離着床プラットフォームでの爆破テロによって死亡したと思われていたアミダラが、軍隊設立法案を審議中の議会に突如として姿を現し、場を騒然とさせる。彼女を襲った事件を槍玉に上げ、保安を理由に軍隊を創設すべきだという発言が相次ぐが、彼女はパルパティーン議長を支持し、軍隊の設立および戦争への反対を貫くのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
ジェダイ評議会は、アミダラ暗殺未遂の背後にダークサイドの潮流を感じていた。ジェダイ聖堂の回廊で、ヨーダとメイス・ウィンドゥは闇に潜むシスの気配、そしてフォースの予言について語るのだった。
メイス「やはり予言は正しかった。ダークサイドが勢いを増している」
ヨーダ「ダークサイドに転向した者だけじゃ、未来の可能性を感じられるのはな。そして、ダークサイドの流れていく様だけじゃ、我らに見えるものはな」
メイス「既に10年が経ちましたが、シスは未だに姿を見せていません。この事件の背後に潜んでいるのでしょうか?」
ヨーダ「そこにおる。それだけじゃ、確かなことはな」
謎の殺し屋が放った武器の出所を調査するため、オビ=ワンはジェダイ聖堂の分析室へと足を運ぶ。だが、分析ドロイドたちからも、そのダートのような武器に関する情報を得ることはできなかった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
ナブーへ向かう客船の中で居眠りしていたアナキンは、いつものように母が苦しむ悪夢にうなされていた。目を覚ました彼はパドメにそのことを隠し、はやく美しいナブーを再訪したいと告げる。だが、パドメはアナキンがタトゥイーンに残してきた母について、心配していることを見抜いていた。
パドメ「さっき、あなたはお母さんの夢を見ていたのね?」
アナキン「うん・・・タトゥイーンを離れてからかなり経つ。だから、母さんの記憶が薄れているんだ。それを失いたくない。最近、彼女が夢に出てくるんだ。鮮明で、恐ろしい夢だ。母さんが心配だ」
ジェダイ公文書館には自らの意思でジェダイ・オーダーを去っていった「失われし20人」の胸像が飾られている。オビ=ワンと公文書館の管理人ジョカスタ・ヌーは、その20人の中の1人である、偉大なジェダイ・マスターだったドゥークー伯爵について語り合うのだった。
オビ=ワン「彼がなぜ去っていったのか、私にはまったく理解できません。オーダーを離れた者は過去に20人しかいないんですよ」
ジョカスタ「失われし20人・・・ドゥークー伯爵は最後の1人で一番の痛手でした。最近では誰もその話題に触れようともしません。彼の脱退はオーダーにとって大きな損失でしたから」
ジャミラ女王への謁見を済ませたパドメとアナキンは、湖畔の別荘へ向かう前に、パドメの実家を訪れる。そこには彼女の両親と姉、2人の姪が待ち受けていた。パドメの家族は彼女が恋人を連れてきたのは初めてだと喜ぶが、パドメはアナキンをただのボディガードだと言い張り、平静を装うのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
パドメの部屋には思い出のホロ画像が飾られている。彼女は難民救済活動を行っていたときや、議員見習いの頃の画像をアナキンに見せ、苦労話を聞かせるのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
カミーノへ向けて出発するオビ=ワンを見送るため、メイスが格納庫へ同行する。オビ=ワンはアナキンに単独任務は早すぎたのではないかと懸念していた。彼は自分の弟子がアミダラ議員に特別な感情を抱いていることを知っていたのだ。しかし、アナキンが「選ばれし者」である可能性を否定できないメイスは、弟子を信頼するようオビ=ワンに助言するのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
ジャンゴを拘束するためオビ=ワンは再び彼の部屋を訪れるが、そこには既に親子の姿はなく、彼らは窓の外で宇宙船に乗り込もうとしているところだった。フェット親子のカミーノからの脱出を阻止するため、オビ=ワンは外のプラットフォームへと急ぐのだった。
ジオノーシスに到着したオビ=ワンに、巨大なマシッフが襲い掛かってきたが、彼は即座にライトセイバーでそれらを撃退する。
このシーンがカットされたことにより、マシッフはタトゥイーンのシーンのみでの登場となった。
10年経っても配線が剥き出しのままだったC-3POを不憫に思い、パドメはガレージの廃品の中からドロイドのカバーを探し出すと、3POにそれを取り付けてあげた。
パドメ「ほら、見て!」
3PO「さて、どうでしょうか?」
オーウェン「すごいや!完璧だよ」
アナキンたちと再会したときの3POは、当初、裸のままで撮影されていた。だが、この着せ替えのシーンがカットされたため、最初からカバーを取り付けられていたという設定に変更され、撮影済みのシーンにもCGによるカバーが取り付けられたのだ。
ベルーがキッチンで食事の準備をしていると、パドメが入ってきた。ベルーは彼女にナブーのことを質問する。
パドメ「緑にあふれているわ。水と木々に満ちているの。こことは正反対ね」
ベルー「私はここのほうが好きだと思うわ」
パドメ「いつか見に来る機会もあるかもね」
ベルー「ないと思うわ。旅は好きじゃないの」
ドゥークー伯爵とポグルが主催した独立星系連合の初会合には、腐敗した議員として知られるトンバック・トゥアラの姿もあった。しかし、彼女の姿はCGによって大幅に修正され、ログワ・ウォドラータに変わってしまった。
敵の手に落ちたオビ=ワンを救出するため、アナキンとパドメはジオノーシスへと向かう。彼の義兄弟であるオーウェンは、C-3POを本来の主人であるアナキンに託し、一家で彼らの出発を見送るのだった。
ジオノーシスのドロイド工場で捕らえられたパドメとアナキンは、ドゥークーの前へ連行され、非公式な会談を行うことになる。ドゥークーは、オビ=ワンはスパイ容疑によって処刑されるだろうと告げ、彼を救うための条件として、パドメにナブーの独立星系連合への参加を要求する。だが、パドメは共和国への背信行為を頑として拒否し、自らもスパイ容疑によって裁判にかけられることになるのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
共和国からのスパイとして告発されたアナキンとパドメに、裁判長のポグル大公から即座に死刑が宣告される。パドメに恨みを抱く通商連合のヌート・ガンレイも、この判決に大喜びだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
闘技場に押し寄せたジェダイたちは、圧倒的な数のドロイド軍の前に劣勢に立たされてしまう。そこで、プロ・クーンとキ=アディ=ムンディは敵の動きを止めるべく、ドロイド司令船への攻撃を試みた。司令船に侵入した彼らは難なく艦橋を制圧し、コントロール・スイッチを切ることで、ドロイドたちの作動を停止させることに成功する。だがその直後、ドロイドたちは再び動き出した。10年前のナブーの戦いを教訓とし、通商連合はバックアップ・システムを用意していたのだ。突然の反撃を受けたキ=アディとクーンは、敵に捕らえられてしまうのだった。
ヨーダに一方的に攻められたドゥークーは、アナキンの青いライトセイバーを拾い上げ、二刀流でかつてのマスターに挑む。