クラウド・シティで右腕と共に父の形見のライトセイバーを失ったルークは、次の戦いに向けて、新しい自分のライトセイバーを作成しなければならなかった。彼は亡きオビ＝ワンの家から資料と材料を見つけ出し、R2-D2と共にタトゥイーンの洞窟で作業を開始する。そしてついに、緑色の光刃を持つライトセイバーが完成するのだった。
このプロットは撮影にまで至らずカットされたが、後年になって発表されたラジオ・ドラマ版『ジェダイの帰還』には冒頭のエピソードとして収録されている。また、同様のエピソードはEU小説『帝国の影』でも描かれている。
タトゥイーンの砂漠の外れに＜ファルコン＞とXウィングが停まっている。＜ファルコン＞はランド、レイア、チューバッカ、C-3POが乗ってきたものであり、XウィングはルークとR2-D2が乗ってきたものである。3POとR2はルークからのメッセージを携え、ここからジャバ・ザ・ハットの宮殿へと向かうことになる。
ジャバの宮殿入り口には、全身から光を発するエイリアンがいたが、電球を使った効果がいまひとつだったためカットされてしまった。
ジャバ・ザ・ハットはルークとの取引には応じず、彼を処刑するため獰猛なランコアの待つ地下牢へと落とした。ルークはすかさずジェダイの跳躍力で上へ逃がれ、ジャバの手下たちが処刑を観戦するために作られた鉄格子にぶら下がるのだった。しかし、意地の悪いジャワに手を叩かれ、ルークは再び落下してしまう。
カークーンの大穴へ向かうセール・バージの中では、酒に酔ったエイリアンたちが思い思いの話題で盛り上がっていた。エファント・モンとリー＝イーズはクォーク戦争の話題に熱中し、ついには激しい口論となる。リー＝イーズはついに怒りを爆発させ、エファントの巨体を殴り飛ばすのだった。
脚本や小説版には確かに「エファント・モン」と書かれているが、実際に撮影されたのはセイルト＝マレイ（ヤク・フェイス）である。
ポストプロダクションの段階まで、ルークの自作ライトセイバーは青い光刃であるという構想もあった。
反乱軍の英雄たちはジャバ・ザ・ハットの一味を壊滅させ、無事に盟友のハン・ソロを救出することができた。ハンの目はまだ完全に回復してはおらず、チューバッカも足を怪我している。しかし、彼らは全員揃っているのだ。ルークたちは仲間と共にいる喜びを分かち合い、タトゥイーンからの帰路につくが、その途中、激しい砂嵐に見舞われてしまう。そして、ようやく＜ファルコン＞と、ルークのXウィング、レイアのYウィングの待つ発着場に到着したのだった。
このときルークは、他の仲間とは別行動をとると告げる。同盟軍艦隊はすでに集結しており、帝国軍への最後の大反抗計画に備えていたが、ルークにはジェダイとしての修行を完成させる必要があったのだ。そのために、彼は古い友人（ヨーダ）の待つダゴバへ向かうことになる。
ランド「お前をあのままカーボナイト冷凍にしておいたら、俺の残りの人生が不運に見舞われるような気がしたんでね。だから、遅かれ早かれ解凍してやった方がいいと思ったんだ」
この場面は主人公たちが互いの友情を確認しあう重要な場面だったが、時間の関係からカットされてしまった。そのため、ルークの「古い友人に会いに行く」というセリフがなくなってしまい、後日、Xウィングの操縦席のシーンが追加撮影されたのだ。
ついにパルパティーン皇帝が工事の監督のため第2デス・スターに到着した。ヴェイダーは主人の到着を出迎えるため、部下たちを従えて皇帝専用のドッキング・ベイへと向かう。
皇帝の王座の間のある展望タワーへ向かう途中、ヴェイダーは皇帝の古くからの取り巻きである帝国顧問たちの前を通り過ぎた。腐敗した高級官僚である彼らは、実力者のヴェイダーに声を掛けてもらいたくて仕方がないのだ。だが、ヴェイダーは薄汚れた彼らには一瞥もくれずに、無言で皇帝のもとへと向かうのだった。
息子ルークがエンドアに潜入したことに気づいたヴェイダーは、旗艦で待機せよという皇帝の命令を無視し、彼に報告へ向かう。だが、皇帝は瞑想に入っており、ロイヤル・ガードたちは誰も謁見室へは入れないようにと厳命されていた。そのため、ヴェイダーに同行したモフ・ジャジャーロッドは、ロイヤル・ガードたちに入室を阻まれてしまう。彼はそれをヴェイダーに報告するが、逆に暗黒卿の逆鱗に触れ、フォースで首を絞められてしまうのだった。彼は何とかそれが皇帝直々の命令であると釈明し、許しを得たのである。
その後、ヴェイダーはロイヤル・ガードたちにマインド・トリックを使い、皇帝の玉座の間へと入っていった。
ハンはバンカーを守るトルーパーたちを倒し、シールド発生装置の内部へと侵入する。このとき、味方の兵士を1人、トルーパーに変装させ、裏口に待機させていた。しかしその後、彼らは帝国軍の罠にはまり、一時的に全員が捕虜となってしまう。
第2デス・スターへの総攻撃のため、同盟軍艦隊がエンドア星系に到着した。戦闘機部隊を指揮するカルリジアン将軍は、さっそくデス・スター内部への突入を命じるが、味方の通信が妨害されていることに気づいたのはその直後のことだった。同盟軍は奇襲のつもりだったが、帝国軍は彼らがやってくることを知っていたのだ。デス・スターのシールドがまだ生きていることを悟ったランドは、慌てて全機に反転を指示する。しかし、3機のXウィングが回避に間に合わず、シールドと衝突して宇宙の塵と化したのだった。
ハンの率いる特殊部隊にエンドアでの作戦を与えた後、すっかり姿を見せなくなってしまったメイディーン将軍も、実は艦隊戦に参加していた。だが、時間の関係で彼の登場シーンはすべてカットされていたのだ。
メイディーンの活躍が本編から消えてしまったため、劇中でモン・カラマリ・クルーザーの艦橋にいる種族は、アクバー提督などのモン・カラマリだけとなってしまった。そのため、この船はモン・カラマリにしか操縦できない特殊な設計になっているという設定が誕生することになる。
イーウォックたちは地の利を活かし、大自然を武器として帝国軍のAT-STを粉砕していく。ウォーカーの破壊シーンは何通りか撮影されたが、冗長になるためカットされたものもある。この兜割りもカットされたシーンの1つだ。
第2デス・スターのメイン・リアクターを破壊した＜ファルコン＞は、生きて勝利の喜びを味わうため、滅びゆく宇宙ステーションから全速力で脱出を図る。だが、後続のTIEインターセプターが炎に包まれ爆発したとき、＜ファルコン＞の操縦席に座るランドは、それが不可能な望みであることを悟ったのだった。仲間たちへと続く出口まであとわずかというところで、＜ファルコン＞は自ら放った炎に飲み込まれてしまう。戦いを終わらせた英雄は、尊い犠牲となったのだ。このときエンドアの地上で彼を待っていたハンは、愛機と友人の最期を直感的に感じ取っていた。
エンドアへ出発する前にハンが「二度とあれに会えないような気がする」と言うセリフが残されているように、＜ファルコン＞の脱出失敗というプロットはかなり終盤まで残っていたアイデアである。実際に本編に採用された脱出成功のバージョンと、このバージョンの2種類が撮影されていたのだ。しかし、英雄は失われないというルーカスの信念のもと、ランドは無事に生還できたのだった。
エンドアの夜に催された祝賀会のシーンでは、実に様々な組み合わせのカットが撮影されていた。特別篇ではルークとウェッジの喜びのシーンが復活したが、他にも感動的なカットが多数存在している。
アナキン・スカイウォーカーはついにパルパティーン皇帝を倒し、ダークサイドとライトサイドを統合することで、フォースにバランスをもたらした。フォースの予言を成就した「選ばれし者」は、生まれたときと同様、フォースの意思によって、死後、リビング・フォースと1つとなる。彼はオビ＝ワン、ヨーダと共に霊体となってエンドアの森に姿を現し、息子ルークに微笑みかけるのだった。
セバスチャン・ショウが演じていた霊体のアナキンは、DVD版で若きヘイデン・クリステンセンに顔だけが差し替えられた。これは、フォースの霊体になれるのはジェダイだけであり、したがってアナキンもジェダイだった頃の姿で復活するというルーカスの解釈によるものである。