通商連合のドロイド司令船に到着したクワイ=ガン・ジンとオビ=ワン・ケノービは、船内の小さな会議室へと通される。そこにはゲージに止まっている小鳥のような生物がいた。
映像から完全に削除されたこの小鳥は、このシーンでは何の意味も持たない。後にこの部屋に毒ガスが放出されたとき、最初に異変に気づくのがこの小鳥になるはずだったのだ。
ドロイド軍のMTTがジャングルを横断し始めたとき、ジャー・ジャーは沼地で朝食のハマグリを食べていた。貝が開くと、ジャー・ジャーは長い舌でそれを掴み、一口で飲み込んでしまう。彼が走り過ぎるクワイ=ガンの姿を見たのはその直後だった。巨大なMTTが迫ってきたとき、ジャー・ジャーはハマグリの殻を持ったまま、その場に立ちすくんでいた。
当時のコンセプトには、ライトセイバーを水中で起動するとショートし、エネルギーがすべてなくなってしまうというものがあった。実際に、クワイ=ガンに何度も注意されていたオビ=ワンが、ナブーの沼地で同じ過ちを繰り返し、叱責を受けるというシーンが撮影されている。これはオビ=ワンがまだ未熟なパダワンであることを具体的に示す意味のあるシーンだったが、最終的には削除されてしまった。
後に『クローンの攻撃』では雨中のセイバー戦が実現し、アニメ『クローン大戦』では水中でのセイバー戦も行われている。ルーカスは後の物語の展開に幅を持たせるため、ライトセイバーが水に弱いという設定自体を破棄しておいたのだ。
クワイ=ガン「再充電にはそれほど時間は掛からないが、これを教訓として学んでほしいものだな、若きパダワンよ」
クワイ=ガン、オビ=ワン、ジャー・ジャーはナブーのコアを通ってシードに到着したが、潜水艇ボンゴが浮上した場所は巨大な滝の手前だった。3人はボンゴが滝に落ちて粉々になる前に、なんとか岸へとたどり着くことができたのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
ナブーからの脱出の際、通商連合艦隊からの攻撃によって、ロイヤル・スター・シップのハイパードライブが破損してしまう。フロア・パネルからハイパードライブを取り出したオビ=ワンは、交換が必要であると判断した。クワイ=ガンは代わりとなるパーツを探しに街へ行くが、自分の正体を隠すため、ジャー・ジャーを連れて行くことにしたのだった。彼はR2と共に、船内で隠れたジャー・ジャーを探すことになる。
ジャー・ジャー「オビ=ワンさん、お願い、おいらは行かないよ!」
オビ=ワン「すまんがクワイ=ガンの言うとおりだ。お前はいいカモフラージュになる」
レース当日の朝、R2-D2がレーサーを青く塗装し、その傍らでアナキンが居眠りをしている。彼はパドメに起こされ、夢の中で彼女が大軍を率いて戦っていたと告げるのだった。すると、そこへキッスターがイオピーを連れてやって来た。彼らはイオピーでレーサーを牽引し、レース会場へと向かうことになる。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
ブーンタ・イヴ・クラシックのレースには総勢18名のレーサーが参加したが、本編で紹介されたのはほんの一部だった。
DVD版では一部が復活(実際には新規に追加)され、特典映像にはさらに長尺のシーケンスが収録されている。
レース最初の犠牲者はマーホニックだった。彼のポッドレーサーはセブルバのレーサーからの体当たりを受け、岩壁に激突、大破してしまう。レースの障害となる破片は、サルヴェージ・ドロイドによって即座に回収されるのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
劇場版ではアナキンが超人的な活躍を見せるレースの2周目がほとんどカットされてしまった。一部はDVD版の本編で復活し、残りの部分も特典映像として収録されている。
クワイ=ガンは、ワトーとの取引を終えてアナキンの家に向かう途中、アナキンがローディアンの少年とケンカをしているところを目撃する。グリードと名乗るこのエイリアンは、アナキンの優勝をインチキだと罵ったのだ。アナキンには怒る理由があったが、怒りがダークサイドに通じることを知っているジェダイ・マスターは、戦いでは何も解決しないと説き、ケンカを仲裁するのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
タトゥイーンを離れることになったアナキンは、ジラに別れを告げる。彼は賞金の一部を彼女に手渡し、冷却器を買うようにと薦めるのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
アナキンを連れてロイヤル・スター・シップへと向かうクワイ=ガンは、背後に不吉な気配を感じ取った。彼は振り向きざまに光刃を振るうと、黒いプローブ・ドロイドを真っ二つにする。彼らは何者かに監視されていたのだ。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
アナキンを連れてタトゥイーンを発とうとするクワイ=ガンに、シスの暗黒卿ダース・モールが襲い掛かる。獰猛な闇の戦士は素早い連続攻撃でクワイ=ガンを攻め、ロイヤル・スター・クルーザーのランプまで追いかけてきた。だが、老練なジェダイ・マスターはモールを払いのけ、辛くも窮地からの脱出に成功したのである。
コルサントの離着陸プラットフォームでは、アミダラ女王の一行をパルパティーン議員とヴァローラム議長が出迎えていた。アミダラとパルパティーンは元老院に出席する準備のため議員のオフィスへと向かい、クワイ=ガンは議長に、ジェダイ評議会の召集を依頼する。アナキンはどちらに着いていくべきか迷うが、クワイ=ガンは手振りで女王と一緒に行けと指示するのだった。
このシーンはDVD版の本編に挿入された。
アミダラの一行は、アナキンとジャー・ジャーを伴い、エア・タクシーでパルパティーン議員のオフィスへと向かう。
このシーンはDVD版の本編に挿入された。
巨大な元老院議事堂に、アミダラ、パルパティーン、パナカ、その他の侍女たちが入る。これより関税問題に対する特別議会が開始されるのだ。
アミダラ「あなたは本当にヴァローラム議長が我々の提案を採決に持ち込めないと考えているのですか?」
パルパティーン「彼は混乱し・・・恐れています。助けにはならないでしょう」
再びナブーへ戻るとき、離着陸プラットフォームの端から、R2-D2が身を乗り出して、目下を流れる無数のスピーダーの往来を眺めていた。すると突然、前かがみになった彼は、外へと落下してしまう。だが、R2はジェット噴射を使って浮遊し、元の場所に戻ることができたのだった。
このシーンがカットされたことで、飛行するR2の登場は『クローンの攻撃』まで持ち越しとなった。
通商連合との戦いにグンガンたちの助力を得たいと考えるアミダラは、ジャー・ジャーにグンガンとの仲介役を依頼した。ジャー・ジャーはボス・ナスと話をするため、恐る恐るオート・グンガへと戻る。しかし、オート・グンガは既に無人となっており、ところどころにブラスターの銃痕など、生々しい戦闘の傷が残されていた。グンガンたちは既に聖所へと避難していたのだ。
ナブーの沼沢地に着陸したアミダラたちは、無人飛行プログラムを入力した<マリー・セレステ>をシード宮殿に着陸させるという陽動作戦を実行に移す。この騒動の間にグンガン軍を草原地帯に集結させ、自分たちも宮殿に潜入しなければならないのだ。
突如として敵の船が現れたことを知ったガンレイとモールは、さっそくその調査へと向かうのだった。
戦いに勝利し、パイロットたちがシード宮殿に凱旋した。彼らはドロイド司令船を破壊したパイロットがアナキン・スカイウォーカー少年であることを知って驚くのだった。