＜インヴィジブル・ハンド＞内に捕らえられたパルパティーン議長を救出するため、オビ＝ワンとアナキンはシャク・ティのビーコンを追跡するが、彼女もまたグリーヴァス将軍に捕らえられていた。残虐なグリーヴァスは見せしめとして2人の目の前でシャク・ティを背後からライトセイバーで刺し殺す。
このシーンがカットされたため、アニメ『クローン大戦 Vol.2』の終盤でも、シャク・ティはコルサントに残されることになった。また、映画中盤のキャッシークの場面で登場する評議会のホロには、彼女の後姿が確認できる。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
グリーヴァスのドロイド軍に追い詰められたアナキンとオビ＝ワンは、ライトセイバーで床に穴を開け、その場を逃れることに成功する。だが、逃げ込んだ場所は＜インヴィジブル・ハンド＞の燃料タンクの中だった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
議長救出からコクピットにおけるグリーヴァスとの対面シーンまでの間には、冗長なためカットされたアクション・シーンがいくつか存在している。
ジェダイ評議会への関与を強めていくパルパティーン議長に対し、ジェダイたちは疑惑の目を向けるようになる。彼らは議長の周囲に渦巻くダークサイドの気配を感じ取っていた。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
アナキンはグリーヴァス討伐の任務にオビ＝ワンが選ばれたことを告げるため、パルパティーンのシャトルに同乗した。だが、パルパティーンは彼に、オビ＝ワンとパドメとの間に不穏な噂があると語り、アナキンの懐疑心を煽るのだった。
パルパティーン「マスター・ケノービのことが元老院でちょっとした噂になっているのだよ。多くの議員は彼がこの任務に適していないと考えているようだ」
アナキン「適していない？なぜです？」
パルパティーン「彼はある女性議員に夢中になって心を曇らせているらしいのだ」
アナキン「そんな馬鹿な！相手は誰です？」
パルパティーン「誰も知らないのだよ。分かっているのは・・・ただ女性議員だということだけだ」
ウータパウへ向かう日の朝、オビ＝ワンはパドメのアパートを訪れる。彼は議長と評議会との間で板ばさみとなっているアナキンを心配しており、パドメとの関係にその原因があることを懸念していたのだ。オビ＝ワンはパドメに、アナキンの助けになって欲しいと懇願する。
パドメ「何を言ってるのか分からないわ」
オビ＝ワン「私は君たちのことをよく知っている。君たち2人が愛し合っていることも知っている。パドメ、私は彼のことが心配なんだ」
パルパティーン議長の権力が果てしなく増大していくことに不安を抱く議員たちが、ベイル・オーガナのオフィスで秘密の会合を開いていた。議長と長年の同僚であるパドメは彼を庇うが、ベイルとモン・モスマは既に議長に反対する組織、後の反乱同盟軍の母体を結成しつつあったのだ。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
パルパティーンに反対するグループは、あくまでも民主的な方法でこの問題を解決するため、2,000名の議員が署名する嘆願書を作成した。パドメはジェダイに相談するべきだと主張するが、他の議員たちはジェダイの立場が不明だとし、彼女の考えに反対を示すのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
パドメたちが議長のオフィスを訪れ、パルパティーン議長に嘆願書を提出する。彼らは議長に対して一様に疑惑の目を向けるが、議長はただ自分を信用しろと言うのみだった。そして議員たちが退室すると、パルパティーンはアナキンに対し、彼らは信用できないと告げる。議長はパドメが何かを隠していると説明し、議長とパドメとの間で葛藤にゆれるアナキンを心理的に追い詰めるのだった。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。
オーダー66が発令され、ダース・ヴェイダーと化したアナキンはジェダイ聖堂を襲撃する。彼はかつての仲間たちを次々と葬り、その刃は聖堂で一人瞑想を行っていたシャク・ティにも向けられるのだった。
序盤の殺害シーンのカットを受け、シャク・ティには再び終盤で殺害されるシーンが用意されたが、最終的にはこのシーンもカットされてしまった。なお、小説版にはこのシーンの描写が収録されているが、後日、シャク・ティの死はゲーム「フォース・アンリーシュド」の中で描かれ、彼女はオーダー66を生き延びたという設定になった。
ちなみに、このシーンは追加撮影されたものであるため、シャク・ティはオリー・ショーシャンではなく、スタッフのフェイ・デイヴィッドが演じている。
オーダー66によって裏切ったクローンたちから逃れるため、ヨーダは奇妙な生物に変装し、ウーキーたちと共に脱出ポッドへと急いだ。途中、クローンに尋問を受けるが、彼はマインド・トリックで難を逃れる。
オビ＝ワンとヨーダの救出に成功したベイル・オーガナは、特別議会に出席するため＜タンティヴィIV＞を元老院の離着陸プラットフォームに停泊させ、議事堂へと向かう。そこでは衛兵たちが身分照会を求めていた。衛兵はジェダイの身柄を引き渡すよう要求するが、オビ＝ワンはマインド・コントロールでその場を切り抜ける。
オビ＝ワン「我々はオーガナ議員に同行するべきだ」
衛兵「あなた方は議員に同行すべきです」
ジェダイ聖堂を壊滅させたダース・ヴェイダーは、分離主義の幹部たちを皆殺しにするためムスタファーへと向かう。
この場面ではあまりにも冗長かつ残酷なシーンが続くため、大半の殺戮シーンがカットされた。
シスの捜索を逃れるため、ヨーダは未開の惑星ダゴバに身を隠し、スカイウォーカーの子供たちを見守ることになる。
このシーンはDVDの特典映像として収録されている。