本質的な違いなど存在しないのだと語る。そして、彼はアナキンに「賢者ダース・プレイガスの悲劇」を聞かせるのだった。偉大なシス卿だったプレイガスは、ダークサイドの秘術で愛する者たちを死の運命から救ったが、皮肉にも弟子に自分の命を奪われたのだという。パドメを死から救いたいアナキンはこの話に真剣に耳を傾けるが、その力はダークサイドのものであり、ジェダイの知識からは手に入れることができないのだ。
惑星キャッシークでは、ヨーダ率いるクローン軍がウーキーを支援し、独立星系連合のドロイド軍を迎え撃っていた。同時にジェダイ聖堂では、アナキンが評議会の席でウータパウにグリーヴァスがいることを報告していた。だが、アナキンとパルパティーンの意に反し、グリーヴァス討伐の任務はオビ＝ワンに与えられてしまう。アナキンは不満を押し隠し、かつての師にしばしの別れを告げる。しかし、これは2人にとって親友同士としての最後の会話になるのだった。
多くの悩みを抱えたアナキンは、より大きな力を求める自分がジェダイ規範から徐々に足を踏み外しつつあることを認識していた。パドメもそんな夫を優しく気遣うが、彼にとって最も大きな不安の対象は彼女自身だったのである。
単身でウータパウに到着したオビ＝ワンは、宙港管理官のティオン・メイドンからの情報によりグリーヴァスの所在を突き止め、分離主義勢力の本拠地へと忍び込む。ガンレイ総督ら幹部たちは既にこの惑星を発っていたが、グリーヴァスは残っていた。ジェダイとの戦闘に絶対の自信を持つこのサイボーグは、オビ＝ワンに一騎打ちを挑み、4本のライトセイバーで襲い掛かる。だが、剣術ではオビ＝ワンがはるかに上を行き、グリーヴァスはまたしてもバイクで逃走するのだった。そして、コマンダー・コーディ率いるクローン軍が到着すると、抑圧に苦しんでいたパウアンたちも決起し、ウータパウの巨大な縦穴は熾烈な戦場と化したのである。
オビ＝ワンとグリーヴァスが交戦状態に突入したことを受け、メイス・ウィンドゥはアナキンを元老院へと送り出した。評議会は、戦争の終わりが近づいていることを知った議長が、何らかの動きを見せることを期待していたのだ。しかし、パルパティーンは戦争についてはほとんど触れず、一方的にアナキンに関する個人的な問題のみを語りはじめる。議長はアナキンとパドメの秘密の結婚のこと、そしてパドメの死の予見のことを知っていた。彼はジェダイ評議会が自分たちを信用していないと断言し、アナキンに妻を救うためダークサイドへ転向するよう誘惑する。パルパティーンこそがダース・シディアスだったのだ。アナキンは激しい憎悪から一度はライトセイバーを起動させ、議長へと突きつけるが、最後は理性を働かせ、この恐るべき事実を報告するためジェダイ聖堂へと戻るのだった。
その間も、ウータパウではオビ＝ワンとグリーヴァスの戦いが続いていた。武器を失ったオビ＝ワンは恐ろしい戦闘力を持つグリーヴァスに苦戦するが、最後は彼のブラスターをフォースで掴み、ついにこの忌々しいサイボーグを葬ったのである。一方、グリーヴァスの死の報告を受け取ったメイスは、パルパティーンに非常時特権の返還を要求するため元老院へ向かおうとしていた。そこへアナキンが恐ろしい知らせを持って現れ、メイスもついにシス卿の正体を知ることになる。アナキンは元老院への同行許可を求めるが、メイスは彼の心の迷いを理由に、同行を断固として許さなかった。会議室での待機を命じられたアナキンは、パドメのことを思い詰めながら、彼女のいる方角を見つめて涙を流す。パルパティーンがジェダイに殺されてしまえば、彼女を救うことはできなくなるのだ。
パルパティーンのオフィスに現れたのは、メイス・ウィンドゥ、セイシー・ティン、エージェン・コーラー、キット・フィストーの4人だった。メイスは議長に逮捕を宣告するが、彼は赤いライトセイバーを起動すると、一瞬にしてメイスを除く3人を斬り殺す。メイスは牙を剥いたシス卿と、生涯で最も重要なセイバー戦を繰り広げるのだった。死闘の末、実力に勝るジェダイ・マスターがシス卿を追い詰めるが、そこへ我慢できなくなったアナキンが入ってくる。パルパティーンはダークサイドの電撃を放ち、顔面を劣化させながらも激しく抵抗するが、ついには力及ばず降伏した。メイスは命乞いするシス卿にとどめを刺そうとするが、アナキンがこれを制する。しかし、それでもメイスはシスの危険性を捨てきれず、セイバーを振り上げるのだった。彼の運命を決めたのは、アナキンのパドメへの思いである。若きジェダイはパドメを救う秘術を守るために我を失い、メイスの腕を切断したのだ。その一瞬後、反撃に出たパルパティーンは再び邪悪な電撃でメイスを焼き焦がし、彼の体をコルサントの夜空へと解き放ったのだった。
シディアスはアナキンに自分の弟子となり、フォースのダークサイドを学べと告げる。アナキンはついにパドメの命を守るため、シス卿の前に片膝を付き、ダース・ヴェイダーの名を与えられたのだった。さらに、シディアスはジェダイの共和国への裏切りについて断罪し、堕落した銀河系のバランスを崩すため、ヴェイダー卿にジェダイ聖堂への襲撃を命じる。そしてジェダイを壊滅させた後、ムスタファーに隠れている分離主義勢力の幹部たちを皆殺しにしろと指示するのだった。
その後、シディアスは銀河中に展開するクローンたちにオーダー66、すなわちジェダイ抹殺命令を発令する。これにより、瞬く間にほとんどのジェダイが不意打ちによって命を落としていった。だが、わずかにこの虐殺を逃れたジェダイも存在し、マスター・ヨーダとオビ＝ワンもその中に含まれていた。一方、ジェダイ聖堂はヴェイダーとクローンの大軍によって壊滅状態にあり、シス卿は幼いジェダイ候補の子供たちさえも手にかけていた。この惨劇を目の当たりにしたオルデランのベイル・オーガナ議員は異常事態を察知し、生き残りのジェダイを救出するべく、＜タンティヴィIV＞でコルサントを飛び立つ。彼はウーキーの助けを借りてキャッシークから逃れたヨーダを救助し、その後、オビ＝ワンも合流した。彼らはジェダイ聖堂から発信されているジェダイへの帰還命令を罠だと見破り、それを止めるためコルサントへと向かうことになる。
コルサントでは、多くのジェダイを殺害したヴェイダーが、アナキンとしてパドメのもとを訪れていた。彼は妻にジェダイの裏切りのことを話し、戦争を終わらせるためにムスタファーへ行くと告げる。そして無人になったジェダイ聖堂では、オビ＝ワンとヨーダが確認した監視ホロカムの映像から、アナキンのダークサイドへの転向が明らかになっていた。この劣勢を覆すべく、ヨーダはシディアス卿との対決を決意し、オビ＝ワンにアナキンを追うよう命じる。一方、元老院ではパルパティーンが自らを皇帝と僭称し、銀河帝国の誕生を宣言していた。議員席からそれを見ていたパドメとオーガナは、共和国の自由が失われたことに気づくのだった。また、溶岩惑星のムスタファーでは、ヴェイダーが必死に命乞いするガンレイ総督らを容赦なく殺害していた。その後、ドロイド軍もすべて停止され、ついにクローン大戦が終結したのである。
オビ＝ワンはアナキンの足取りを掴むためパドメのアパートを訪れる。だが、パドメはアナキンを愛しており、彼が悪に寝返ったという話を信じようとしない。オビ＝ワンは彼女の妊娠にも気づいていた。そして、パドメは黙って事実を確かめるため、C-3POを連れてムスタファーへと向かう。彼女はその船にオビ＝ワンが忍び込んでいることに気づいてはいなかった。
パドメの船を確認したアナキンはプラットフォームで彼女と再会し、2人は強く抱き合った。しかし、彼がパルパティーンを倒して家族で銀河を支配したいと告げると、パドメはオビ＝ワンが正しかったことを認識し、一転して夫を拒絶する。そして、彼女の背後にオビ＝ワンの姿を発見したとき、アナキンは激しく動揺した。彼はパドメが自分を裏切ったと錯覚し、彼女の首にフォースを伸ばす。パドメは気を失って地面へと倒れた。再びヴェイダーとなった彼は、オビ＝ワンに激しい憎悪をぶつけ、仲間にならなければ帝国にとっての敵だと宣言するのだった。ついに銀河系の英雄だった2人のジェダイが互いに戦うときがきたのだ。灼熱の溶岩を背景に、青い2本の光刃が激しく交錯しはじめた。
そのころ、元老院の議長執務室にはパルパティーンの前にヨーダが姿を現していた。闇と光、それぞれの頂点に立つ2人が、元老院議事堂で激しくフォースをぶつけ合う。力ではヨーダがやや勝っていたものの、完全に圧倒するには至らなかった。もはや銀河系のフォースはダークサイドに大きく傾いているのだ。勝利はないと悟った老ジェダイ・マスターは議事堂から脱出し、ベイルに救われる。そして、彼らはオビ＝ワンと合流するため、再び首都を離れるのだった。一方、皇帝はフォースの乱れからヴェイダーの危機を察知していた。彼はシャトルを用意させると、ムスタファーへと向かったのである。
ムスタファーではアナキンとオビ＝ワンの死闘が続いていた。両者は分離主義勢力の本部から外の溶岩流の中へと場所を変え、互いに一歩も退かない攻防を繰り広げる。戦いの途中、オビ＝ワンはパルパティーンの邪悪さを訴えるが、アナキンにとってはジェダイこそが裏切り者であり、悪の存在だったのだ。やがて英雄たちの戦いは大詰めに差し掛かり、アナキンが次の一撃で決着をつけると宣言する。だが、フォースはオビ＝ワンに味方した。2人は溶岩採集用の小型浮遊プラットフォーム上で戦っていたが、オビ＝ワンは陸地を発見すると一気に飛び移り、有利な立ち位置を得たのである。しかし、絶対の自信を持つアナキンはそれでもオビ＝ワンに襲い掛かり、戦いの幕を閉じた。アナキンは義手を除く手足をすべて切断され、苦悶の叫びをあげながら引火した溶岩の炎に包まれる。オビ＝ワンはアナキンを愛していた。彼はかつての弟子であり、選ばれし者だった男のライトセイバーを拾い上げると、深い哀しみを胸に船へと引き返すのだった。
ムスタファーに到着したパルパティーンは大火傷を負ったヴェイダーを発見し、急いでコルサントへと送り届ける。彼は医療センターで緊急手術を施され、異様な姿のサイボーグとして蘇るのだった。一方、オビ＝ワンはパドメと共に、ヨーダとベイルの待つ中立の惑星ポリス・マサへと向かい、パドメの出産に立ち会うことになる。子供は男女の双子だった。パドメは2人をルークとレイアと名づけると、オビ＝ワンに、アナキンにはまだ善の心が残っていると言い残し、静かに息を引き取った。その後、レイアはオーガナが引き取ることとなり、ルークはオビ＝ワンの庇護のもと、タトゥイーンのラーズ夫妻に預けられることになる。また、ヨーダはシスの手の届かない惑星に隠遁することを決意するが、やがて子供たちが邪悪に立ち向かえる年齢に達するまで、オビ＝ワンにある訓練を薦めるのだった。かつてシスに倒されたクワイ＝ガン・ジンが、リビング・フォースの神秘によって冥界から戻ってきたのである。2人のジェダイは彼からリビング・フォースの訓練を受け、死後も生者と交信する方法を身につけることになる。
そして数日後、名の知れぬアウター・リムの宙域では、スター・デストロイヤーの艦橋から皇帝、ヴェイダー、ターキンが見守るなか、帝国軍の巨大宇宙ステーションの建造が進められていた。また、ナブーではパドメの葬儀が執り行われ、沿道に集まった多くの市民が涙を流していた。そして、オルデランではオーガナ夫人のブレハが幼いレイアを抱き抱える。タトゥイーンでは、オビ＝ワンがベルー・ラーズにルークを手渡した。やがて銀河を救う新たなる希望は、離れ離れとなって静かに成長していくことになる。