森林衛星エンドアに浮かぶ建造中の第2デス・スターを、突如としてダース・ヴェイダーが訪れた。ヴェイダーは司令官のモフ・ジャジャーロッドと対談し、皇帝が工事の遅れに不快感を示していること、そして近々皇帝自らが工事を監督するため、この現場を訪れることを伝える。ジャジャーロッドは恐怖にすくみ、作業を急がせると応えるのだった。
一方、タトゥイーンではC-3POとR2-D2がルーク・スカイウォーカーの使いとしてジャバ・ザ・ハットの宮殿へと向かっていた。到着した2体のドロイドは執事のビブ・フォチューナを説得し、ジャバへの謁見に臨む。醜悪なハットと面会した彼らはルークから預かったホロ・メッセージを再生するが、その中でルークは友人ハン・ソロを返してもらうことを前提に取引をしたいと主張し、親善の証としてこのドロイドたちを贈ると申し出るのだった。だが、ジャバには取引に応じるつもりはなく、ハンもカーボナイト凍結されたままの姿で玉座の間の壁飾りとなっていたのである。そして、3POは彼の機嫌を損ねて破壊された通訳ドロイドの後任として使われることになり、R2はジャバの自慢のセール・バージで給仕の仕事を与えられたのだった。
玉座の間で宴が開かれている最中、ブーシと名乗る小柄な賞金稼ぎがチューバッカを引き連れて入ってきた。賞金稼ぎはさっそくウーキーに掛けられた懸賞金を求めるが、金額を巡って対立し、ついにはサーマル・デトネーターを取り出してジャバを脅迫する。ボバ・フェットをはじめとする傭兵たちが一斉に銃口を向けるなか、ハットの犯罪王は彼の度胸に感服し、賞金額の引き上げに同意するのだった。そして、チューバッカは牢獄へと連行されるが、このときの衛兵の中に変装したランド・カルリジアンが潜んでいることに誰も気づいていなかった。やがて皆が寝静まった夜、ブーシは密かに玉座の間を訪れ、ハンを復活させる。一時的に視力を失ったハンは怯えるが、ブーシの正体がレイア・オーガナであることを知ると、安堵に包まれるのだった。だが、ジャバはその一部始終を目撃していた。ハンは返済の遅れを必死に弁明するが、もはやジャバにとっては借金のことなどどうでもよく、彼はハンを投獄し、レイアには奴隷として鎖で繋ぐ栄誉を与えたのだった。
宮殿への次の訪問者はジェダイの正装に身を包んだルーク・スカイウォーカーだった。ジャバは謁見を拒否するが、若きジェダイはマインド・コントロールを巧みに使い、玉座の間に姿を見せる。彼はジャバの前で強気に仲間の引渡しを要求するが、邪悪なハットはそれを拒否し、ルークの死を楽しむため、彼をトラップ・ピットに落とすのだった。地下で待ち受けていたのは血に飢えた巨大なランコアである。獰猛な怪物が若きジェダイへと迫るが、ルークは冷静さを失わず、落とし扉を利用して哀れなランコアの息の根を止める。これに激怒したジャバはハンとチューイーを呼びつけ、彼らと共にルークをカークーンの大穴で処刑すると宣告するのだった。3人は久しぶりの再会を喜ぶ暇もなく、セール・バージに従うスキッフで砂丘海へと運ばれるのだった。カークーンの大穴には、餌食となった者が1,000年の苦痛を味わうというサーラックが生息しており、セール・バージの中ではジャバとその取り巻きたちが歓声を上げながら、処刑の開始を待っていた。だが、ルークは堂々とジャバに最後通牒を突きつけ、それが拒否されると予定通り反撃に打って出る。彼はR2に仕込んであったライトセイバーを手に取り、衛兵たちを次々と葬り去っていった。最強の賞金稼ぎといわれたボバ・フェットもあっけなくサーラックに飲み込まれ、大混乱に陥った船内で、ジャバもレイアに絞殺されてしまう。最後にはセール・バージも爆破され、ジャバの組織はもろくも崩れ去るのだった。英雄たちは1人の犠牲者もなく目的を達成し、ルークは再び故郷を後にしたのである。
反乱軍の仲間たちは味方の艦隊の集合地点を目指すが、ルークはヨーダとの約束を果たすため、R2を連れてダゴバへと向かう。そのころ、第2デス・スターにはついにパルパティーン皇帝を乗せたシャトルが到着していた。出迎えたヴェイダーが作業の進捗を報告するが、皇帝は既に弟子の本心を見抜いていた。ヴェイダーは息子ルークの捜索許可を求めていたのだ。だが、皇帝はルークが自ら父親を目指して現れることを予見しており、そのときこそ自分たちの手で彼をダークサイドへ転向させようと考えていたのである。
ルークはダゴバで900歳を迎えたヨーダと再会する。若き弟子は修行の続きを求めるが、老師は病で衰弱しており、もはや教えることはないと告げるのだった。しかし、ヨーダは最後の試練として彼にヴェイダーとの対決を促す。そして、偉大なジェダイ・マスターはルークの質問に対し、ヴェイダーが彼の父親であることを認めるのだった。その直後、ヨーダはルークに、皇帝の力を侮るな、そして学んだことをもう1人のスカイウォーカーに伝えよと言い残し、フォースと一体となる。戸惑うルークの前に現れたのはオビ＝ワンだった。彼はかつてルークの父がヴェイダーに殺されたと説明したが、親友だったアナキン・スカイウォーカーがヴェイダーという邪悪な人格によって葬り去られたのは、彼にとって紛れもない事実だったのだ。そして、オビ＝ワンはもう1人のスカイウォーカー、すなわちルークの双子の妹の存在を明かし、ルークはそれがレイアであることを直感する。彼女はヴェイダーと皇帝の目を避けるため、密かに素性を隠して育てられていたのだ。ルークは妹を守るため、父を改心させると誓うのだった。
サラスト星系に集結した同盟軍艦隊では、第2デス・スター攻撃に向けての作戦会議が開かれていた。アクバー提督とメイディーン将軍によって立案された作戦の概要は、ソロ将軍率いる工作部隊がエンドアにある第2デス・スターのシールド発生装置を破壊し、その後、カルリジアン将軍の戦闘機部隊がデス・スター内部に侵入して、この究極兵器を破壊するというものだった。ハンは＜ミレニアム・ファルコン＞をランドに託すと、ルーク、レイア、チューバッカ、そして2体のドロイドらを従えてエンドア星系へと向かう。司令船＜エグゼキューター＞の艦橋から、ヴェイダーはフォースを通じて息子の存在を感じ取るが、彼はそのままシャトルを衛星へと向かわせるのだった。その後、彼は第2デス・スターへと戻り、皇帝にルークの到着を報告する。皇帝はエンドアでルークの投降を待てと命じるのだった。
ハンのチームはシールド発生装置を目指すが、途中、帝国軍のパトロール隊に発見され、小規模な戦闘へと発展する。ルークとレイアが本隊から離れ離れとなってしまい、やがてルークは仲間と合流を果たすが、レイアは依然として行方不明のままだった。彼女は戦闘中に気を失っており、エンドアに住むイーウォックのウィケットと遭遇していたのである。彼女は村へと招かれ、一方で、ルークたちもチューバッカの不注意からイーウォックの仕掛けた罠に掛かり、捕らえられてしまう。そして、イーウォックたちは金色に輝くC-3POを見るや、彼を神と認識し、ルークやハンを調理してもてなそうとする。捕虜となったルークたちは樹上の村でレイアと再会するが、イーウォックたちは彼女はおろか、3POの説得にも応じようとしなかった。そこでルークはフォースを使って3POを宙に浮かべ、天罰と称して彼にイーウォックたちを説得させるのだった。その後、3POがこの原始的種族に銀河系の現状を説明すると、反乱軍の英雄たちは彼らの仲間として迎え入れられたのである。
その夜、ルークはレイアと2人になり、唐突に母親のことを質問する。彼女はおぼろげな記憶を持っていたが、ルークには母に関する記憶が一切なかった。そして、彼はレイアに真実を打ち明ける。彼女が自分の双子の妹であること、そしてヴェイダーが自分たちの実の父親であることを。兄は妹に父を改心させると約束し、村を出て行った。ハンが心配になって様子を見に来るが、レイアは何も告げることができず、ただ抱きしめてほしいと頼むのだった。
その後、バンカーと名づけられたシールド発生基地で、帝国軍に投降したルークはヴェイダーとおよそ1年ぶりの再会を果たす。ヴェイダーが息子の成長を認めると共に、ルークはヴェイダーが父親であることを認めていた。ルークは父にかつての自分を思い出させ、改心を迫るが、彼は皇帝への忠誠を強調し、ルークをマスターのもとへと連れて行くのだった。玉座の間でついにルークと対面したパルパティーンは、第2デス・スターの情報を同盟軍に与えたのは自分の仕掛けた罠であると告げ、ルークの怒りを誘う。2人の暗黒卿はルークに憎しみの感情を芽生えさせ、フォースのダークサイドへと誘惑しようとするのだった。
エンドアではハンのチームがイーウォックの案内で、守りの手薄なバンカーの裏口に到着していた。彼らは内部に侵入して爆弾をセットするが、待ち構えていた大部隊によって捕らえられてしまう。そのころ、ハンにシールド解除の望みを託したまま、同盟軍艦隊もエンドアへ向けてハイパースペースに突入していた。ハンたちは絶望の淵に立たされていたが、そのとき森の中から無数のイーウォックの戦士たちが出現し、一斉に帝国軍へと襲い掛かる。バンカー周辺は大混乱に陥り、帝国軍のAT-STとイーウォックの原始的な戦法がぶつかり合う熾烈な戦場と化したのだった。やがて上空に同盟軍艦隊が到着するが、シールドはまだ消えておらず、代わりに彼らを待っていたのはスター・デストロイヤーの大艦隊だった。アクバー提督は罠に気づくが時既に遅く、エンドアの地上と上空で、銀河の命運を賭けた大激戦が繰り広げられることになる。
皇帝はこの状況を眺めながらルークに仲間の敗北を説き、若きジェダイの怒りを煽っていた。彼はルークの怒りをさらに引き出すため、ジャジャーロッドにスーパーレーザーの使用を命じる。建造中のデス・スターから放たれた光線が一瞬にして同盟軍の艦船を蒸発させるが、彼らにもはや退路はなく、ハンが一刻も早く任務を遂げることを祈るしかなかった。だが、地上の戦いは混戦を深めており、ハンとレイアもバンカーの扉に阻まれ、成す術がなかった。その間にも上空では同盟軍が次々と大型艦を失っており、ランドは全軍を帝国艦隊の中に突入させて、デス・スターからの砲撃を阻止するのだった。皇帝は同盟軍の劣勢を尻目にルークを挑発し、彼をついに攻撃へと誘う。ルークが皇帝に光刃を振り下ろすと、ヴェイダーがそれを受け止めた。2人の衝突はそのまま戦いへと転じ、親子は皇帝の御前で最後の死闘を繰り広げるのだった。
チューバッカと2人のイーウォックがAT-STを1機奪い取ったことで、森林の戦いが急展開を迎える。彼らは他のAT-STに奇襲をしかけ、またイーウォックたちの原始的な戦法も徐々に帝国軍のテクノロジーを打ち砕いていった。反乱軍は一気に優勢に立ち、ハンはついにバンカーを降伏させると、シールド発生装置の爆破に成功する。それを察知したアクバー提督も戦闘機部隊にデス・スターへの突入を命じるのだった。一方、内部ではルークとヴェイダーの戦いが続いていたが、ルークはあくまでも父を改心させたいと考えており、戦いを放棄して物陰に隠れてしまう。だが、ヴェイダーはフォースを通じてルークの心から娘の存在を知り、ルークがダークサイドを受け入れなければ妹を誘うと告げるのだった。この言葉に激怒したルークは憎しみを込めてヴェイダーを叩き、彼の腕を切断する。ヴェイダーが息子に屈服すると、皇帝はルークがダークサイドに身を任せたと判断し、彼に臣下となるよう求めるのだった。だが、ルークはそれを拒否し、ジェダイとして父の跡を継ぐと宣言したのである。
パルパティーンはダークサイドの電撃を放ち、ルークを抹殺にかかる。服従を拒むなら、脅威となる前に殺すしかない。成す術なくもがき苦しむルークに、皇帝は容赦なく暗黒の力を浴びせるのだった。だが、父に助けを求めるルークの叫びがついにヴェイダーの善の心を動かした。アナキン・スカイウォーカーとしてライトサイドに帰還した彼は、邪悪なダーク・マスターを抱え上げ、反応炉へと続くシャフトに放り込んだのである。ルークは力を失った父に肩を貸し、デス・スターからの脱出へと急ぐのだった。
皇帝を失った帝国艦隊が一時的な混乱状態に陥ると、同盟軍艦隊は第2デス・スターが破壊されるまでの時間稼ぎとして、＜エグゼキューター＞への集中攻撃を開始する。そしてグリーン・リーダーの乗るAウィングの特攻をもって、敵の旗艦を轟沈させたのだった。また、アナキンは最期を悟ると、マスクを外し、自分の目で成長した息子の姿を確かめる。彼は息子と娘に侘びを残し、そっと息を引き取るのだった。その直後には、ランドの＜ファルコン＞とウェッジのXウィングがデス・スターの中心部に達し、ランドの放った震盪ミサイルの一撃によって、主反応炉に連鎖爆発が引き起こされた。彼らは全速力で外を目指し、＜ファルコン＞が脱出した瞬間に、第2デス・スターは大破する。ルークもその寸前に父の亡骸を連れて脱出しており、エンドアの地表で無事に仲間と再会を果たすことができたのだった。
ハンとレイアも同盟軍の勝利を地表から見守っていた。このとき彼女はハンにルークとの関係を明かし、2人は再び愛を誓い合う。そしてその夜、反乱軍の戦士たちはイーウォックたちと共に戦いの勝利を祝っていた。銀河系の各地でも、帝国の崩壊を祝って市民が歓喜に溢れている。ルークは祝宴の傍らで、自分を見守るヨーダとオビ＝ワン、そして若かりし日の父の姿を見るのだった。